Bienvenidos. Este blog está dedicado a la Microbiología pero en general cualquier tema científico de interés tambien puede aparecer. El contenido de este blog es estrictamente científico y docente, por lo que no es un consultorio de salud. No estoy ni capacitado ni autorizado para responder a consultas de carácter médico-sanitario que expongan casos personales. Las imágenes que aparecen están sacadas de sitios públicos de la web y se indica su origen o basta cliquear sobre ellas para saberlo, pero si hay algún problema de copyright, por favor indicarlo en comentarios y se retirarán.

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domingo, 2 de octubre de 2011

TIMM-5



Hoy a dado comienzo el 5º congreso Trends in Medical Mycology en el Palacio de Congresos de la ciudad de Valencia. Como me toca presentar un póster he estado un poco liado estos días pasados. En este primer día he asistido a las charlas sobre la epidemiología de los hongos y las levaduras que causan micosis invasivas, aunque lo más interesante ha sido el workshop dedicado a las levaduras patógenas emergentes. Se ha hablado de cuatro géneros: Trichosporon, Geotrichum, Rhodotorula y Saccharomyces cereviseae



Y es que nuestra vieja amiga en determinadas situaciones puede convertirse en un patógeno oportunista muy fastidioso. La doctora Amparo Querol ha presentado un trabajo en el que ha comparado cepas industriales de S. cereviseae con cepas clínicas patógenas. Y su grupo ha encontrado cosas bastante curiosas, Por hacer un resumen: las patógenas pueden crecer a 42º, producen un montón de enzimas sobre todo fosfolipasas, y tiene activados los genes que la protegen del strees oxidativo, algo muy importante si te diseminas a través del sistema sanguíneo.

jueves, 22 de septiembre de 2011

Buscando a la Muerte Negra



                                 Yo soy la muerte cierta a todas las criaturas
                                 que son y serán en el mundo durante
                                 Demando y digo: Oh hombre ¿Por qué curas
                                 de vida tan breve en punto pasante?


El texto pertenece a la “Danza de la Muerte”, un texto anónimo del siglo XV basado en las representaciones macabras del XIV. La ilustración es un dibujo de 1493 realizado por Michael Wolgemut. Fuente: Wikipedia.


En el año 1347 llegó a Europa occidental la peste. No era la primera vez que esta enfermedad llegaba a Europa. La que está considerada como la primera pandemia de peste, la peste de Justiniano, afectó al Imperio Romano Oriental entre los años 541 y 542, aunque perduró hasta el 750. Pero esta segunda pandemia fue muchísimo más devastadora. Cuatro años después la población europea había pasado de 75 a 50 millones. Es decir, la Muerte Negra había acabado con un tercio de la población. Europa no fue el único territorio afectado. Se estima que China perdió la mitad de su población, mientras que en África del Norte, con una menor densidad de población, afectó tan solo a un octavo. El último brote de esta pandemia en Europa ocurrió en el año 1720 en la ciudad de Marsella. La tercera pandemia de peste comenzó en China a comienzos del XIX y aún permanece con nosotros. Es la responsable de los últimos brotes que aparecen de vez en cuando en las noticias.


Difusión de la Peste negra. En verde, las áreas de menor incidencia, en rojo las de mayor. Fuente: Wikipedia.


La peste es causada por la bacteria Yersinia pestis, y se han asociado tres biovariedades a las tres pandemias. Así, la peste de Justiniano fue causada por la biovar Antiqua, la Muerte Negra por la biovar Medievalis y la tercera pandemia por la biovar Orientalis. Estas biovariedades todavía están presentes en reservorios animales como ratas y marmotas. La biovar Antiqua se encuentra en África y Asia Central, la biovar Medievalis en Asia Central y la biovar Orientalis está muy diseminado por todo el globo.

La Muerte Negra fue tan terrible y virulenta que muchos han pensado que quizás el patógeno causante fue otro distinto a Yersinia pestis. Trabajos anteriores habían encontrado DNA de la bacteria Yersinia pestis en restos humanos de víctimas de la peste, pero también se encontraron que las secuencias de las bacterias medievales mostraban un filogenia única distinta de las biovariedades actuales.


Excavación mostrando los esqueletos de los que se tomaron las muestras. A la derecha, detalle de los dientes uno de los cráneos. Fuente: Schuenemann et al.


Con esa idea en la cabeza un grupo de investigadores de diversos países han realizado un estudio paleopatológico para caracterizar al responsable de la terrible enfermedad. Para ello han muestreado 109 muestras (huesos y dientes) provenientes de esqueletos de víctimas de la peste enterradas en una fosa común en Londres utilizada entre 1348-1350. Como control negativo han usado restos humanos de una época anterior a la llegada de la peste. Gracias a las nuevas tecnologías de amplificación y secuenciación del DNA han conseguido reconstruir 10 genomas mitocondriales humanos (16 kb cada uno) y un plásmido de virulencia pPCP1 de 9.6 kb que sólo se encuentra en Yersinia pestis. El plásmido pPCP1 codifica para un factor de virulencia, la proteasa Pla un activador de plaminógeno, esencial para la patología pneumónica. También han detectado otras secuencias pertenecientes a otros plásmidos de virulencia específicos de dicha bacteria. La reconstrucción de los genomas mitocondriales humanos era una forma de control interno para excluir contaminación exógena pues estos presentaban un determinado patrón de degradación característico del DNA antiguo. De esa forma se han asegurado de que el plásmido y los genes amplificados eran de origen medieval, y no de origen moderno.


Secuencias encontradas en la Y. pestis medieval. PCR cuantitativo del locus cafM1 (codifica para una chaperona) del plásmido de virulencia pMT1. (B) Secuencia cromosómica del gen s19 que muestra dos sustituciones sinónimas en el gen de la Helicasa II (C) Alineamiento consenso de los genes del plásmido pPCP1 medieval comparado con las 14 variantes modernas. Los genes son rop, proteína reguladora de la replicación del plásmido, pim, proteína de inmunidad de la pesticina; pst, pesticina, una bacteriocina; pla, gen del activador del plasminógeno. (D) Alineamiento de la secuencia consenso del pPCP1 de la Y. pestis medieval en uno de los puntos en que es distinta a las 14 variantes modernas. Fuente: Schuenemann et al.


