Bienvenidos. Este blog está dedicado a la Microbiología pero en general cualquier tema científico de interés tambien puede aparecer. El contenido de este blog es estrictamente científico y docente, por lo que no es un consultorio de salud. No estoy ni capacitado ni autorizado para responder a consultas de carácter médico-sanitario que expongan casos personales. Las imágenes que aparecen están sacadas de sitios públicos de la web y se indica su origen o basta cliquear sobre ellas para saberlo, pero si hay algún problema de copyright, por favor indicarlo en comentarios y se retirarán.

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martes, 17 de marzo de 2009

ENCUESTA



Estimados seguidores del Blog

Hace más de un año comenzó la andadura de esta página como un complemento a la docencia que imparto en la Universidad Miguel Hernández. Durante estos 15 meses han sido publicadas 60 entradas sobre diferentes aspectos de la microbiología y se han recibido más de 53.000 visitas de todo el mundo.

Sin embargo todo es susceptible de mejorar, así que como esto es un instrumento docente lo mejor es preguntar a aquellos a los que va dirigido: los alumnos.

Esta entrada es una breve encuesta sobre este blog y sobre el blog de problemas de microbiología. La encuesta es ANÓNIMA y debe de responderse en la sección de comentarios. No voy a pedir ningún tipo de identificación personal para los que las respondan. Hay un favor que si le pido a la persona que responda. Que me indique si es un estudiante o no, y si es un estudiante que indique si es de la UMH. Basta con que lo escriba al final del mensaje. El motivo es simple, se supone que esto es para los alumnos y me gustaría saber cuantos han contestado. También sería de agradecer que el que contesta indicase si es un alumno de ambientales o de bioquímica. Pero vuelvo a insistir, dar datos es completamente opcional porque la encuesta es anónima.

Aquí están las preguntas.

1).- ¿Lees el blog?

a.-Siempre
b.-A veces
c.-Nunca

2).- Del 0 al 10 ¿Cuál es tu valoración del blog?

3).- ¿Te ha ayudado en tus estudios?

a.-Mucho
b.-Bastante
c.-Algo
d.-Nada

4).- Contesta SI o NO. Sobre el blog dedicado a problemas de microbiología ¿Te parecen adecuados para lo que se enseña en la asignatura?

  • Si has contestado NO te agradecería que explicases brevemente el porqué



Para terminar, la pregunta más importante de la encuesta es la última:

5.- ¿Cuál es tu sugerencia para mejorar el blog?


Y ya está. Para responder basta con que pongas el número de la pregunta seguido de tu contestación. Ten en cuenta que tus respuestas son importantes porque pueden ayudar a futuros compañeros tuyos.

Muchas gracias por tu tiempo e interés

miércoles, 11 de marzo de 2009

Apañarse con lo que uno tiene



Las crisis de recursos no sólo afectan a los seres humanos. En la Naturaleza también suceden eventos similares y cada ser vivo intenta capear el temporal como buenamente puede.


Un reciente artículo de la revista Nature dedicado al estudio del fitoplancton nos describe la estrategia que utilizan estos microorganismos cuando la disponibilidad de fósforo es limitada. El fósforo es un bioelemento esencial para la vida. En la célula se puede encontrar, además de en el ATP, en los ácidos nucleicos y en los fosfolípidos de las membranas. Muchos microorganismos suelen almacenarlo en forma de gránulos de polifosfato. Generalmente, cuando no hay fósforo el crecimiento se detiene y los microorganismos suelen permanecer latentes hasta que por alguna circunstancia vuelve a haber disponibilidad. Sin embargo había determinadas observaciones que indicaban que el fitoplancton era capaz de crecer en situaciones en las que las concentraciones de fósforo eran tan escasas que no deberían ser capaces de hacerlo.



Estructura típica de un fosfolípido de membrana


Conocer la fisiología del fitoplancton es bastante importante. Más de la mitad del oxígeno que respiramos es producido por ese grupo de microorganismos. Además son la base de la red trófica de los mares. Sin el fitoplancton la vida en el planeta sería muy distinta. Los investigadores tomaron muestras del Mar de los Sargazos, un ambiente muy oligotrófico para el fósforo con concentraciones menores de 10 nanomolar y las comparó con otras de Pacífico Sur que mostraban concentraciones superiores a 100 nanomolar. Añadieron fósforo radioactivo en los cultivos y luego observaron cómo era utilizado por las células. Encontraron que el fitoplancton del Mar de los Sargazos sólo utilizaba un 1'3% del fósforo para la síntesis de fosfolípidos. En cambio el fitoplancton del Pacífico Sur usaba hasta un 17%. Las sorpresas no acababan ahí. Los microorganismos del fitoplancton son capaces de crecer sustituyendo en sus membranas los fosfolípidos por lípidos que contienen nitrógeno o azufre. Así, el poco fósforo que consiguen lo usan para sus ácidos nucleicos y su metabolismo. Esta estrategia de sustitución parece que es común tanto para el fitoplancton eucariota como el procariota. Pero no es exclusivo de ellas. Un comportamiento parecido se había encontrado con bacterias fijadoras del nitrógeno presentes en suelo ¿Y que ocurre con los microorganismos heterótrofos marinos? Pues al parecer ellos no siguen dicha estrategia de sustitución. Sus membranas sólo contienen fosfolípidos. Eso significa que cuando compiten por el fósforo tienen una pequeña desventaja con respecto al fitoplancton porque necesitan más.



Estructura de lípidos de membrana sin fósforo. De izquierda a derecha: sulfoquinovosildiacilglicerol, lípido con ornitina, y diacilgliceril N,N,N -trimetilhomoserina presentes en membranas de la proteobacteria Sinorhizobium meliloti


Cambiando un poco el refrán, a falta de fósforo, bueno es el nitrógeno.


Audio en "El podcast del microbio"

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sábado, 28 de febrero de 2009

"Yes, We Can"


Parece que el efecto Obama está extendiéndose por todas partes. Como podemos leer en la revista The Scientist, el último grito en Biotecnología es hablar de Biotecnología Negra y se trata de aquella que está dedicada al campo de la producción de biocombustibles.

En realidad el adjetivo le viene dado porque las principales fuentes de energía de la humanidad son de ese color, no por la epidermis del nuevo presidente USA. Pero lo que si es cierto es que las nuevas biotecnologías energéticas están levantando un montón de esperanzas. La revista publica tres artículos sobre los desarrollos actuales de dichas biotecnologías.

El primero de ellos trata sobre los microorganismos que viven en los yacimientos de petróleo. Hay que tener en cuenta que el petróleo es un mineral originado por una compleja actividad fisicoquímica y microbiológica. Los microorganismos que viven en dichos yacimientos tienen a su disposición una gran cantidad de materia orgánica para alimentarse, pero a cambio deben de ser capaces de aguantar grandes presiones, mucho calor y altas concentraciones de sal.






Inicialmente se pensaba que el petróleo era un material estéril. Es difícil imaginar algo vivo embebido en un material originado hace más 200 millones de años y que está aplastado por una capa de 2 ó 3 kilómetros material sedimentario. Pero el caso es que hay microorganismos que están viviendo dentro de esa masa.

Hans Kristian Kotlar, de la compañía noruega StatoilHydro, fue uno de los primeros en intentar aislar dichos microorganismos. Encontró que aguantaban presiones de hasta 300 atmósferas, pero al igual que pasa con las criaturas de los fondos marinos, una vez en la superficie solían inactivarse. Sin embargo se convirtieron en herramientas valiosísimas para la prospección de petróleo. Kotlar diseño sondas de DNA que permitían identificarlos y razonó que si se encontraba este mismo DNA en una muestra geológica indicaría la existencia de un posible yacimiento.




Perfiles genéticos de comunidades microbianas asociadas a yacimientos de petróleo (muestras B y C).



