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miércoles, 31 de enero de 2018

Inexpugnabilidad bacteriana

Cara del Moro en el castillo de Santa Bárbara en Alicante (Fuente: Ayto. Alicante)


Aprovechando que es el décimo aniversario del blog traigo aquí un resumen del artículo publicado en Science sobre los 10 nuevos sistemas de defensa descubiertos en los procariotas (bacterias y arqueas). A día de hoy los sistemas de defensa de los procariotas frente a los virus más famosos son dos: las enzimas de restricción y el sistema CRISPR. Ambos se basan en reconocer al DNA foráneo, ya sea vírico o plasmídico, y destruirlo o inactivarlo. Pero ahora el grupo liderado por Rotem Sorek, del instituto Weizmann en Israel han encontrado que hay muchísimos más. Haciendo una analogía, si uno se encuentra uno escudo en una habitación quizás es que eso sea la armería, así que quizás lo que haya alrededor de ese escudo también sean armas de defensa. Lo que han hecho ha sido analizar unos 45.000 genomas de bacterias y arqueas buscando agrupamientos de genes (clusters) que estuvieran localizados cerca de las conocidas como "islas defensivas", otros agrupamientos de genes cuya función en la defensa contra virus es conocida (ver figura). Así encontraron una serie de genes que parecían estar involucrados en la inmunidad bacteriana. Encontraron 28 sistemas candidatos.

Análisis computacional empleado para encontrar las familias de proteínas cercanas a las "islas defensivas". En naranja están representados los genes que codifican para proteínas conocidas que sí están involucradas en sistemas de defensa (por ejemplo la proteína Cas). En colores rosáceos se representan las proteínas que pueden tener una función defensiva y que por análisis de secuencia muestran una gran conservación. De esa forma se podían identificar los componentes de los posibles sistemas de defensa (system candidate). Fuente: Doron et al.


El siguiente paso fue verificar que efectivamente eran sistemas de defensa y para hacer eso cogieron esos genes y los introducieron en bacterias modelo: Escherichia coli cepa MG1655 y Bacillus subtilis cepa BEST7003. Finalmente, sometieron a sus microorganismos modelo al ataque de diferentes fagos. Como control positivo utilizaron diversos sistemas de modificación restricción conocidos. De los 28 sistemas candidatos han confirmado el funcionamiento de 10, uno contra plásmidos y nueve contra fagos (ver siguiente figura).

Verificación del funcionamiento de los sistemas de defensa. En A se representa el diagrama de flujo de la estrategia experimental explicada en el texto. La tabla B muestra los sistemas de defensa activos cuando son clonados en B. subtilis y la tabla C en E. coli. Para medir el grado de protección se utilizó un ensayo de dilución seriada, comparando cepas con los sistemas clonados frente a cepas que no tenían ningún sistema de defensa. Cuanto más intenso es el color, más eficiente es ese sistema frente a ese fago. El nombre con el que se ha bautizado a cada uno de los sistemas caracterizado aparece a la izquierda. A la derecha se representa la organización genética de dichos sistemas con aquellos dominios que han sido identificados. Las siglas DUF significa que es un dominio de función desconocida (domain of unknown function). Los dibujos están a escala y la barra representa 400 aminoácidos. Fuente: Doron et al. .


El nombre que han puesto a cada uno de los sistemas es el correspondiente a dioses protectores de diversas mitologías: Thoeris es la deidad egipcia de la fertilidad y protectora de los recién nacidos, Septu es el dios de los cielos en la religión antigua egipcia, Druantia es la madre eterna en la mitología gala, Kiwa es la guardiana del océano en la tradición maorí, Hachiman es el dios japonés de los guerreros, Lamassu y Shedu son deidades protectoras asirias, Gabija es el fuego protector de la familia en Lituania y Zorya es el nombre de las dos guardianas protectoras de la mitología eslava.

Aunque no describen el mecanismo preciso sobre como deben de funcionar estos sistemas, en el trabajo se especula también sobre su funcionamiento en base a las homologías encontradas. Por ejemplo, Thoeris es un sistema que se ha encontrado en 2.070 genomas de los 45.000 estudiados. El sistema es bastante específico en la defensa frente a myofagos y contiene un dominio Receptor Toll-interleuquina (TIR) que podría mediar en interacciones intracelulares. Un aspecto llamativo es que los dominios TIR están involucrados en el sistema inmune innato de muchos eucariotas y su función es el reconocimiento de estructuras asociadas a patógenos (PAMP). Como dicen los propios investigadores en el artículo sus resultados indican que hay una participación común de los dominios TIR en la inmunidad innata de los tres dominios de vida, lo que implica que el ancestro de este componente tan importante del sistema inmunitario en los ecuariotas podría haber surgido del sistema de defensa procariota frente a los fagos. Pero eso no es todo, en la revista The Scientist apuntan que, tras la experiencia previa con CRISPR y una vez dilucidados el funcionamiento de dichos sistemas, el potencial para ser transformados en herramientas biotecnológicas de nueva generación será enorme.