La investigación genética de los microbios patógenos de tiempos pasados puede rendir una gran cantidad de datos que permitan dilucidar como coevolucionan la patogenicidad y la resistencia o susceptibilidad de los hospedadores. Esos datos pueden servir como modelo para estudiar y predecir el comportamiento de nuevos patógenos emergentes.


Esta entrada participa en el Biocarnaval de Verano que se celebra en ¡Jindetrés, sal!.

Agradecimientos a Victor Jimenez por avisarme de la publicación de este artículo.

ResearchBlogging.org
Schuenemann, V., Bos, K., DeWitte, S., Schmedes, S., Jamieson, J., Mittnik, A., Forrest, S., Coombes, B., Wood, J., Earn, D., White, W., Krause, J., & Poinar, H. (2011). PNAS Plus: From the Cover: Targeted enrichment of ancient pathogens yielding the pPCP1 plasmid of Yersinia pestis from victims of the Black Death Proceedings of the National Academy of Sciences, 108 (38) DOI: 10.1073/pnas.1105107108

domingo, 18 de septiembre de 2011

El caso de la bacteria-Jekyll y Mr. Hide

Fuente de la imagen: Allposters .


Uno de los más típicos argumentos del cine de terror es el del científico, bien porque está loco o por accidente, coge a un animal doméstico y lo transforma en un mutante sanguinario devora humanos. Bueno, pues algo parecido puede leerse en un reciente artículo publicado en la revista mBio, pero los científicos que lo han hecho no tienen nada de locos, sino todo lo contrario.

La cepa K-12 de Escherichia coli es una bacteria muy utilizada en los laboratorios. Puede afirmarse que este comensal intestinal aislado hace unos 100 años está domesticado y ya no puede sobrevivir en su hábitat original. Si se le reintroduce en el intestino humano se queda fuera de las células incapaz de hacer ningún daño. Parece difícil pensar que es la misma especie biológica en la que se encuentran la tristemente famosa E. coli enteroinvasiva que tantas muertes causó recientemente. Generalmente, esas diferencias de comportamiento se explican por grandes cambios genéticos por transferencia horizontal. Así en el caso de las EHEC suelen verse implicados fenómenos de lisogenia.

Pero el grupo del Instituto de Medicina Molecular de Nueva Delhi liderado por la doctora Sudeshna Kar ha encontrado que basta realizar un pequeño cambio genético para que la cepa K-12 se convierta en un parásito intracelular con una gran capacidad invasiva. Se trata de cambiar un par de aminoácidos en una proteína parecida a histonas llamada HU (Histone-Like HU proteins). En concreto el glutámico de la posición 38 por una lisina, y la valina de la posición 42 por una leucina.


A la izquierda una célula intestinal invadida por la cepa mutante SK3842 (cuerpos oscuros redondos). A la derecha una célula con bacterias de la cepa parental en el exterior. Fuente de la imagen: Koli et al. No, no es una broma. El primer autor del artículo se llama Preeti Koli.


La HU es una proteína que, como las histonas de los eucariotas, se une al DNA y modula su arquitectura macromolecular mediante el control de su superenrrollamiento. En el año 2005 Kar y sus colaboradores consiguieron este mutante para estudiar el efecto del cambio de superenrrolllamiento en la expresión de los genes bacterianos. Lo que encontraron es que la proteína HU mutante se disponía formando octámeros en lugar de dímeros, y que esos octámeros superenrrollaban al DNA de mannera positiva (lo normal es que el superenrrollamiento sea negativo). Eso causaba una mayor compactación cromosómica. Pero además vieron que en el mutante se afectaba tanto su perfil de transcripción genética, su fisiología en incluso la morfología celular. Los mutantes se habían transformado en cocos.

(A) Estructura tridimensional de un dímero de la proteína HU unida al ADN visto de frente y perfil. (B) Superenrrollamiento del DNA (espiral gris) alrededor de las moléculas de HU (cilindros rojos). Fuente de la imagen: Anne Grove.


Una de las cosas que más les llamó la atención es que la expresión de genes de virulencia crípticos se veía activada. Se les ocurrió entonces comparar el comportamiento del mutante con su cepa parental cuando ambas eran crecidas en presencia de células intestinales. Y ahí es donde se encontraron con la sorpresa. En una situación similar a la del Dr Jekyll y Mr Hide, la inocua cepa parental se había transformado en una bacteria parásita. El mutante era capaz de penetrar en las células, de liberarse del fagosoma, de reproducirse intracelularmente y de desactivar la apoptosis de la célula hospedadora para así permitir a la bacterias tiempo para infectar nuevas células de las capas internas intestinales. Este trabajo indica que E. coli podría cambiar su estilo de vida dependiendo de su relación con las células hospedadoras simplemente mediante una reprogramación de su transcripción celular y sin que se necesiten grandes cambios genéticos.


Imágenes de fluorescencia que muestran los cambios del citoesqueleto en células infectadas por la cepa mutante SK3842 (i) Tiempo 0 minutos, (ii) Tiempo 5 minutos (iv y v) Tiempo 30 minutos. En los cuadros pequeños puede observarse la reorganización del citoesqueleto alrededor de las células bacterianas invasoras. Fuente de la imagen: Koli et al..




Esta entrada participa en el Biocarnaval de Verano que se celebra en ¡Jindetrés, sal! y en el VII carnaval de la Química que se celebra en FeelSynapsis.


La misma historia en el blog "Microbichitos" de Miguel Vicente, y en "Small Things Considered de Moselio Schaechter.

ResearchBlogging.org
Koli P, Sudan S, Fitzgerald D, Adhya S, & Kar S (2011). Conversion of Commensal Escherichia coli K-12 to an Invasive Form via Expression of a Mutant Histone-Like Protein. mBio, 2 (5) PMID: 21896677

miércoles, 14 de septiembre de 2011

Premios Bitácoras 2011

Como nunca viene mal algo de publicidad he presentado este blog a los premios Bitácoras 2011 en la categoría de Blogs de Ciencia. A a todos aquellos lectores que me voten, muchas gracias por adelantado. El voto lo podéis realizar pulsando el botón que tenéis a vuestra derecha. También he presentado al premio al mejor podcast a "El podcast del microbio". Así que si creéis que se lo merece, pasaros por allí para votar (aquí solo se puede votar por "Curiosidades") Fuente de la imagen: PHDCOMICS

miércoles, 24 de agosto de 2011

La cerveza lager: una fusión en frío


Fuente de la imagen: Wikipedia.