Kotlar se encontró con otra sorpresa. En dichas comunidades microbianas las bacterias eran 5 veces más abundantes que las arqueas. Pero lo más sorprendente es que dichas bacterias son genéticamente muy parecidas a las bacterias actuales que viven en la superficie. Eso parece indicar que los habitats de dichos microorganismos no han cambiado tanto durante todo ese tiempo.

Se está pensando en una nueva utilidad para dichos microorganismos. La mayor parte de los yacimientos están compuestos de petróleo pesado (también llamado petróleo venezolano), compuesto fundamentalmente por hidrocarburos con más de 18 átomos de carbono. Dicho petróleo tiene bastantes desventajas. Es caro de extraer y de procesar. Para colmo la mayor parte del petróleo no puede extraerse del yacimiento donde se encuentra debido a su viscosidad. El preferido es el petróleo ligero (o petróleo de Abu Dabhi que contiene hidrocarburos con menos de 18 átomos de carbono). Pues bien, algunos de los microorganismos que viven en dichos yacimientos son capaces de biodegradar el petróleo pesado en petróleo ligero y metano. Ya se han aislados algunas cepas que son capaces de bioconvertir petróleo pesado en ligero en unos 3 días en condiciones de laboratorio. También se han realizado pequeños ensayos en plantas piloto y parece que la cosa funciona.

Y por último. También se está intentando la purificación de las enzimas presentes en dichos microorganismos pues son capaces de trabajar en condiciones de alta temperatura y salinidad. Podrían ser muy útiles en la conversión de aceites y grasas animales o vegetales en biocombustibles. Sin embargo, los investigadores se han encontrado con algo bastante llamativo. Dichas enzimas parecen necesitar además unas condiciones de alta presión pues de lo contrario parece que no consiguen plegarse correctamente. Aunque se espera poder mejorarlas mediante el uso de técnicas de evolución in vitro.

Esperemos que las expectativas que se tienen con estos microorganismos se cumplan. Probablemente dependeremos de ellos.


jueves, 12 de febrero de 2009

Feliz cumpleaños, Darwin



Pues si, hoy es el 200 aniversario del nacimiento de Charles Robert Darwin, probablemente la figura histórica más conocida en el campo de la Biología.


Son muchos los medios y webs que se han ocupado de hacerle un homenaje así que en lugar de hacer uno más, voy a señalar los que me han llamado la atención.


La cena y la historia de Darwin y Wallace en Esos pequeños bichitos


Los pinzones de Darwin en Google:




La lista completa de los trabajos de Darwin (en inglés)


Su biografía en la Wikipedia


El especial del periódico El Mundo

El especial de la revista Nature (en inglés)

El especial de la revista Science (en inglés)

viernes, 6 de febrero de 2009

Artículos seleccionados: El sistema de motor hibrido de las mixobacterias.



Lo que sigue es la traducción de un interesante comentario escrito por Merry Joule, coautora junto con Moselio Schaechter del estupendo blog Small Things Considered.




Si hay algo que fascina a los microbiólogos es el comportamiento social mostrado por las myxobacterias desde que fueron aisladas por Roland Thaxter en 1892. Viajando en "manadas de lobos" (*) estas bacterias se deslizan a lo largo de las superficies sólidas como el agar. En masse son capaces de secretar tal cantidad de enzimas extracelulares que lisan y digieren a cualquier otra bacteria, su presa potencial, que se encuentre en su camino. Una de las grandes cuestiones sobre su forma de vida es cómo las células individuales se mueven dentro del enjambre de bacterias. En una reciente revisión, Dale Kaiser ha cubierto la pregunta desde un extremo al otro -tanto desde el punto de vista genético como molecular. Pero no hay que dejar que las páginas llenas de detalles le desanimen a uno. Incluso con una lectura superficial, se disfrutará de la historia que desvela.


En pocas palabras trata de lo siguiente. Myxococcus xanthus se "desliza" usando dos motores, uno en cada polo de la célula. En el polo de cabeza hay un motor basado en el pilus tipo IV que impulsa la célula hacia delante, en el polo trasero el empuje se produce por la expulsión a chorro de un moco a través de pequeños agujeros (ver "Bichos con propulsión a chorro"). Ambos tipos de motores son complejos, cada uno compuesto por unas 20 proteínas que forman una elaborada estructura. Los dos motores funcionan tan bien, que las células van mucho más deprisa que la suma de las velocidades medidas en mutantes con un solo motor.



Esquema del motor pilus tipo IV. Hay siete proteínas del tipo pilinas que no se muestran por motivos de claridad. Las proteínas que forman el pilus son retraidas hacia el interior y así se crea la fuerza de tracción (origen de la imagen).



Las células pueden producir los pili en cualquiera de los polos, pero sólo lo hacen en el polo de cabeza. Cuando los pili extendidos se pegan a un grupo de células de M. xanthus, estos se retraen, tirando de la célula hacia el grupo. Eso quiere decir que las células deben de estar a menos de lo que mide un pilus para hacer su trabajo. Las puntas de los pili no se pegan a cualquier lugar, sino sólo a las fibras de un polisacárido extracelular específico de estas bacterias.




Fotografía de microscopía de barrido de células de M. xanthus mostrando las fibrillas extracelulares (origen de la imagen)


Sobre el empuje. Las primeras observaciones de los caminos mucosos visibles en las placas de agar sugerían que estás bacterias podían impulsarse gracias a la secreción de dicha mucosidad. De hecho, hay razones para pensar que este mecanismo de cohete es plausible. Las fotografías de microscopía electrónica de transmisión del polo trasero de la célula muestran que hay más de un centenar de agujeros en la membrana externa, denominados toberas, desde los cuales pueden expulsarse estrechos y amorfos filamentos de polisacárido. Estos finos filamentos se fusionan para formar la brillante cinta de senda mucosa visible en microscopia de contraste de fase. El otro polo de la célula también tiene su grupo de toberas, pero están inactivas.




Fotografía de microscopía electrónica de una envoltura celular de M. xanthus mostrando el agrupamiento de toberas en uno de los polos (origen de la imagen)


Las myxobacterias pueden dividirse y deslizarse al mismo tiempo. Cuando se forma el septo de división, una de las células hijas hereda el polo con el pilus activo de su madre y ensambla un motor de chorro en su nuevo polo. De la misma forma, la otra célula hija hereda el motor de chorro y ensambla un nuevo motor con pilus. El resultado es que las dos células hijas siguen desplazándose en la misma dirección en la que se movía la madre, sin perder el paso. Hay otro aspecto sorprendente: aproximadamente cada 7 minutos las células revierten su dirección de deslizamiento. El polo de cabeza que antes producía pili comienza a producir chorros de moco y viceversa. En solo un minuto se apagan los viejos motores y se encienden los nuevos.


Si alguna vez tienes que convencer a algún escéptico que no cree que las bacterias sean habilidosas ni complejas, puedes darle a leer una copia de este comentario.





(*) El término "manada de lobos" (wolf pack) tiene un significado algo especial en el idioma inglés. Además del grupo de cánidos cazadores también se refiere a las flotillas de submarinos alemanes que atacaban a los barcos aliados durante la Segunda Guerra Mundial. Los submarinos y las mixobacterias tienen en común el tener una forma bastante similar, y que ambos actúan como depredadores en grupo.

jueves, 29 de enero de 2009

Unir para destruir



La bacteria Gram positiva Streptococcus pneumoniae al microscopio electrónico




Streptococcus pneumoniae es uno de los patógenos más fastidiosos con los que tiene que enfrentarse la humanidad. Su nombre de pila es neumococo y nos dice que es uno de los muchos microorganismos que producen neumonía. Pero su infección también puede causar otras enfermedades, sobre todo en niños y ancianos. Entre ellas están algunas como sinusitis, otitis media, bacteriemia o incluso meningitis.


