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miércoles, 29 de diciembre de 2010

Pulque, mezcal y tequila. Primera parte.




Mayahuel, la diosa asociada al agave o magüey (fuente: de la imagen)



Esta entrada está dedicada a todos los lectores mexicanos del blog. En más de una ocasión han sido los más numerosos y durante el 2010 han celebrado el aniversario de su Independencia, pero además va dedicada especialmente al amigo Alfonso Cuervo de Cienciamania, porque creo que fue gracias a su publicidad por la que este blog ha tenido tanto éxito en su país.

No existiría el tequila si dos mundos no hubieran chocado. Cuando en el siglo XVI los españoles arribaron a las costas mejicanas llevaron con ellos abundantes suministros de brandy en lugar de vino. La razón era económico-religiosa. El vino es la bebida oficial del cristianismo. Pero embarcar vino en toneles es caro. Además, en una larga travesía oceánica se corre el riesgo de que el vino se estropee y se eche a perder, con lo que el negocio puede ser ruinoso.

Los españoles aplicaron la misma solución que los monjes franceses medievales para llevar vino a Inglaterra durante la Edad Media. Como en la pérfida Albión no había viñas, los monjes ingleses tenían que comprar el vino a los franceses si no querían celebrar misas con cerveza (como San Gambrino). Pero eso significaba transportar barricas por barco. Los monjes franceses de la región de Cognac decidieron abaratar costes de transporte aplicando al vino un procedimiento árabe que habían aprendido en sus peregrinaciones por el Camino de Santiago. Destilaron el vino y produjeron brandy. De esa manera reducían el volumen a transportar y además evitaban que la bebida se estropeara. Una vez cruzado el canal de la Mancha, se añadía agua y voilá!, otra vez tenían vino para la misa (y para otras cosas más mundanas) que era vendido con pingües beneficios.




Planta de Agave tequilana (fuente: wikipedia)



Pues bueno, los españoles hacían lo mismo. Destilaban el vino en España, metían el brandy en barricas, lo transportaban por barco y una vez en las Américas, lo diluían y se lo bebían. Está claro que conquistar nuevas tierras da sed porque la demanda superó a la oferta rápidamente. Inicialmente los españoles se conformaron bebiendo pulque, un producto indígena obtenido de la fermentación de la savia del agave. Pero probablemente aquello les pareció un poco flojo (3 a 5º de alcohol) si lo comparaban con el vino (12º). Como es mucho más fácil fabricar un destilador que trasplantar y crecer unas viñas, a algún gachupín se le ocurrió que lo que se podría hacer era destilar esa bebida alcohólica que bebían los nativos. De esa forma nació el vino de mezcal o simplemente mezcal. Con el tiempo, la producción más famosa y numerosa fue la de la zona alrededor de la localidad de Tequila y para acortar, a la bebida se le comenzó a conocer sólo con dicho gentilicio.

A primera vista parece que sólo tenemos tres bebidas: pulque, mezcal y tequila. Y las tres tienen como base la fermentación de la savia de un tipo de planta. Pero en realidad la historia es un poquito más compleja. Comencemos por el principio.




Estructura de la inulina (fuente: wikipedia)



Los agaves o magueys son una familia de plantas suculentas (Agavaceae) endémica de América. Hay numerosas especies, siendo la más famosa el llamado ágave azul (Agave tequilana) del que se obtiene el tequila. La planta era aprovechada por los aztecas de múltiples maneras. Se elaboraban tejidos, agujas, tejas, medicinas, etc. Pero lo más valorado era la savia o aguamiel, rica en fructanos, sobre todo inulina. Para obtenerla lo que se hace es cortar las hojas y acceder al corazón de la planta, que se asemeja a una piña. Entonces se abre una hendidura en la que se acumula la savia y se recolecta mediante un caño vegetal (el acocote), como si fuera una pipeta. Su aspecto es lechoso y tiene un cierto sabor dulzón. Un agave necesita entre 4 a 12 años para madurar y ser recolectado. Podemos imaginar el esfuerzo y tiempo que se le dedica a controlar los cultivos y no sufran de plagas o deterioros. La edad de la planta afecta a la calidad del producto final sobre todo en cuanto a la composición de algunos compuestos volátiles. Cuanto más madura la planta, menos cantidad de metanol y mejor calidad final del producto (Pinal et al. 2009).




Elaboración tradicional del pulque. (a) hendidura en la planta donde se recoge la savia. (b) succión oral con el acocote. (c) savia sin inocular. (d) contenedores abiertos donde se realiza la fermentación de la savia. (e) pulque tras la fermentación. (f) pulque enlatado para su venta. (fuente: Lappe-Oliveras et al.)