ACTUALIZADA el 30 de septiembre de 2015 (ver abajo)

Uno de los mejores placeres del verano es tomarse una cerveza bien fresquita sentados en una terraza y disfrutando del tiempo libre. Fueron los sumerios los que hace unos 6.000 años comenzaron a fabricar el preciado líquido gracias a la inestimable colaboración de las levaduras. Desde entonces la cerveza ha ido siempre asociada a la civilización, así que si se extendía una, también lo hacia la otra. Como es lógico, a lo largo de la historia de la humanidad han ido apareciendo diferentes variantes de la cerveza.

Probablemente la variante cervecera más famosa es la lager, la típica cerveza rubia que consumimos por estas tierras. Su origen es alemán, de la zona de Baviera, y se remonta al siglo XV. Tiene ese nombre porque se producía en los lagares o bodegas. Su merecida fama comenzó a consolidarse en el siglo XIX.


Levadura de baja fermentación: homebrewtalk.


La aparición de la lager supuso una revolución en la producción de cerveza. Hasta ese momento, las cervezas europeas se producían mediante un "fermento" que se disponía en la superficie del barril y que necesitaba una temperatura templada para crecer (unos 20ºC). Pero el fermento de las lager se disponía en el fondo del barril y podía crecer a temperaturas más bajas (10º C). Por eso a las primeras se las conoce como cervezas de alta fermentación (como las altbier o las ale británicas) mientras que a las lager se las conoce como cervezas de baja fermentación. En el sabor, las lager son menos dulces que las ale. Pero eso no era todo. Una ventaja de las lager es que podían elaborarse en las bajas temperaturas de lugares fríos y húmedos como las bodegas y se estropeaban mucho menos que las ale. Una razón era la baja temperatura, pero otra era que el fermento "bajo" era capaz de acabar con todo el azúcar presente en la malta.

Hubo que esperar hasta Pasteur para comprender que la fermentación de la cerveza era un proceso microbiológico. Como es natural todos los productores de cerveza se interesaron por identificar las levaduras responsables de la elaboración de sus respectivos productos. En 1883 es cuando nuestra vieja conocida, la levadura Saccharomyces cerevisiae, fue identificada por Emil Christian Hansen que trabajaba para los laboratorios Carlsberg (aunque fue Franz Meyen en 1830 el que demostró que el "fermento" era un hongo). El propio Hansen fue el primero en observar que la levadura de las cervezas lager era criotolerante y distinta de las levaduras de las otras cervezas, por lo que propuso denominarla Saccharomyces carlsbergensis (actualmente es S. pastorianus).


Emil Christian Hansen. Fuente de la imagen: Carlsberg Group.


¿Y de dónde proceden todas estas levaduras domesticadas? Pues en principio de la Naturaleza. Por ejemplo, pueden aislarse cepas de Saccharomyces cereviseae silvestre a partir de corteza de robles (género Quercus, família Fagaceae, orden Fagales). Y lo mismo puede decirse para otras levaduras del género Sacharomyces. Pero había una excepción bastante notable: no se conseguía aislar a S. pastorianus del medio natural. Esta levadura dependía enteramente de los humanos para su propagación. Al analizar su genoma se descubrió que era un híbrido allotetrapolide producido por una fusión entre S. cereviseae y una especie de levadura desconocida.

En primer lugar se pensó que el ancestro desconocido debía de ser alguna otra levadura criotolerante. Los candidatos más probables eran S. bayanus y S. uvarum. Pero resulta que S. bayanus es un híbrido de S. uvarum con la especie desconocida. Y esa especie es la que han encontrado un grupo de científicos liderados por el investigador José Paulo Sampaio de la Universidad Nova de Lisboa.

Lo que han hecho ha sido buscar levaduras criotolerantes en otros hábitats similares a aquellos en los que crece Saccharomyces, tanto en el hemisferio norte como en el hemisferio sur. En el hemisferio sur, el árbol que ocupa el nicho ecológico del roble es el grupo de las hayas del sur pertenecientes al género Nothofagus (familia Nothofagaceae, orden Fagales). Estos árboles son muy abundantes en los bosques de la Patagonia, una región con una media de temperaturas de 6/8 ºC, con un mínimo de -1/-2 ºC y un máximo de 22/23 ºC. Una condiciones muy favorables para los criotolerantes.


Lenga, Nothofagus pumilio. Fuente de la imagen: Wikipedia.


Entre los distintos aislados se encontraron con dos nuevas especies de levaduras asociadas con distintos tipos de árboles. Una de ellas se aislaba preferentemente en el ñire (Nothofagus antarctica) y la lenga (N. pumilio). Tras ser analizada genéticamente, los investigadores encontraron que esa nueva especie era el ancestro de S. pasturianus y de S. bayanus que buscaban. Por eso la han bautizado como Saccharomyces eubayanus (el prefijo eu significa "verdadero").



Modelo de la formación de S. pastorianus y las cepas híbridas de S. bayanus. Explicación más detallada en el texto. Fuente de la imagen: Libkind et al..


Los investigadores han propuesto el siguiente modelo para explicar la domesticación de la levadura cervecera S. pasteurianus. En algún momento del pasado una célula de S. cerevisiae se fusionó con otra de S. eubayanus y dio lugar al alotetraploide que conocemos como S. pasteurianus. La nueva levadura crecía mucho mejor a baja temperatura y fermentaba correctamente la malta. Los maestros cerveceros de aquella época comenzaron a domesticar el nuevo fermento buscando una mejor producción de cerveza. Pero la domesticación supuso una fuerte presión de selección. Poco a poco la nueva levadura fue cambiando y adaptándose a las nuevas condiciones. Así algunos cromosomas de S. cerevisiae se fusionaron con los de S. eubayanus (cromosomas naranjas y amarillos en la figura). La más llamativa es la fusión del brazo derecho del cromosoma VII de S. eubayanus a secuencias subteloméricas del brazo derecho del cromosoma VII de S. cerevisiae que contiene el gen IMA1. Este gen codifica para la isomaltasa, una enzima que cataliza la ruptura del disacarido isomaltosa. De esa forma, el híbrido puede procesar de manera más eficaz los azúcares presentes en la malta.