Actualmente el neumococo es el causante de 1,6 millones de muertes en todo el mundo cada año. Se está intentando desarrollar vacunas, pero la cosa no es nada fácil. El motivo es que el neumococo está rodeado de una cápsula polisacarídica. Esta cápsula es como una armadura que defiende al neumococo de los ataques de las células de nuestro sistema inmune. Normalmente, las vacunas se diseñan contra los componentes de esas cápsulas. Así nuestro sistema inmune reconoce mejor sus puntos débiles y puede destruir a la bacteria. Lo malo es que el fondo de armario del neumococo no tiene nada que envidiar al de nuestra actual vicepresidenta. Se han descrito 91 tipos distintos de cápsulas, por lo que nos podemos hacer una idea de lo difícil que es diseñar una vacuna que sea efectiva contra esas 91 armaduras.


Otra forma de combatir al neumococo es mediante el uso de antibióticos. La aparición de estas sustancias en la segunda mitad del siglo pasado permitió una lucha efectiva contra las infecciones causadas por dicha bacteria. Desgraciadamente, el uso y abuso de los antibióticos ha producido la aparición de un gran número de cepas resistentes a los mismos. Es por ello que se está buscando con ahínco nuevas moléculas con potencial antibacteriano y para las que no sea fácil la aparición de resistencias.


Recientemente el equipo liderado por el profesor Jesús Sanz de la Universidad Miguel Hernández en colaboración con otros grupos europeos ha diseñado un tipo de moléculas que puede abrir un nuevo camino en la lucha contra el pneumococo. Y lo mejor es que precisamente no actúan sobre la armadura del neumococo, sino sobre lo que está debajo de ella.


Como se ha indicado más arriba, el neumococo es una bacteria Gram postiva. Eso quiere decir que la envoltura de la bacteria tiene la estructura siguiente: una membrana plasmática rodea al citoplasma (banda azul). A su vez la membrana es rodeada por una pared celular compuesta de peptidoglicano y ácidos teicoicos. Aunque el modelo biofísico de la pared de las bacterias aún está siendo dilucidado, podemos imaginarnos que una bacteria es como un edificio en el que la pared está hecha como si fuera hormigón armado y en ese caso el peptidoglicano es como una especie de cemento elástico y los ácidos teicoicos son como las varillas de acero que lo atraviesan y le dan su fortaleza. La cápsula de la que hemos hablado antes serían las placas de mármol o de aluminio que ponemos por fuera para embellecer al edificio.





En la parte de arriba se muestra un esquema de la envoltura del pneumococo. En azul oscuro se representa la membrana citoplasmática. Los hexágonos enlazados de azul claro sería el peptidoglicano. Las líneas verticales rojas y marrones segmentadas son los ácidos teicoicos y en verde se muestran la fosfocolina, lugar de unión de las CBP. En la parte de abajo se muestra la estructura del dominio de unión a colina de la amidasa LytA, la CBP mejor conocida (origen de la imagen).



El caso es que los ácidos teicoicos del neumococo están decorados con grupos de fosfocolina. Esos grupos le sirven a la bacteria para que se peguen una serie de Proteínas de Unión para Colina o CBP (Coline Binding Protein) que deben de realizar su función en el exterior de la célula. Siguiendo con la analogía del edificio, imaginemos que se necesita que unos operarios realicen tareas de mantenimiento externo de la fachada y para ello necesitan asegurarse a una serie de ganchos que se disponen en las barras de acero del hormigón armado. La fosfocolina serían esos ganchos. Evidentemente los operarios llevarían un mecanismo de anclaje a esos ganchos o bolsillos de unión a colina. Entre esas proteínas que cumplen su función en el exterior de la célula hay algunas implicadas en la finalización de la división celular, otras en la producción de toxinas y otras involucradas en la adherencia al hospedador.





Molécula de cloruro de colina



La idea desarrollada por el grupo de Jesús Sanz fue la siguiente. Si evitamos que esas proteínas CBP se unan a la fosfocolina de la pared celular no podrán cumplir su función y por lo tanto la bacteria no podrá dividirse, no podrá liberar toxinas y no podrá adherirse al hospedador. Una forma sencilla de comprobar dicha hipótesis es tomar un cultivo de neumococo y añadirle una gran cantidad de colina. Cuando se hace esto, las CBPs se unen a la colina que se ha añadido y no a la fosfocolina de la pared celular. Entonces las células no pueden separarse y forman largas cadenas y además dejan de producir toxinas.


Pero el problema es que la colina no puede ser usada terapéuticamente, al menos en las cantidades requeridas para producir dichos efectos si se lo administraramos a un paciente. Las CBPs tienen más afinidad por las fosfocolinas debido a que se presentan agrupadas en los ácidos teicoicos. Para resolver el problema los investigadores han diseñado un dendrímero, una molécula polimérica ramificada con forma de árbol, y que presenta una gran cantidad de sitios análogos a la colina en sus ramas y a los que las CBPs se unen. La estructura resultante mimetiza a la de los agrupamientos de fosfocolina de los ácidos teicocicos. Y las CBP's se unen con bastante afinidad a ellos. Tanto que dejan de cumplir su función para la célula. Y las concentraciones de uso son tan pequeñas que pueden ser utilizados como agentes terapéuticos





Estructura de los diferentes dendrímeros de poli(propileno imina) usados. Cada punto negro al final de las ramas es un grupo de colina (origen de la imagen) .




Pero lo mejor de la estrategia de usar estos dendrímeros como agentes antibacterianos es que es muy difícil que las bacterias puedan desarrollar resistencias frente a los mismos. La colina es parte del ácido teicoico y por ello es usada por muchas CBPs, luego la bacteria no puede sustituirla por otra cosa así como así. Es como si en los edificios tuvieran que cambiar los barrotes de acero del hormigón armado por barrotes de otro material. Tampoco pueden cambiar los dominios de unión a colina que se encuentran en las CBPs, porque en ese caso ya no se unirían a la fosfocolina de la pared y tampoco podrían cumplir su función. Los dendrímeros están engañando a las CBP's.






Efecto de la colina y de los dendrímeros en cultivos de neumococo. En el control se observan células normales y a su derecha el efecto de la colina. En las demás se indica el nombre de los diferentes dendrímeros mostrados en la figura anterior. Estos se usaron a concentraciones de 100 micromolar. En comparación la colina se uso a una concentración 500 veces superior (origen de la imagen).



Audio 1 y 2 en "El podcast del microbio"

lunes, 26 de enero de 2009

¿Humano? ¿Quién dijo humano?




El autor de la frase que da título a la entrada corresponde al cangrejo Sebastián, personaje de la película animada "La Sirenita". Pero ciertamente es una pregunta que cabe hacerse cuando uno contempla los recientes avances en genómica.

Hace unos 6 meses comentaba en el blog los esfuerzos que se están llevando a cabo por completar el Microbioma humano, el conjunto de genomas de todos los microorganismos presentes en un ser humano. Ya vimos que tenemos 10 veces más células microbianas que células propias en nuestro organismo. Pero la sorpresa no ha acabado ahí. Los microorganismos están mas íntimamente ligados a nosotros de lo que creíamos.

En el año 2003 se completó la secuenciación del primer borrador del genoma humano. Se descubrió que las 23 parejas de cromosomas tenían un tamaño de 2.860 millones de pares de bases. Para abreviar podemos decir que tenemos 2.860 Megabases (Mb), o 2,86 Gigabases (Gb). Eso quiere decir que tenemos unas 600 veces más DNA que el que contiene la bacteria Escherichia coli. Sin embargo, parece que tenemos unos 27.000 genes, unas 6 veces más que los que codifica el genoma de E. coli. Eso quería decir que o bien que por cada gen había unas 12.000 bases o lo que es lo mismo, 4.000 codones; o bien había mucho DNA que no tenía función alguna. Como nuestras proteínas, a pesar de ser bastante grandes, no tienen 4.000 aminoácidos la opción que queda es la segunda. De hecho esos 27.000 genes están codificados en unas 48 Mb, y si a eso le añadimos las secuencias reguladoras probablemente estemos hablando de unas 60 Mb de DNA con información genética exclusivamente humana. Es decir, basta tan sólo un 2% de todo nuestro genoma para hacer un ser humano completo. Entonces ¿Para qué sirve el 98% restante?





