El microbioma humano. Primera sesión del simposio Lilly

Impresiones a vuelapluma de la primera sesión del simposio de las tres que hemos tenido en el día de hoy.

Rob Knight, de la Universidad de Colorado (ya hemos hablado de él en el blog) nos ha hablado de sus estudios de los cambios del microbioma en el tiempo y en el espacio.

• Secuenciar el genoma es cada vez más barato. Por eso existe la metagenómica.
• Aún no hemos respondido a varias preguntas ¿cómo está distribuido el microbioma en el organismo? ¿cómo cambia en el tiempo? ¿cómo podemos trasladar lo que conocemos en modelos animales a humanos? ...
• Hay una gran variabilidad interindividual entre microbiomas. Lo han visto en la microbiota de la piel pero vale para otras microbiotas.
• Referencia: Forensic identification using skin bacterial communities. PNAS 2010.

Ilustración que muestra la coincidencia entre la microbiota de la piel y los microorganismos aislados del teclado de un ordenador de los distintos usuarios. La utilidad de este estudio es su aplicabilidad en ciencia forense.(Fuente: Fierer et al.)

Stanislav Rusko Ehrlich, del INRA nos ha hablado del proyecto MetaHIT

• Se pretende encontrar las relaciones entre la microbiota y las enfermedades.
• Un objetivo prioritario es encontrar un set de genes de referencia dentro los distintos microbiomas humanos.
• Se ha demostrado que hay asociación entre distintos síndromes y alteraciones en la microbiota. Por ejemplo la obesidad.
• Pero también se han encontrado enormes diferencias entre microbiotas de individuos sanos de diferentes áreas biogeográficas. Ejemplo la microbiota que muestran los franceses es completamente distinta a la de los daneses, tanto que una muestra de un francés parecería un enfermo entre los daneses (y viceversa).
• Más que de "especies" asociadas a un síndrome, hay que hablar de "meta-especies".
Referencia: El proyecto MetaHIT

Soren J. Sorensen de la Universidad de Copenhangen ha disertado sobre el Metamóviloma (Metamobilome). Es decir, del conjunto de genes de la microbiota de un determinado ambiente que pertenecen a elementos genéticos móviles, como pueden ser los plásmidos o los transposones.

• Lo que hace es aislar el DNA total de una muestra ambiental.
• Lo trata con una exonucleasa que degrada todo el DNA lineal, y de esa forma se queda con los plásmidos.
• Luego amplifica utilizando una sonda que reconozca el gen trfA. Este gen está involucrado en la transferencia horizontal y está presente en un gran número de plásmidos.
• De esa forma se han encontrado con dos familias de plásmidos dependiendo de su replicasa.
• Unos que tienen una replicasa que funciona con DNA con un contenido GC menor del 40% y otra que funciona con un %GC del 60%.

El concepto de supergenoma, o reservorio total de genes (pool of genes) disponibles para un organismo procariota en una determinada comunidad. Consiste tanto de los genes esenciales codificados en el cromosoma, llamado el reservorio privado, y los genes codificados en los Elementos Genéticos Móviles (MGE); como los plásmidos, transposones, virus, etc; denominado el resorvorio comunal. (Fuente: Norman et al.)

Y hasta aquí la primera sesión. Mañana intentaré publicar la segunda sesión de este primer día.

Enlaces relacionados: Segunda Sesión del Simposio

Fierer N, Lauber CL, Zhou N, McDonald D, Costello EK, & Knight R (2010). Forensic identification using skin bacterial communities. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107 (14), 6477-81 PMID: 20231444

Norman, A., Hansen, L., & Sorensen, S. (2009). Conjugative plasmids: vessels of the communal gene pool Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 364 (1527), 2275-2289 DOI: 10.1098/rstb.2009.0037