Otro cambio que sucedió durante la domesticación fue la inactivación de los genes SUL1 y la mayor expresión de los genes SUL2. Estos genes son responsables del transporte de sulfato. Y el sulfato es el precursor del sulfito, un compuesto antioxidante y estabilizante del sabor y el aroma. En las cepas cerveceras, la expresión de SUL2 aumenta la producción de sulfito.

Pero ahí no acaba la historia de aparición de nuevas especies. Antiguamente no se conocía la importancia del cultivo puro de microorganismos. La cerveza debía de contener múltiples especies de distintas levaduras. En algún momento una célula de S. eubayanus debió de adquirir mediante un proceso de transformación genética un gran fragmento de DNA de S. pasteurianus. Esta S. eubayanus transformada podría medrar como un contaminante más de la cerveza. Y esta nueva cepa debió de hibridar con la levadura S. uvarum dando lugar a la especie S. bayanus.

Ahora queda por contestar la pregunta ¿Cómo llegó S. eubayanus a Alemania?. Los autores indican dos posibilidades. O bien que esa levadura esté presente en algún nicho ecológico del hemisferio norte. Pero la creen poco probable ya que por ahora no se la ha encontrado, y eso que se llevan aislando levaduras de manera intensiva desde finales del siglo XIX. La otra posibilidad es que S. eubayanus llegara a Europa gracias al comercio transoceánico.

¿Es eso posible?. Los autores del artículo no dedican ni una línea a defender dicha posibilidad. El principal problema de dicha hipótesis es que la lager apareció en el siglo XV, no en el XVI. Un siglo antes de que hubiera presencia hispana en la Patagonia. Pero, ya que estamos en verano, yo me voy a lanzar a la piscina. La Patagonia fue descubierta por Americo Vespucio en 1502, aunque quienes realizaron una exploración algo más intensiva fue la expedición de Magallanes de 1520. Hay que esperar hasta el 9 de marzo de 1535 para que Simón de Alcazaba y Sotomayor, por mandato de Carlos I, fundara Nueva León (a 29 kilómetros al sur de la actual localidad de Camarones) que fue el primer intento de fundar una población estable en la Patagonia. Hacia 1550 podríamos decir que ya hay presencia española constante por debajo del paralelo 35º, el límite superior de la latitud Sur para los árboles pertenecientes al género Nothofagus.

Carlos I de España y V de Alemania gobernó entre 1516 y 1566. De todos es conocido que era un gran amante de la cerveza, y se la hacía traer desde Flandes y sus posesiones alemanas. 1516 también es famoso porque es el año de promulgación de la famosa Ley de la Pureza de la Cerveza en Baviera. En 1546, los bávaros se comprometieron firmemente con Carlos I en su lucha contra los protestantes. No es descabellado pensar que madera proveniente de algún ejemplar de Nothofaga fuera colectado en América del Sur, llevado hasta España para hacer barriles y que de allí acabara en Baviera almacenando cerveza. Y así tendríamos a S. cerevisiae junto a S. eubayanus.

¿Y la cerveza lager del siglo XV? Pues me apuesto pincho de tortilla y caña a que era diferente que la lager del XVI y que las levaduras de esa cerveza fueron "desplazadas" por S. pasteurianus durante el proceso de domesticación. Ya veremos que dicen los futuros artículos dedicados al tema.



ACTUALIZACION. En mayo de 2014 se publicó un artículo en el que se habían aislado cepas de S. eubayanus en la meseta tibetana. El análisis genético indicaba que esas levaduras tenían mayor relación de parentesco con la levadura de la cerveza lager. Si se confirma el resultado esto querría decir que la levadura cervecera seguramente llegó a Europa gracias a la ruta de la seda.

Esta entrada participa en el Biocarnaval de Verano que se celebra en ¡Jindetrés, sal! y en el VII carnaval de la Química que se celebra en FeelSynapsis.




ResearchBlogging.org

Libkind, D., Hittinger, C., Valerio, E., Goncalves, C., Dover, J., Johnston, M., Goncalves, P., & Sampaio, J. (2011). Microbe domestication and the identification of the wild genetic stock of lager-brewing yeast Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1105430108

jueves, 11 de agosto de 2011

Microbichitos, el blog-fenix de la Microbiología




Todos los interesados en la Microbiología conocemos el blog "Esos pequeños bichitos" escrito por el investigador Miguel Vicente. Sin embargo desde hacía algún tiempo no se actualizaba y parecía inactivo. Hasta que la semana pasada anunció su cierre. Pero afortunadamente el blog no ha muerto. Ha resurgido de sus cenizas y ahora será publicado dentro de los blogs de ciencia de "El País", aunque con un cambio de nombre. Comienza la andadura de "Microbichitos" y desde aquí os animo a todos, no a que le echéis un vistazo, sino a que lo leáis con mucha atención.

martes, 19 de julio de 2011

¿Y si todavía está ahí?



Antes de seguir leyendo ¿sabes qué es lo que está fotografiado arriba?

Si has pensado en un fósil no vas desencaminado. Pero no es uno muy antiguo, sino todo lo contrario. Data de 1876.

El pasado mayo, la Sociedad Histórica de Virginia inauguró una exposición titulada Bizarre Bits dedicada a mostrar los "extraños pedazos" de su variada colección de objetos históricos. Entre ellos se encontraba un puro del presidente confederado Jefferson Davis, un hongo tallado representando al general Lee en su caballo y una corona trenzada con pelo humano

Pero lo que ha llamado más la atención son los pequeños restos fotografiados en la cabecera de esta entrada. Estaban en el interior de una carta escrita en 1876, en la cual se describía lo que eran. Un científico que visitó la exposición la leyó e inmediatamente se fue a un teléfono. A los pocos días aparecieron en el museo dos personas con mascarillas y guantes que abrieron la vitrina, recogieron los restos y los metieron en una bolsa con el símbolo de "Biohazard" impreso en cinta roja. Inmediatamente partieron para el CDC de Atlanta.