A todo ese DNA sin oficio ni beneficio conocido se le denominó inicialmente con el despectivo nombre de DNA basura (junk DNA). Pero es muy raro que nuestras células gasten un montón de energía y recursos en replicar y perpetuar tal cantidad de material inútil. Así que se empezó a mirar con algo más de detalle. Al analizarlo se ha encontrado que una gran cantidad de ese DNA son copias defectuosas de nuestros propios genes que no son expresadas. También hay una gran cantidad de secuencias repetidas que no se sabe muy bien que es lo que hacen. Y además se ha encontrado que alrededor de unas 200 Mb, un 8% del total, corresponden a secuencias provenientes de virus. Conclusión, en nuestros cromosomas portamos 4 veces más información genética vírica que información genética humana.




Lemur ratón gris (Microcebus murinus) de Madagascar. Recientemente se han encontrado secuencias parecidas a las del retrovirus HIV en su genoma



Y no sólo eso. Dichos genes virales están con en nosotros desde hace mucho tiempo. Tanto que ni siquiera éramos humanos cuando se introdujeron en nuestro DNA. Repasemos brevemente como funciona un virus. En las lecciones de Biología que dimos en la esculea nos contaban que los virus penetran en la célula y toman el control de la misma. Una vez esclavizada la célula sólo se dedica a producir nuevas copias del virus y nada más, por lo que acabamos con una célula muerta y un centenar de copias de nuevos virus. Es lo que se denomina ciclo lítico del virus (de lisis, que significa romper) y es una forma muy eficiente de reproducirse. Lo malo es que matas a la célula hospedadora en el proceso por lo que si se acaban las células ya no puedes seguir reproduciéndote.


Hay otras formas más sibilinas. Si el virus consigue insertar su genoma en el genoma de la célula hospedadora, ya no la mata, pero cada vez que se duplique dicha célula también lo hará el genoma del virus. A veces esto no le sienta nada bien a la célula y se transforma en una célula tumoral que crece sin control (algunos cánceres se originan así). La célula solo se preocupa de multiplicarse y de esta forma el virus a su vez también se multiplica. Pero si el hospedador es un ser pluricelular, y el virus lo que ha causado es un cáncer, al final el hospedador también se muere y con el desaparece el genoma del virus si no ha conseguido saltar a otro hospedador.



Imaginemos otro caso. El virus consigue integrarse en el genoma del hospedador y no le hace daño. Simplemente es como un pasajero que se aprovecha de la maquinaria de replicación del hospedador. Supongamos además que la célula afectada es una célula de la línea germinal, es decir, de las células que darán lugar a la descendencia. Eso quiere decir que el genoma de ese virus pasará de padres a hijos. Eso ha ocurrido con el genoma de algunos retrovirus y por eso reciben el nombre de retrovirus endógenos.



Bueno, pues ese 8% de DNA de origen viral está compuesto por 98.000 retrovirus endógenos y unos 150.000 fragmentos de otros virus que ya no son funcionales. Como era de esperar este proceso no ha parado. Se sigue produciendo. Hay retrovirus endógenos que sólo se dan en determinadas poblaciones, mientras que otros retrovirus endógenos están presentes en todos los seres humanos. O están presentes en todos los primates. Hace 55 millones de años los primates sufrieron una infección por parte de un retrovirus que se estableció en su genoma. Y esto ha sucedido otras veces. Comparando las secuencias de esos retrovirus endógenos podemos llegar a construir un árbol filogenético de los primates, tan válido como el que se construye atendiendo a las secuencias de las globinas.





Árbol filogenético de los primates basado en comparaciones de la secuencia del retrovirus endógeno HERV-K(HML-5). Figura tomada de Lavie et al. 2004



Resumiendo, en nuestro cuerpo hay 10 veces más de microbios que células propias, y en nuestro genoma 4 veces más DNA viral que DNA humano. ¡Y todavía nos hacemos llamar los reyes de la creación!



Auidos en "El podcast del Microbio" 1ª Parte y 2ª Parte

jueves, 22 de enero de 2009

De la coprofagia como terapia digestiva

Estoy convencido que cualquier lector del blog ha oído hablar de las mil y un maravillas y beneficios que se obtienen al comer alimentos probióticos. Dejando de lado la publicidad, la idea que hay detrás de alimentarse con microorganismos vivos es mantener o restablecer nuestra flora intestinal y evitar que seamos colonizados por microorganismos patógenos.




Y es que si miramos al contenido de nuestras tripas nos encontraremos que están habitadas por una gran multitud de diversos tipos de microorganismos. De hecho, en números, hay diez veces más células microbianas en nuestro cuerpo que células propias (ver E pluribus Unum). Y nosotros tenemos 10.000.000.000.000 de células en nuestros tejidos. Se calcula que esos 100 billones de microorganismos pertenecen a unas 500 especies distintas. El 99% de esas especies son beneficiosas o no son perjudiciales para el ser humano. El 1% restante está compuesto por microorganismos que pueden ser patógenos, pero afortunadamente para nosotros están presentes en muy pequeño número para hacernos daño pues las poblaciones beneficiosas los mantienen a raya. En términos de ecología microbiana nuestros intestinos es un ecosistema de una gran biodiversidad.


Cuando por alguna circunstancia las poblaciones que forman parte de dicho ecosistema se ven alteradas podemos tener problemas. Más de uno habrá oído hablar de la molesta "diarrea del viajero" o de la "venganza de Moctezuma". Esta se produce por haber consumido agua o alimentos contaminados con bacterias fecales como Escherichia coli, Shigella, Salmonella, etc. Generalmente no es grave y suele desaparacer después de algunos días. Otras causas de alteración es la ingesta de antibióticos. No es raro que se originen diarreas después de un tratamiento de varios días con algún beta-lactámico. La mayoría de las veces la situación es reversible y las cosas vuelven a la normalidad una vez que se deja el tratamiento.


El emperador azteca Moctezuma según el Códice Mendoza


Sin embargo a veces la alteración de la microflora es grave. Un antibiótico puede alterar de tal forma las poblaciones que no sólo no se recupere la normalidad, sino que encima se produzca una patología porque se ha favorecido el crecimiento de alguna especie de ese 1% de patógenos. Es lo que le ocurrió a Vicky Doriott. Esta mujer de Minnesota tuvo que pasar dos tratamientos de antibióticos muy seguidos debido a un resfriado y a una visita al dentista. Al cabo de unos días manifestó un cuadro febril y una diarrea severa. Le diagnosticaron colitis pseudomenbrabosa producida por Clostridium difficile, una bacteria Gram positiva anaerobia endosporulada. Esta bacteria es un habitante común del intestino y es capaz de generar toxinas, pero generalmente sus niveles de población son muy bajos por lo que no causa ningún daño. Lo malo es que los antibióticos habían eliminado a sus competidores y por lo tanto C. difficile había podido crecer sin ningún problema. Cuando esto sucede, los niveles de población son tan altos que la concentración de toxinas comienza a producir serios daños al organismo.