Los restos que contenía la carta eran de una costra para ser usada en el procedimiento de vacunación de la viruela que se estilaba en el siglo XIX. En la carta se puede leer

"Querido Pa, la pieza que adjunto es perfectamente fresca y fue tomada ayer del brazo de un niño... El Dr Harris dice que la costra puede ser usada para vacunar a 12 personas, pero si quieres más, tienes que enviar a alguien. La he clavado con un alfiler para que no la pierdas como te paso la otra vez"




La costra fue analizada en los laboratorios de Bioseguridad 4 en el CDC y se comprobó que no contenía virus de la viruela, pero sí que contenía el virus de la vacuna. En cierto sentido reavivo el temor de que el virus de la viruela todavía pueda estar presente, y activo, en alguna "reliquia histórica" que de vez en cuando se encuentra.


Fuente de la noticia y de la imagen superior: Wall Street Journal

Fuente de la imagen de la pústula de la vacuna: Gefor

Esta entrada participa en el Biocarnaval del Verano cuyo anfitrión es Marimarus Blog

lunes, 18 de julio de 2011

Donde he estado estos días



El XXIII Congreso Nacional de Microbiología de la SEM ha sido la razón principal del parón en las entradas del blog. Los días previos estuve liado con la preparación de mi exposición, y los días del congreso pues se pasaron entre charlas por la mañana, ver posters por la tarde e irse de cañas y tapas por la noche. Intentaré realizar algún pequeño resumen en una entrada posterior, aunque hoy comentaré aquello en lo que estuve más involucrado.

Se estableció formalmente el Grupo de Docencia y Difusión de la Microbiología con el nombramiento de los miembros de la Junta Directiva y de los grupos de trabajo. Entre las diversas iniciativas propuestas se decidió establecer un "Facebook" y un canal "Twitter". Así que estáis invitados a visitarlos.

viernes, 1 de julio de 2011

La peste bovina ha sido erradicada



Junio 2011 ha pasado, y con el mes, también ha concluido el plazo para considerar erradicada a la peste bovina. El pasado 28 de junio la FAO adoptó una resolución en la que se declara la erradicación mundial de la enfermedad.

No ha habido mucho ruido ya que los medios de comunicación habían adelantado la noticia desde hace bastante tiempo. En este blog ya comentamos el tema en diciembre de 2009 sin ir más lejos.

La resolución también pide a la comunidad mundial que se dé seguimiento asegurando la conservación de muestras de virus de la peste bovina y sus vacunas en condiciones seguras de laboratorio, y se apliquen las rigurosas normas de vigilancia y notificación de la enfermedad. Es decir, algo muy parecido a lo que ocurre con los stocks de viruela. Mejor tenerlos guardados y seguros a destruirlos completamente y quedarnos sin posibilidad de hacer nuevas vacunas.

Una buena forma de empezar julio.

viernes, 24 de junio de 2011

¿Quién vive en la piña debajo del mar... y en los bosques de Borneo?


Fuente de las imágenes: Wikipedia.


Pues sí, el amigo Bob Esponja acaba de ser inmortalizado en la taxonomía biológica. Aunque no como un porífero sino como una seta. Spongiforma squarepantsii es una especie de hongo perteneciente a la familia Boletaceae y que se ha encontrado en los bosques del Parque Nacional de las colinas de Lambir en Borneo.

Dennis E. Desjardin, del Departamento de Biología de la Universidad Estatal de San Francisco le puso ese nombre por el aspecto de su cuerpo fructífero, porque la superficie productora de esporas de dicho cuerpo le recordó al fondo del mar cubierto de esponjas y también porque se comporta como dice la canción: Su cuerpo amarillo absorbe sin más.... Y es que Spongiforma squarepantsii puede absorber agua y si la estrujas la expulsa y vuelve a su forma original. Desjardin comenta que esa propiedad es muy rara en los hongos.



Esporas de Spongiforma squarepantsii. Fuente de la imagen: Physorg.


Esta entrada participa en el V carnaval de la Biología que se celebra en FeelSynapsis.

ResearchBlogging.org

Desjardin DE, Peay KG, & Bruns TD (2011). Spongiforma squarepantsii, a new species of gasteroid bolete from Borneo. Mycologia PMID: 21558499

jueves, 23 de junio de 2011

Pequeña micropila de energía


La fotografía superior muestra el aspecto de cuatro ejemplares de la pila de combustible (fuel cell) generadora de bioelectricidad más pequeña que se ha construido hasta la fecha.

El volumen total es de 0,3 microlitros, ha sido construida utilizando tecnología de microfluidos y funciona gracias a que una bacteria coloniza el ánodo, crece formando un biofilm (ver imagen de abajo). El ánodo está sumergido en un líquido que lleva nutrientes que serán metabolizados por la bacteria y de esa forma se producen electrones que fluyen hacia el cátodo, creando un circuito. Tanto el ánodo como el cátodo tienen el grosor de un cabello, y aunque muy pequeña, el circuito genera una corriente constante. Esa corriente depende del tipo de biofilm que crece, la concentración del donante de electrones y el régimen de flujo. Se han usado dos especies bacterianas: Geobacter sulfurreducens que produce 92   A  m−3, y Shewanella oneidensis que llega a producir 127 A  m−3 (unas 7000 veces menos que una pila AA).




Uno de los grandes problemas de las micropilas de combustible es que el cátodo y el ánodo están sumergidos en líquidos distintos que hay que mantener separados, pero la separación debe de permitir el paso de protones. Eso se resolvía mediante el uso de membranas semi-permeables. Pero no era fácil "miniaturizar" las membranas para encajarlas en esos pequeños volúmenes. Los investigadores de la Universidad Carnegy Mellon han utilizado otro abordaje. Han eliminado la membrana y han utilizado canales para microfluidos para mantener a los dos fluidos separados. Es como si dos ríos fluyeran uno al lado del otro pero no se mezclan debido a que su velocidad de flujo es diferente. Esta estrategia es mucho más ventajosa que la otra en una aspecto mucho más importante: el económico. La tecnología de microfluidos es mucho más barata y simple que la tecnología que puede empaquetar una membrana en un pequeño volumen.



Fuente de las imágenes y texto: The Scientist a partir de material de la Carnegie Mellon University.


Esta entrada participa en el XX Carnaval de la Física cuyo anfitrión es Resistencia Numantina, en el V carnaval de la Biología que se celebra en FeelSynapsis y en el V carnaval de la Química que se celebra en Scientia.