Células de Clostidium difficile al microscopio electrónico

Como indica el apellido del bicho, el tratamiento de su infección es bastante difícil. La bacteria es insensible a la mayor parte de los antibióticos y solo la vancomicina o el metronidazol consiguen hacer algún efecto sobre ella. Lo malo es que las esporas son totalmente insensibles al efecto de los antibióticos, por lo que una vez retirados el paciente puede volver a recaer una vez germinen las esporas. Y eso es lo que le ocurría a Vicky. Tras varios meses de padecimiento se optó por un tratamiento mucho más drástico para curarla.
Dicho tratamiento consiste en la "Bacterioterapia fecal" o "transplante fecal". Básicamente consiste en tomar las heces de un donante sano e introducirlas por via oral en el paciente enfermo (también puede suminstrarse mediante un enema). Con ello se espera que los microorganismos presentes en dichas heces desplacen al microorganismo patógeno y restablezcan la microflora. En el caso de Vicky, el donante sano se trató de su marido y no sin razón. Hay un refrán castellano que dice quien en la cama departe, ideas comparte. En este caso su marido probablemente compartía microflora con su mujer antes de que esta enfermara y además dicha microflora seguramente ya había entrado en contacto con las esporas de C. difficile y no había permitido que se establecieran en su intestino.
El procedimiento consiste tomar las heces frescas recien excretadas. Posteriormente se hace con ellas una papilla que luego es filtrada para eliminar restos y fibras indigeribles, ya que solo un 50% del peso de las heces humanas son bacterias, el resto es material no digerible. El filtrado se introduce en el estómago del paciente a través de una sonda nasogástrica, por lo que en ningún momento tiene que tragarlas. En el caso de Vicky la mejoría fue cuestión de días, otros pacientes necesitan la repetición de la infusión durante una semana. Los defensores de esta técnica aseguran que el éxito es superior al 90%, aunque también reconocen que solo la utilizan como "último recurso" si la terapia de antibióticos falla.



Esquema que muestra la introducción de la sonda nasogastrica para realizar el transplante fecal

En resumen, eat shit to feel better




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lunes, 19 de enero de 2009

Películas y bichos: "La mascara de la muerte roja"





Ya que se conmemora el 200 aniversario de la muerte de Edgar Allan Poe me parece interesante traer aquí una de las muchas adaptaciones cinematográficas que se han realizado basándose en su obra. Y que evidentemente tiene que ver con los microorganismos.





"La máscara de la muerte roja" es una película de 1964 protagonizada por Vincent Price y dirigida por Roger Corman. Está ambientada durante la epidemia de peste que asoló la Italia Renacentista. Aunque está basada en el relato del mismo título escrito por Poe, lo cierto es que Roger Corman modificó bastante la historia original e introdujo otras subtramas como la del culto satánico o el romance de los campesinos. También incluyó otro relato de Poe, la historia del bufón "Hop-Frog".

La "muerte roja" es una enfermedad ficticia. En palabras de Poe comenzaba con agudos dolores, un vértigo repentino, y luego los poros sangraban y sobrevenía la muerte. Las manchas escarlata en el cuerpo y la cara de la víctima eran el bando de la peste, que la aislaba de toda ayuda y de toda simpatía, y la invasión, progreso y fin de la enfermedad se cumplían en media hora. Se discute mucho sobre el tipo de enfermedad que inspiró a Poe. Para algunos es un tipo de tuberculosis, ya que su mujer la sufría cuando escribió el relato. Para otros es el cólera, pues en 1831 hubo una epidemia de dicha enfermedad en Baltimore. Otros dicen que es una forma hemorrágica de la peste y que en realidad este cuento es como un epílogo tenebroso de el "Decamerón" de Bocaccio. Y finalmente hay quien dice que está basada en las fiebres virales hemorrágicas como la que produce el Ébola.




La película de Corman es un clásico del género de terror de los años 60. Ahora podría parecer bastante ingenuo e inocente si lo comparamos con las recientes producciones más del estilo gore. Pero es una buena película en líneas generales con un guión más que sólido y bastante decente si tenemos en cuenta que está hecha con cuatro perras.



Audio en "El podcast del microbio"

viernes, 16 de enero de 2009

Una bacteria es una bacteria, es una bacteria

Después de un largo paréntesis debido a diversas actividades docentes vuelvo por estos fueros. Aquí va la segunda parte del comentario dedicado a la definición de especie bacteriana.

Debemos recordar que es el ser humano el que pone nombre a las cosas. Y generalmente sólo nombramos aquello que nos interesa. Eso quiere decir que definir una especie es un acto de antropocentrismo puro y duro. Por eso todos los microorganismos que producen enfermedades tienen categoría de especie. Y lo mismo pasa con aquellos que tienen interés para el ser humano, ya sea porque producen queso manchego o porque pueden degradar un plástico. Pero todos aquellos microorganismos que "no hacen nada" generalmente pasan desapercibidos.





Portada del disco de Bob Dylan del año 1979 que incluye la canción Man gave name to all the animals.


Sin embargo las nuevas herramientas de la biología molecular están cambiando el panorama a pasos agigantados. El ser humano ahora es consciente de que existe una enorme multitud de microorganismos en la Biosfera. Claro que el problema no se resuelve dando nombres a todo bicho viviente que encontremos con el microscopio. Si así fuera crearíamos un problema más grande del que tenemos. Hay que recordar que la taxonomía no sólo sirve para dar nombre a las cosas. También sirve para definirlas y clasificarlas. Y para eso hace falta tener un criterio de clasificación.

Actualmente, los taxónomos microbianos intentan clasificar a los microorganismos integrando diferentes clases de datos, tanto fenotípicos (test bioquímicos, composición de lípidos,...), genotípicos (hibridación de DNA), como filogenéticos (secuencias del rRNA). Así por ejemplo se considera que dos microorganismos pertenecen a especies distintas si presentan un porcentaje de hibridación de sus DNAs menor del 70%. Es una técnica muy reproducible y sus datos son bastante consistentes y de hecho está considerada como el patrón de oro cuando se debe de determinar el estatus de especie para un microorganismo. Lo malo de dicha técnica es que es muy complicada, lenta y solo puede realizarse con microorganismos que han sido cultivados en laboratorio porque se requiere una gran cantidad de ellos para extraer su DNA.


Hibridación DNA-DNA. Cuanto mayor sea el parecido entre dos especies menor número de heteroduplex se forman

Es por eso por lo que muchos laboratorios prefieren los datos de secuenciación del rRNA. Es un carácter universal por lo que permite una clasificación en base a la similitud de secuencia. Es una técnica rápida, sencilla y puede utilizarse sobre microorganismos que no han sido cultivados. En ese caso se considera que una identidad menor del 97% indica que son dos especies distintas. Pero también tiene sus inconvenientes. El primero es que la clasificación se basa en un solo gen, por lo que las variaciones en la secuencia debidas al azar pueden ser consideradas muy importantes cuando en realidad pueden no serlo. Asimismo, si ha habido eventos de recombinación o de transferencia genética horizontal, los resultados pueden llevarnos a confusión. Por último, tener el mismo rRNA en dos aislados no significa que sean de la misma especie (ver más abajo).

Está claro que lo mejor es mirar varios genes, pero de forma rápida y sencilla. Hace tiempo los epidemiólogos se dieron cuenta de que necesitaban una herramienta que les permitiese distinguir entre diversas cepas del mismo microorganismo patógeno. Desarrollaron una técnica que se conoce por la siglas MLST por MultiLocus Sequence Typing, o Tipado por Secuencia de MultiLocus. Básicamente consiste en determinar las diferencias que hay en las secuencias entre los "genes ama-de-casa" (housekeeping genes) o genes que se encargan del metabolismo de mantenimiento de la célula. Con ello comparaban aislados microbianos de distintos pacientes. Si dos aislados tienen el mismo perfil genético en el MLST significará que pertenecen a la misma cepa patógena.

La técnica de MLST se ha modificado para aplicarla a la taxonomía bacteriana. Así la identificación es un proceso en dos fases. La primera es la secuenciación del rRNA para asignar a un determinado microorganismo dentro de un género. La segunda fase consiste en determinar la especie utilizando la comparación de genes que son ubicuos dentro de ese género y que además estén en copia única dentro del genoma de dichos microorganismos. Para distinguirla de la técnica usada en epidemiología molecular se la ha bautizado como MLSA por MultiLocus Sequence Analysis.
Un ejemplo de utilización de la técnica MLSA ha sido la diferenciación entre especies del género Burkholderia. La especie B. mallei es un parásito obligado de equinos que produce la enfermedad conocida como muermo. Su pariente, la bacteria saprofita del suelo B. pseudomallei, causa la melioidosis, una enfermedad endémica de Australia y el sur de Asia. Si unorealiza un estudio de hibridación de DNA se encontrará con que la hibridación es mayor del 76%, luego según dicha técnica ambas son la misma especie. En 1998 se aisló una bacteria muy semejante a B. pseudomallei pero que era avirulenta. Se la bautizó como B. thailandensis. Cuando se estudió la secuencia 16S rRNA de estas tres especies se encontró que la identidad era mayor del 99%. Pero la sorpresa saltó cuando se hiceron los estudios de hibridación de DNA. El porcentaje era de 47% lo que indicaba que B. thailandensis era una especie muy diferente de las otras dos. Para resolver el rompecabezas un grupo realizo el MLSA comparando las secuencias internas de siete housekeepings genes. Analizaron varios clones y lo que encontraron fue que todos los aislados de B. mallei eran idénticos y que además se agrupaban con los aislados de B. pseudomallei. Pero todos los aislados de B. thailandensis se agrupaban de forma diferente como una especie completamente distinta. La moraleja es que B. mallei es una especie distinta de B. pseudomallei sólo porque produce una enfermedad diferente, de lo contrario sería considerada como un clon de la misma especie.





Árbol filogenético construido a partir de los datos de MLSA sobre distintos aislados del género Burkholderia. Todos los aislados de B. pseudomallei se agrupan y entre ellos se encuentra B. mallei, (que sería un ecotipo de B. pseudomallei). A su vez todos los aislados de B. thailandensis forman un grupo aparte .



El ejemplo de arriba indica una cosa muy importante. Hay que incorporar la ecología cuando se define una especie. Un patógeno es un ser vivo con una ecología muy especializada. Este es un problema que se encontró el botánico sueco Göte Turesson cuando estudiaba la diferenciación de poblaciones dentro de una misma especie de planta herbácea. Se dio cuenta de que dicha diferenciación tenía una base genética y acuño el término ecotipo. El microbiólogo Frederick M Cohan propuso que el concepto de ecotipo podría servir como base para diferenciar los taxones bacterianos. Los ecotipos serían definidos como poblaciones que presentan una cohesión genética pero una distinción ecológica. B. mallei es un ecotipo de B. pseudomallei que tiene el honor de ser una especie por ser una patógena estricta. Si hubiera sido saprofita habría sido considerada un clon más de B. pseudomallei.

El modelo de ecotipos permite imaginar como evolucionan los microorganismos. Los ecotipos se originan a partir de clones genéticamente idénticos que viven en diferentes hábitats. La especialización ecológica conduciría a la divergencia genética mediante la acumulación de mutaciones adaptativas producidas por eventos de selección. Sería parecido a un arbusto cuyas ramas van creciendo y a las que periódicamente se poda. Sin embargo la cosa no es tan sencilla. Porque en la evolución de los microorganismos hay que tener en cuenta varios factores como son la deriva genética o la transferencia genética horizontal. Aun nos falta información para entender el cuadro, pero estamos algo más cerca.



Modelo de ecotipo estable. Los ecotipos se crea y extinguen a un ritmo lento. Cada ecotipo, rojo o azul, sufre una serie de eventos periódicos de seleccíon (asteriscos) durante su larga historia de divergencia de otros ecotipos. En cada evento de selección el ecotipo mejor adaptado desplaza a los linajes que compiten con él. No es el único modelo de aparición de ecotipos que se ha postulado


Bibliografía en la que está basada esta entrada: Re-evaluating prokaryotic species. Gevers et al. Nature Reviews Microbiology. Vol 3. Sept 2005. Pag: 733-739
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miércoles, 10 de diciembre de 2008

El oficio más antiguo del mundo

Si se realizara una encuesta a todos aquellos que estudian algún aspecto de la Biología sobre cual es la disciplina menos atractiva, es muy probable que la Taxonomía ocupe uno de los primeros puestos. Se supone que es un conjunto de reglas para nombrar a los seres vivos, pero dichas reglas no parecen muy intuitivas y para colmo cambian cada cierto tiempo y al final parece que se discute sobre el sexo de los ángeles en lugar de sobre las formas vivas.


Sin embargo, la Taxonomía es el oficio más antiguo del mundo o al menos eso podemos leer en la Biblia, porque tras la creación de los animales se lee:

Génesis 2.20: El hombre puso un nombre a todos los animales domésticos, a todas las aves del cielo y a todos los animales del campo; pero entre ellos no encontró la ayuda adecuada.
Después de la creación de la mujer surgió la anatomía comparada y comenzaron las primeras discusiones taxonómicas, una maldición que aún perdura.






Entrega de certificados de asistencia en el Primer Congreso Mundial de Taxonomía



De todas formas hay que comprender a los taxónomos. Las reglas taxonómicas son el fruto de un convenio entre los científicos, y si hay algo frágil en este mundo es precisamente un convenio científico. Pero ahí no acaba la cosa. La taxonomía trata de clasificar a las especies biológicas. Y esa es la madre del cordero, porque ¿qué es una especie biológica?

Si uno trabaja con animales como hizo Adán la cosa parece sencilla. Un león es un león, un perro es un perro y un ratón es un ratón. Pero la inteligente Eva le hizo notar algo bastante peculiar. Las especies "león", "perro" y "ratón" necesitan de dos individuos, un macho y una hembra, para reproducirse y generar más leones, perros y ratones. Y eso no sólo pasaba con los animales, también con las plantas. Llegamos así a la definición más conocida de especie biológica: grupo de organismos capaces de entrecruzarse y de producir descendencia fértil.


No es una mala definición. Es corta y sencilla. Los problemas vienen cuando uno encuentra seres vivos que no necesitan "entrecruzarse" (bonito eufemismo para referirse al sexo) para producir "descendencia fértil". Hay muchos seres vivos que dejan descendencia mediante la llamada reproducción asexual. Seguramente el lector está pensando en bacterias o en levaduras, pero no hace falta llegar hasta ellas. Cualquier aficionado a la jardinería sabe que muchas plantas de uso agrícola se reproducen de forma asexual.


Eso significa que hay que cambiar o ampliar la definición de "especie biológica", lo que quiere decir que hay que montar un congreso de taxonomía, poner un montón de señores a discutir y después de unos días publicar un acta del congreso donde se describirá el nuevo convenio científico sobre lo que es una especie biológica. Según el libro "Brock. Biología de los microorganismos", una especie microbiológica es una colección de cepas que comparten un gran número de propiedades importantes pero difieren en una o más propiedades significativas de otras colecciones de cepas. Siendo sinceros a mi no me parece ni corta ni sencilla, pero es lo que hay.


Y ahora viene la parte más divertida. Podría pensarse que un taxónomo es como un bibliotecario o como el encargado de un vídeo-club. El taxónomo clasifica seres vivos como el librero clasifica libros o el encargado del vídeo-club, películas. Pero hay una diferencia fundamental entre el primero y los otros dos. Los seres vivos evolucionan, cambian en el tiempo.

Uno puede pensar que lo mismo ocurre con los libros y las películas. Antes las películas se alquilaban en formato de video y ahora sólo hay DVD, dentro de poco serán en Blu-ray. Pero lo que ha cambiado es el soporte, no la información. En los seres vivos, la evolución significa cambio en la información. Y si cambia lo información significa que esa "especie" se ha transformado en "otra especie". Para hacernos una idea, el cambio evolutivo biológico es como si en una biblioteca tenemos un ejemplar de "El Quijote" y tras pasar un tiempo ese libro se ha transformado y ha pasado de ser una novela a un tratado sobre las costumbres populares de la Mancha. Imaginemos la desesperación del bibliotecario cuando tenga que clasificarlo.