ResearchBlogging.org

Li Z, Zhang Y, Leduc PR, & Gregory KB (2011). Microbial electricity generation via microfluidic flow control. Biotechnology and bioengineering PMID: 21495007

jueves, 16 de junio de 2011

Películas y bichos: "Cujo"



Hace poco tuve que repasarme mi trabajo "El microbio es la estrella" y aunque no pretendía ser una guía exhaustiva de películas de interés para la microbiología, al revisarlo me encontré con se habían omitido algunas obras. Menos mal que la web nos permite enmendar las cosas en cierto modo, así que aquí traigo una de esas omisiones.

"Cujo" es una película de terror del año 1983 basada en la novela homónima escrita por Stephen King. En ella vemos a la típica familia de pueblerinos americanos en la que el padre es un mecánico malcarado cuyo negocio de reparaciones de automóviles está bastante descuidado. Esta familia tiene un perro San Bernardo que no ha sido vacunado de la rabia. En una correría por el campo el perro mete su cabeza en el hueco de un árbol y es mordido por un murciélago. De esa manera, el can es infectado de rabia. Ya tenemos el origen del monstruo que va a cargarse a unos cuantos vecinos del lugar y que va a mantener aterrorizados a una madre y su hijo que tienen la mala fortuna de ir con su coche averiado al garaje del dueño del perro.

Creo que es una película que se ajusta a los cánones de las películas de terror con animal asesino como protagonista: sustos efectistas, unas cuantas muertes violentas, situaciones tensas,... en el que no puede faltar el enfrentamiento final entre el animal y la protagonista. No es muy original que digamos. Para pasar el rato y poco más.

Pero si la vemos desde una óptica microbiológica la cinta tiene su puntillo de interés. En primer lugar, los murciélagos son un reservorio natural del virus de la rabia RABV. Afortunadamente, los niveles de murciélagos rabiosos son muy bajos en una población dada. El CDC los estima en un 6 por ciento para los USA. Pero esos niveles son suficientes para que cada año, de uno a dos estadounidenses se vean afectados por rabia tras ser mordidos por un murciélago. Y eso suele suceder no porque el murciélago les ataque, sino porque la persona ha querido coger al mamífero volador por alguna razón.

En Europa, también se han dado casos de infección de rabia por mordedura de murciélago, aunque afortunadamente una frecuencia muy inferior a la norteamericana. Eso es debido a que el virus de la rabia en los murciélagos europeos es el EBLV1 y no el RABV. Según la web Argos, el virus EBLV1 fue descrito en murciélagos de nuestro país en 1987, pero no se ha descrito que haya afectado a humanos. No por eso no se ha dejado de vigilar epidemiológicamente a las poblaciones de murciélagos autóctonos.


Estructura del virus de la rabia (Fuente de la imagen: Univ. Stanford)



En segundo lugar, trata de las consecuencias que tiene el no vacunar a los animales, bien por desidia o porque no se cree en la eficacia de dicho tratamiento. Si lo extrapolamos a los seres humanos nos podemos encontrar con casos tan trágicos como el del reciente brote de sarampión en Andalucía por culpa de unos padres que se negaron a vacunar a sus hijos.

Y en tercer lugar, la película describe de forma muy gráfica los síntomas externos de un perro rabioso. Al parecer se utilizaron 6 perros distintos durante la producción, uno de ellos un Rotweiller, e incluso una cabeza robotizada y una persona disfrazada para alguna de las tomas. Lo más curioso es que los perros se tomaron el rodaje como un divertido juego, así que tuvieron que atarles las colas a los cuerpos porque de lo contrario se veía que lo estaban pasando pipa. Para las escenas en las que el perro se abalanza furioso sobre el coche en el que se refugian la madre con su hijo se utilizó un truco muy simple. Escondían los juguetes dentro del coche y luego le decían "¡busca! ¡busca!". Y finalmente, la espuma y la espesa saliva alrededor de la boca del can se realizaba mediante una mezcla de clara de huevo y azúcar, ¡un mejunje que resultaba un auténtico manjar para los perros!


Aquí os dejo el trailer.




Esta entrada participa en el V carnaval de la Biología que se celebra en FeelSynapsis.


ResearchBlogging.org


Vázquez S, Ibáñez C, Juste J, & Echevarria JE (2006). EBLV1 circulation in natural bat colonies of Eptesicus serotinus: a six year survey. Developments in biologicals, 125, 257-61 PMID: 16878483

jueves, 9 de junio de 2011

A nuevos males, viejos remedios


Microfotografía de fluorescencia en la que se muestra a una Escherichia coli probiótica (azul) cubierta de toxina-shiga (rojo) (Fuente de la imagen: Universidad de Adelaida)



Con motivo del brote de E. coli EHEC La web Science Daily ha sacado del baúl de los recuerdos un artículo publicado en Nature Medicine hace más de diez años.

En esa época, el grupo del profesor James Paton, de la Universidad de Adelaida desarrollaron un probiótico que se unía y neutralizaba a la toxina tipo Shiga producida por la cepa EHEC E. coli O157:H7. El probiótico consistía en una bacteria en la que mediante ingeniería genética expresaba en su superficie un lipopolisacárido que imitaba al receptor de la toxina Shiga. De esa forma, la toxina se unía a la bacteria probiótica y no a las células eucariotas, evitándose su perjudicial acción. La efectividad del método fue demostrada tratando a ratones infectados con E. coli O157:H7 y observando como se recuperaban completamente.

La toxina Shiga se une a un glicolípido denominado globotriaosil-ceramida (Gb3), que tiene la siguiente estructura: Galactosa α[1→4]Galactosa β[1→4]Glucosa-ceramida. Lo que hizo Paton y su grupo fue insertar en la cepa no patógena E. coli R1 (CWG308) un plásmido que contenía los genes lgtC y lgtE para codificar la galactosil-transferasa de Neisseria. La cepa E. coli R1 (CWG308) es una cepa que porta una mutación denominada waaO y que produce una síntesis truncada del lipopolisacárido de su membrana externa (ver la entrada anterior para la estructura del LPS). En esta cepa, el LPS se trunca en su parte nuclear y termina en una glucosa. Al insertar los genes lgtC y lgtE se formaba un LPS en los que se ligaba Galactosa α[1→4]Galactosa β[1→4] a la glucosa terminal.