El caso es que algo similar está ocurriendo con el concepto de "especie" en el campo de la microbiología. Podría decirse que debido a los tiempos de generación tan cortos de los microorganismos se están dando cambios evolutivos en tiempo real. En la entrada dedicada a los experimentos de Richard Lenski ya vimos que se había detectado el cambio evolutivo en una población bacteriana estudiada continuamente durante 19 años. Si hacemos una pequeña extrapolación e imaginamos que el experimento de Lenski hubiese comenzado en 1885, año en el que fue aislada y descrita la bacteria Escherichia coli, la cepa evolucionada habría sufrido al menos 6 cambios importantes con respecto a la cepa parental. Pueden parecer pocos, pero ahora consideremos esto:


Este es el perfil de reacciones diagnósticas para diferenciar al género Escherichia del género Enterobacter.





Si nos fijamos, la diferencia entre ambos géneros se reduce a las seis pruebas señaladas en negrita. Es evidente que las diferencias entre esos dos géneros son mayores que tan sólo estos seis cambios, pero también es cierto que cualquier microbiólogo consideraría que estaría ante dos especies distintas si encontrara esas seis diferencias entre dos cepas de bacterias.


Pero lo que ha acabado de dar la puntilla al concepto de especie ha sido la aplicación de las técnicas moleculares en la Ecología Microbiana. Tema que será desarrollado en el siguiente comentario del blog.

jueves, 27 de noviembre de 2008

Las levaduras y la fuente de la eterna juventud.



Las Tres Edades de la Mujer de Gustav Klimt.




Actualización septiembre 2011. El papel de las sirtuinas ha sido puesto en duda: ver en Biounalm


El envejecimiento no es algo raro para la experiencia humana. Es un proceso natural que también ocurre todas las formas vivas, incluso en las unicelulares como las levaduras. Generalmente una levadura recién nacida podrá dar lugar a una veintena de congéneres suyas mediante el proceso de gemación. Una vez hecho esto, la levadura deja de reproducirse y acaba muriendo.



Modelos de envejecimiento: la levadura Saccharomyces cerviseae, el gusano Caenorhabditis elegans, la mosca Drosophila melanogaster y el ratón Mus musculus.


Como las levaduras son el modelo por excelencia de las células eucariotas, más de un investigador se ha preguntado si el proceso de envejecimiento que se observa en dichos hongos unicelulares tiene paralelismos con el de las células animales. La hipótesis no es descabellada porque ya ha dado sus frutos en más de una ocasión, como es el caso de los genes que controlan el ciclo celular. Y comprender los procesos de envejecimiento es la base del desarrollo de fármacos anti-edad. El Dr. David Sinclair y unos cuantos colegas fundaron la pequeña compañía Sirtris Pharmaceuticals con dicho objetivo en mente.




Modelo Trdimensional de la Sirtuina


La proteína Sir2, o sirtuina, es una enzima con actividad deacetiladora de histonas, que fue descrita por primera vez en levaduras y cuya función es la de un centinela que debe de proteger el genoma. Está involucrada en silenciar la expresión genética de determinadas zonas y evitar una expresión descontrolada de los genes que allí se encuentren. También bloquea los reordenamientos cromosómicos que a veces ocurren en zonas con DNA muy repetitivo. Y eso lo hace disponiéndose en esos lugares como si hubiera una especie de "garitas". Cuando se produce un daño en el DNA que rompe su molécula, la sirtuina deja los lugares que está "protegiendo" y se coloca en aquellos donde se ha producido el daño. Cuanta más edad tiene un organismo, más daños tiene el DNA y más sirtuina deja sus "garitas" para disponerse en las zonas dañadas. Las zonas que han sido desprotegidas comienzan a expresar sus genes por lo que la se observa un cambio en la pauta de expresión genética muy característico en los procesos de envejecimiento. Cuando se incrementan los niveles de Sir2, las levaduras envejecen más lentamente.





Envejecimiento de la levadura. Ségún van fomándose nuevas células hijas el fenotipo de la célula madre va cambiando hasta que finalmente se vuelve esteril


Las sirtuinas son una familia de proteínas que están presentes en todos los dominios de la vida, entre ellos los mamíferos pero sus funciones no eran muy bien comprendidas hasta ahora. En la revista Nature se anuncia que Sinclair y sus colegas han encontrado que los mamíferos no solo tienen ese mismo tipo de proteína sino que además parece cumplir la misma función que en levaduras. Evidentemente el descubrimiento no ha pasado desapercibido a las grandes compañías y Sirtris Pharmaceuticals ha sido comprada por el gigante farmacéutico GlaxoSmithKline por 720 millones de dólares.

Lo que han encontrado es que la sirtuina de ratón, denominada SIRT1, se comporta como la proteína de levadura Sir2. En el ratón, SIRT1 está unida a secuencias de DNA repetitivo y zonas cuya expresión génica está silenciada. Los investigadores utilizaron cultivos de células embrionarias. Si las células son expuestas a la acción de una solución de agua oxigenada, se producen daños en el DNA y las proteínas SIRT1 dejan sus "garitas" para unirse a las zonas dañadas. Al comparar los patrones de expresión génica de las células embrionarias dañadas con los patrones de expresión de células de ratones ancianos, encontraron que ambos eran semejantes.


El siguiente paso de Sinclair y sus colegas será incrementar la expresión de SIRT1 en ratones envejecidos y comprobar si los patrones cambian a una fase más "juvenil", lo que significaría que si podrían revertir los efectos de la edad. Y evidentemente sería el paso previo para desarrollar verdaderos medicamentos anti-edad, no cosméticos.






ResearchBlogging.org

OBERDOERFFER, P., MICHAN, S., MCVAY, M., MOSTOSLAVSKY, R., VANN, J., PARK, S., HARTLERODE, A., STEGMULLER, J., HAFNER, A., & LOERCH, P. (2008). SIRT1 Redistribution on Chromatin Promotes Genomic Stability but Alters Gene Expression during Aging Cell, 135 (5), 907-918 DOI: 10.1016/j.cell.2008.10.025

jueves, 20 de noviembre de 2008

División se escribe sin Z


Desde la rueda hasta la turbina la humanidad se ha inventado un buen número de máquinas para realizar trabajos mecánicos muy diversos, por lo que parece natural que la misma función, como impulsar un coche, pueda hacerse con motores de diseños muy diferentes. También en las distintas células se puede hacer una misma función utilizando maquinarias de diferentes diseños. Así como la mayoría de los coches utilizan un motor de gasolina, la mayoría de los microbios y muchos orgánulos como los cloroplastos, para llevar a cabo la división en dos, utilizan un elemento común, la proteína FtsZ.







Distribución filogénetica simplificada de la proteína FtsZ.
Esta proteína es imprescindible para la división celular de un gran número de bacterias, arqueas y orgánulos.




Sin embargo hay vehículos que en vez de un motor de gasolina usan un motor eléctrico o incluso una caldera a vapor como las locomotoras. De hecho hay microbios que prescinden por completo de FtsZ y utilizan otro sistema para realizar su división. Ya se sabía que algunos parásitos intracelulares, como Chlamydia, carecen de dicha proteína. ahora se les une un importante grupo de arqueas, las Crenarchaeotas a las que pertenece Sulfolobus acidocaldarius, la especie en la que se ha hecho el descubrimiento.







Un hogar muy especial.

El jardín de las delicias de Sulfolobus acidocaldarius para nosotros sería mas bien un infierno, casi hirviendo a 80ºC y bastante ácido a pH 2. Su hogar, en las solfataras, se asemeja asombrosamente a las calderas de Pedro Botero ilustradas en el Hortus deliciarum, un manuscrito medieval compilado por Herrad def Landsberg entre 1167 y 1185.