Estructura del glicolípido globotriaosil-ceramida al que se une la toxina Shiga. El grupo del profesor Paton consiguió que una E. coli sintetizara un LPS con una secuencia oligosacarídica terminal idéntica. (Fuente: Medical Biochemistry)


A pesar de que el artículo llamó bastante la atención, y aunque el grupo del profesor Paton desarrolló una nueva cepa probiótica mucho más segura y que no portaba un plásmido con genes de resistencia a antibióticos, el probiótico no pudo culminar en el desarrollo de un producto terapéutico comercial, ya que ni siquiera llegó a Fase I (fase en la que comienzan los ensayos clínicos en humanos). Pero el brote de Alemania ha hecho replantearse la situación. Ahora parece que hay más de una compañía interesada en las bacterias de Paton y quizás en un futuro sea una terapia efectiva contra la toxina Shiga. Desgraciadamente no van a llegar a tiempo para ser usadas en Alemania.



Enlaces relacionados: "Cuando E, coli se pasa al lado oscuro" por Miguel Vicente en "Esos pequeños bichitos".

Esta entrada participa en el V carnaval de la Biología que se celebra en FeelSynapsis y en el V carnaval de la Química que se celebra en Scientia.



ResearchBlogging.org


Paton AW, Morona R, & Paton JC (2000). A new biological agent for treatment of Shiga toxigenic Escherichia coli infections and dysentery in humans. Nature medicine, 6 (3), 265-70 PMID: 10700227

Pinyon RA, Paton JC, Paton AW, Botten JA, & Morona R (2004). Refinement of a therapeutic Shiga toxin-binding probiotic for human trials. The Journal of infectious diseases, 189 (9), 1547-55 PMID: 15116289

martes, 31 de mayo de 2011

Escherichia coli O104:H4 Enterohemorrágica



Durante los pasados días se ha organizado un gran revuelo con las noticias sobre un brote en Alemania de Escherichia coli O104:H4 enterohemorrágica (más conocida por las siglas EHEC por EnteroHemorragic E. Coli). En un principio la culpa se echó a una partida de pepinos españoles, pero hoy mismo la ministra alemana de Salud de la ciudad-estado de Hamburgo ha tenido que reconocer que se precipitaron en sus conclusiones y que el origen parece estar en Hamburgo.

Inicialmente se pensó que el brote era a causa de otra cepa EHEC, la tristemente famosa E. coli O157:H7, parecido al que ocurrió en los EEUU en el 2008. Pero el serotipo O104:H4 que encontraron los alemanes era muy distinto y raro.

¿Y qué es eso del serotipo? Bueno, para explicarlo hay que repasar un poco la envoltura de esta bacteria. E. coli es una bacteria gramnegativa, eso quiere decir que tiene una membrana citoplasmática, rodeada de una capa de peptidoglicano, que a su vez está rodeada de una membrana externa. Esta última membrana es una bicapa formada por fosfolípidos, proteínas y lipopolisacáridos.



Estructura de las envolturas de una bacteria gramnegativa como E. coli. En la parte inferior tenemos a la membrana citoplasmática. Envolvieéndola está la pared de peptidoglicano y finalmente la membrana externa. Los cuadrados amarillos con colas de hexágonos son el lipolisacarido. Fuente: Universidad de Granada a partir del Brock, Biología de los Microorganismos



Fijémonos en el lipopolisacárido, también conocido por las siglas LPS. Estas moléculas son bastante grandes y están localizadas en la lámina externa de la membrana externa (valga la redundancia). Esta macromolécula es el resultado de ensamblar tres tipos de componentes: el lípido A, el polisacárido medular y el polisacárido O específico.




Estructura química del lipopolisacárido de una bacteria gramnegativa. Fuente: Universidad de Granada a partir del Brock, Biología de los Microorganismos


El lípido A es el que está embebido en la membrana externa. Es prácticamente idéntico en todas las bacterias gramnegativas. Son dos moléculas de glucosaminas unidas (un disacárido) a las que en sus grupos hidroxilo se les ha unido un ácido graso. Esta molécula es esencial para la bacteria pues sin ella no puede formarse membrana externa.

Al lípido A se le une el polisacárido medular o nuclear, también muy conservado entre las gramnegativas, en el que a su vez se distinguen dos regiones, la interna formada por 2-ceto-3-desoxioctónico (KDO) y la externa formada por diversas hexosas y heptosas.

Finalmente, el polisacárido O específico, que consiste en la repetición de hasta 40 veces (la "n" de la figura) de unidades tri-, tetra- o pentasacarídicas ramificadas. Los azúcares que se pueden encontrar son muy variados y poco frecuentes. Podríamos decir que esta parte de la molécula es la "piel" de la bacteria. La denominación "O" (la letra o, no el número cero) es porque es la denominación que se le dio cuando se comprobó que esta molécula era un antígeno muy potente que activaba el sistema inmune (por eso lo de "serotipo").

Al lipopolisacárido también se le conoce como endotoxina. Eso denominación proviene del siglo XIX cuando se comenzaba a estudiar la toxicidad bacteriana. Se descubrió que ciertas bacterias presentaban mayor toxicidad cuando eran fragmentadas que cuando estaban intactas. Así que se supuso que en su interior (endo-) se almacenaban toxinas que se liberaban tras su lisis. Posteriormente se descubrió que el lipopolisacárido era el responsable de la toxicidad. En cierto sentido es un mecanismo defensivo a lo "Alien el 8º pasajero". Si el sistema inmune acaba con la bacteria, se liberan los componentes de la membrana externa que causarán daño al organismo.

Pues bien. O104:H4 es un tipo de LPS y O157:H7 es otro tipo de LPS (bueno, la "H" hace referencia a otro tipo de antígeno, la flagelina, pero de eso hablaré en otro momento). De hecho hay unos 160 lipopolisacáridos descritos sólo para E. coli (C. Raetz y C. Whitfield 2002). Cómo es lógico, hay unas cuantas enzimas encargadas de producir el lipopolisacárido, y se ha visto que los genes que codifican para las mismas son de fácil transmisión horizontal entre las diversas cepas. Es decir, una E. coli con un determinado serotipo puede transformarse en otro serotipo distinto si capta dichos genes.