¿Qué es y qué hace FtsZ?
FtsZ es una proteína con estructura y propiedades muy parecidas a la Tubulina, la proteína que en las células eucariotas como las humanas, forma los microtúbulos del citoesqueleto. Estos microtúbulos son los encargados de procesos tan importantes como el tráfico de vesículas por el citoplasma y del reparto de los cromososmas durante la mitosis. En la división de bacterias y de orgánulos de origen bacteriano, FtsZ se coloca en el centro de la célula y dirige el ensamblaje de todos los componentes que integran un anillo que ejecuta la constricción de la membrana celular. FtsZ es una proteína esencial, es decir que si una bacteria no la puede producir queda condenada a crecer sin poder dividirse, lo mismo que le ocurre a un cloroplasto privado de ella.




Estructura tridimensional de FtsZ y Tubulina.

Pese a que funcionan en procesos diferentes, las dos proteínas tienen una gran similitud estructural, que reside no tanto en los aminoácidos que componen sus secuencias, sino en el tipo de estructuras en hélice y lámina que adoptan.



¿Cómo lo hacen algunas arqueas?
Ahora mismo se reconoce que los microorganismos pertenecientes al Dominio Archaea están divididos en dos tipos distintos o phyla: Crenarchaeota y Euryarchaeota, aunque es probable que dentro de poco haya más tipos. Los euryarqueotas incluyen a los metanógenos y a las arqueas de ambientes hipersalinos mientras que los crenarqueotas son microorganismos termófilos e hipertermófilos. Pues bien, sólo los euryarqueotas parecían utilizar un mecanismo de división celular basado en el anillo contráctil de la proteína FtsZ. Es el caso de la arquea halófila Haloferax volcanii.


La división sin Z.
Por eso resultaba chocante no encontrar FtsZ, o algo muy similar, en las crenarqueas. Un grupo de investigadores de la Universidad de Uppsala, ha resuelto ahora este enigma: las crenarqueas sin FtsZ, han montado su maquinaria de división basándose en proteínas por completo diferentes a las de las bacterias y a las de sus primas las euryarqueas. Estas proteínas muestran homología con un tipo de proteínas eucariotas. La sorpresa es que no se parecen para nada a la Tubulina, y tampoco a la actina o la miosina, proteínas que participan en la división de eucariotas. Se parecen a las proteínas involucradas en la formación de vesículas endosomales a partir del retículo endoplasmático, o en la liberación de virus como el VIH.

Rolf Bernander y sus colaboradores han identificado tres proteínas de Sulfolobus acidocaldarius, denominadas CdvA, CdvB y CdvC, que se producen en el momento correcto en el que se predice comienza la división. Además, y como ocurre con varias de las proteínas que las bacterias utilizan para dividirse, los genes que las codifican están pegados en el mismo lugar del genoma.

Se les ha llamado operón cdv, un acrónimo de "celular-división". Dentro del trío, las proteínas CdvB y CdvC, son las que tienen homología con las proteínas eucariotas del complejo ESCRT-III. Dicho complejo forma vesículas en el lumen de las vesículas endosomales por un proceso conocido como “círculos concéntricos”. Si nos paramos un momento a pensar, crear una vesícula es algo parecido a una división celular por gemación. El tercer gen, cdvA, tiene la información para formar una proteína que se parece a otras proteínas del citoesqueleto eucariótico distintas a la Tubulina.


Parientes lejanos

En el esquema de la izquierda se representan las fases finales de la división de Sulfolobus acidocaldarius. Tras la replicación y segregación de los cromosomas se forma una constricción en el centro de la célula. Se ha observado que las proteínas Cdv se disponen en esa zona central y una hipótesis plausible es que intervienen activamente en dicha constricción. A la derecha se muestra el proceso de formación de vesículas endosomales en las rutas de procesamiento de los receptores de membrana de las células eucariotas. Dichos receptores son internalizados en la célula mediante una invaginación de la membrana plasmática formando una vesícula, la cual une a otras semejantes formando una vesícula más grande llamada endosoma. El endosoma sufre a su vez nuevas invaginaciones, liberándose pequeñas vesículas en su interior. Es en esa segunda invaginación donde están involucradas las proteínas pertenecientes al complejo ESCRT-III (etapas 1, 2 y 3). El resultado es que se forma una gran vesícula llena a su vez de vesiculitas conocida como cuerpo multivesicular, que acaba fusionándose con un lisosoma para la degradación de su contenido.




La expresión de los tres genes está regulada por un puesto de control, lo que en inglés se llama un "checkpoint", pues no se inducen hasta que no comienza la segregación de los cromosomas. Si algo va mal en la replicación del DNA, por ejemplo tras la irradiación con luz ultravioleta, se inhibe la producción de dichas proteínas y se frena la división. También cesan de producirse cuando Sulfolobus no precisa dividirse, ya sea porque deja de crecer, se le inhibe con antibióticos que bloquean la división, o se le impide la división por medio de mutaciones.



Ni C ni Z, para nosotros división se escribe con S.
Resumiendo, los crenoarqueotas no poseen la exclusividad sobre su mecanismo de división celular. Lo que hacen es usar de forma distinta un mecanismo que los eucariotas conservan, pero dedican a otra función. Evidentemente eso tiene una serie de implicaciones filogenéticas. Si nos centramos en la filogenia vista desde el mundo de las arqueas, la primera divergencia se cree que ocurrió entre el linaje arquea/eucariota y el linaje bacteriano. Luego debió ocurrir la divergencia entre arqueas y eucariotas y finalmente la divergencia entre euryarqueotas y crenarqueotas. Estos resultados parecen indicar que el mecanismo de división basado en FtsZ es más antiguo, pero que quizás coexisitese con el mecanismo basado en CdvB y CdvC. Cuando sucedió la divergencia entre los euryarqueotas y los crenoarqueotas, los primeros continuaron con FtsZ y los segundos adoptaron el otro sistema. Los eucariotas sin embargo desarrollaron otro sistema de división celular y dejaron el sistema homólogo a Cdv para utilizarlo en la formación de vesículas, y a la heredera de FtsZ, la Tubulina, la colocaron en su citoesqueleto para llevar cosas, entre ellas los cromosomas, de un lado a otro de la célula.

Resulta muy interesante comprobar que en los organismos procariotas ambos mecanismos de división parecen excluirse entre si. Por un lado tendríamos el mecanismo de las bacterias, y euryarqueas que utilizan FtsZ. Por otro el que utilizan las creanarqueas, basado en las proteínas Cdv. Es decir, unas tienen motores de explosión y otras motores eléctricos. Pero parece que también existen los microorganismos, un grupo de crenarqueas y Thermoplasma acidophilum, una especie de euryarquea, que como los coches híbridos pueden funcionar con motor de explosión o eléctrico pues contienen tanto proteínas Cdv como FtsZ. Pero lo más chocante es que hay un tercer grupo de crenarqueas que no tienen ni proteínas Cdv ni FtsZ. ¿Usarán una turbina?



¿Eliges FtsZ o Cdv?

La distribución filogenética de los genes de división en arqueas indica que no es frecuente el caso en el que existen a la vez las proteínas Cdv y FtsZ. Los recuadros negros indican presencia de los genes, los números se refieren a los grupos filogenéticos a los que pertenece cada especie representada. Tomado del trabajo comentado.




REFERENCIA:
A-C. Lindås, E.A. Karlsson, M.T. Lindgren, T.J.G. Ettema, and R. Bernander. 2008. A unique cell division machinery in the Archaea. Proc Natl Acad Sci USA.

NOTA DE LOS AUTORES
Este artículo se publica simultáneamente en los dos foros administrados por cada uno de los dos autores, esta iniciativa es de esperar que anime al público de cada uno a visitar el otro para obtener una visión más amplia de las "
curiosidades de esos pequeños bichitos ".


Este artículo ha sido traducido al inglés y publicado en el blog "Small Things Considered"