Sin embargo la gran patogenicidad de las cepas EHEC no es debida sólo al LPS. Muchas portan genes que codifican para toxinas del tipo Shiga, denominada así porque fue descrita por primera vez en la bacteria Shigella dysenteriae. Esas toxinas son exotoxinas, es decir, son secretadas por la bacteria y no forman parte integral de ellas. En el caso de las toxinas tipo Shiga, se trata de proteínas que inhiben varios procesos. Es decir, son como una navaja suiza pero en maligno. La toxina está compuesta de dos subunidades: A y B. La subunidad B se une a las membranas de las células que tapizan el interior del intestino bloqueando la captación de electrolitos.

Tras la unión, la subunidad A penetra en la célula e inactiva al 26S RNA ribosomal bloqueando el proceso de traducción. Esto acaba matando a las células intestinales y causando una grave diarrea. Pero por si fuera poco, la toxina acaba también con las células de los capilares (de ahí la diarrea sanguinolenta) y dispara la reacción de los neutrófilos. Se acaba produciendo un mayor daño tisular, lo que permite que la toxina pueda acabar en el torrente sanguíneo. Una vez allí se disemina por el organismo causando varios efectos, siendo uno de los más graves el destruir las células de los glomérulos renales, con lo que puede llegar a producirse un fallo renal (el llamado síndrome urémico hemolítico o HUS). Por si fuera poco, también tiene un efecto neurotóxico por lo que puede causar daños permanentes en el sistema nervioso.



Estructura tridimensional de la toxina-Shiga de E. coli O157:H7. En rojo se muestra la subunidad A y en azul la subunidad B Fuente: Wikipedia


Esto explica el porqué el tratamiento con antibióticos de este tipo de cepas no es tan efectivo e incluso puede llegar a ser contraproducente. La acción de la toxina Shiga no se ve afectada, y la destrucción de bacterias por el efecto de los antibióticos produce que se libere LPS, aumentando el efecto tóxico. Añadamos el hecho de que muchas cepas EHEC portan genes de resistencia a los antibióticos y el cuadro no es precisamente halagüeño.

Generalmente el tratamiento suele ser sintomático. Es decir, se suministra líquidos al paciente y se espera que la diarrea remita. En algunas ocasiones se recurre a transfusiones de sangre para eliminar la toxina del organismo. Pero si la infección es grave y los niveles de toxina elevados el paciente puede llegar a tener secuelas e incluso fallecer.

El caso es que los alemanes pueden haber dado con un tratamiento alternativo, aunque no ha sido debido a este brote. El pasado otoño, Franz Schaefer un nefrólogo de un centro pediátrico de Heidelberg trató a una niña de HUS. La terapia estaba fallando y se le ocurrió utilizar un anticuerpo monoclonal denominado "Eculizumab" que se utiliza en la terapia de una patología sanguínea. Este anticuerpo bloquea la acción de la proteína C5 del sistema de complemento, un mecanismo que provoca la lisis de las células que han sido "marcadas" por el sistema inmune. Al usarlo en la paciente ésta mejoró en tan sólo 24 horas. Al parecer, el HUS es causado por una hiperactividad del sistema de complemento disparada por la acción de la toxina Shiga. El tratamiento fue probado en otros dos niños con parecido éxito. Actualmente se está planteando utilizarlo con alguno de los actuales pacientes afectados por el brote de E. coli, aunque hay un pequeño problema. El Eculizumab es el medicamento más caro que se conoce, con un coste de 15.000 euros por paciente. Y desde el punto de vista clínico es difícil considerar el resultado con tres pacientes como una terapia efectiva. Esperaremos acontecimientos



Vídeo sobre como EHEC O157:H7 coloniza el intestino

Esta entrada participa en el V Carnaval de la Química, organizado por Scientia.




ResearchBlogging.org

Lapeyraque AL, Malina M, Fremeaux-Bacchi V, Boppel T, Kirschfink M, Oualha M, Proulx F, Clermont MJ, Le Deist F, Niaudet P, & Schaefer F (2011). Complement Blockade in Severe Shiga-Toxin-Associated HUS. The New England journal of medicine PMID: 21612462

Raetz, C., & Whitfield, C. (2002). LIPOPOLYSACCHARIDE ENDOTOXINS Annual Review of Biochemistry, 71 (1), 635-700 DOI: 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135414

lunes, 30 de mayo de 2011

Un nuevo antibiótico: Fidaxomicina



La FDA acaba de aprobar un nuevo antibiótico para uso clínico. Se trata de la fidaxomicina, un antibiótico macrocíclico que inhibe a la RNA polimerasa.



Estructura de la fidaxomicina (Fuente: Wikipedia)


¿Qué tiene de novedoso este antibiótico? Su nombre comercial nos da una pista: "Dificid". Es un antibiótico bastante selectivo contra la bacteria Clostridium difficile. Ya hemos hablado anteriormente de este patógeno intestinal. C. difficile pueda colonizar el tracto intestinal provocando un cuadro de diarrea severa debido a las toxinas que produce. La infección es complicada de tratar debido a que las esporas de la bacteria resisten el tratamiento con antibióticos. Generalmente las infecciones de C. difficile son tratadas con vancomicina, un antibiótico glicopéptido que afecta a la síntesis del peptidoglicano de las bacterias gram positivas sobre todo. Eso quiere decir que no discrimina entre "bichos malos y buenos". La ventaja de la fidaxomicina es que es muy selectiva contra C. difficile por lo que los "bichos buenos" de nuestra microbiota intestinal no se ven tan afectados.

Según el CDC, tan sólo en los Estados Unidos las infecciones por esta bacteria afectan anualmente a unas 500.000 personas de entre las cuales causa la muerte a 30.000. No es de extrañar que la FDA haya considerado que los ensayos clínicos de este antibiótico tenían la máxima prioridad. En el ensayo con 548 pacientes han visto que su nivel de efectividad es similar al de la vancomicina (88% frente a un 86%).



Resultado de los ensayos clínicos con la fidaxomicina (Fuente: Biotech Investment Paradigm)


Como puede uno imaginar, las acciones de la compañía que fabrican este antibiótico van a subir como la espuma. Se espera que las ventas superen los 217 millones de dólares para el 2015 sólo en los EEUU, y en todo el mundo se espera que sean de 500 millones.


Esta entrada participa en el V arnaval de la química organizado por Scientia.