La bebida alcohólica tradicional de los aztecas era el octli y debía contener un grado alcohólico de entre 3º a 5º. El motivo es que era un producto que se obtenía de una fermentación natural en la que intervienen bacterias y levaduras silvestres que se encontraban sobre las superficies vegetales. Es muy probable que los aztecas conocieran la técnica de utilizar cultivos iniciadores (starters) de una fermentación anterior para conseguir una homogeneización del producto final. Parece ser que sólo las clases dirigentes y sacerdotales podían beberlo (¡que morro!). Los aztecas tenían varios tipos de octli para usar en sus diferentes ceremonias. Como 5º de alcohol no es mucho no era raro que el octli se estropeara convirtiéndose en un producto maloliente al que llamaban poliuhquioctli. El hecho de que la palabra "pulque" se derive de ese término me hace sospechar que esa era la bebida que los indígenas daban a los sedientos gachupines mientras que se guardaban el octli del bueno para ellos.

La conquista de los españoles supuso que la bebida perdiera su carácter sagrado. Como bebida profana comenzó a ser consumida en grandes cantidades tanto por las clases populares como por los españoles. Además se le añadió azúcares provenientes de la caña de azúcar y el maíz, para así aumentar el grado alcohólico y obtener un aguardiente más fuerte de hasta unos 6º.





Arbol filogenético basado en el 16S rRNA de las bacterias que intervienen en la fermentación del pulque (origen: Escalante et al.)


En la fermentación del pulque intervienen varios microorganismos y se reconocen cinco fases: láctica, alcohólica, viscosa, acética y pútrida. Inicialmente el pH es neutro y hay muchas más bacterias (aprox 109 por ml) que levaduras (5x106 por ml). En la fermentación del pulque no sólo se obtiene alcohol. Debido a la gran biodiversidad microbiana también se producen otros compuestos que tendrán importancia organoléptica como son esteres y aldehidos. Según transcurre el proceso fermentativo, el pH se acidifica así que las poblaciones de levaduras se incrementan mientras que las de bacterias disminuyen (2 x108 frente a 1x108 por ml). Las poblaciones microbianas se suceden de esta forma: primero bacterias lácticas como Leuconostoc y Lactobacillus homo- y heterofermentativas. Son el grupo más importante representando casi el 81% de todos los grupos bacterianos presentes. A continuación las levaduras (Saccharomyces) y otras especies como Cryptococcus, Candida, o Kluyveromyces), y bacterias lácticas heterofermentativas como Zymomonas mobilis que producen etanol al fermentar los azúcares. En la tercera fase aparecen las bacterias lácticas como Leuconostoc que gracias a la producción de dextranos vuelven más viscoso al pulque. Dependiendo de las condiciones de temperatura este proceso puede durar entre 6 a 12 horas. A partir de aquí se entra en las fases fermentativas que estropean el pulque. En la siguiente fase aparecen las bacterias acéticas como Acetobacter y Gluconobacter que consumen el alcohol al mismo tiempo que acidifican el pulque. El último paso es la aparición de microorganismos típicos de la putrefacción como clostridiales y otros fermentadores anaeróbicos que producen compuestos volátiles azufrados.





En la savia recién recolectada puede observarse diversas morfologías bacterianas incluidas bacilos grandes y pequeños, cocos en cadenas cortas y cocos en largas cadenas. También pueden observarse formas globosas que corresponden a levaduras (¿Sacharomyces?). Tras la inoculación se observa una mayor abundancia de levaduras y de cocos de superficie rugosa dispuestos en largas cadenas, posiblemente especies de Sacharomyces y de Leuconostoc respectivamente. A las 3 y 6 horas tras la inoculación la cantidad de levaduras es muy grande así como de cocos dispuestos en cadenas. (origen: Escalante et al.)


Podemos imaginar que a los gachupines, acostumbrados a los más de 10º grados de alcohol del vino, el pulque les debía de saber a poco. Y encima estaba el problema de su fácil descomposición. Así que comenzaron a aplicar su tecnología para modificar y mejorar el producto, lo que originó el mezcal y el tequila.


ResearchBlogging.org

Lappe-Oliveras P, Moreno-Terrazas R, Arrizón-Gaviño J, Herrera-Suárez T, García-Mendoza A, & Gschaedler-Mathis A (2008). Yeasts associated with the production of Mexican alcoholic nondistilled and distilled Agave beverages. FEMS yeast research, 8 (7), 1037-52 PMID: 18759745

Escalante A, Giles-Gómez M, Hernández G, Córdova-Aguilar MS, López-Munguía A, Gosset G, & Bolívar F (2008). Analysis of bacterial community during the fermentation of pulque, a traditional Mexican alcoholic beverage, using a polyphasic approach. International journal of food microbiology, 124 (2), 126-34 PMID: 18450312

martes, 28 de diciembre de 2010

Fotobacterias domésticas




El grupo investigador liderado por el Dr. Unschuld de la Streich Unniversität ha conseguido desarrollar una cepa bioluminiscente capaz de colonizar diversas superficies, incluida la piel humana. En la fotografía podemos ver el resultado (origen de la imagen: Nature Blogs). El objetivo final es utilizar dichas bacterias en los hogares como una alternativa más ecológica y barata a la luz generada mediante electricidad.

El mes pasado se anunció el desarrollo de árboles bioluminiscentes que podrían servir para señalizar las carreteras. El grupo del Dr XXX ha ido un paso más allá, al pensar que aquello que podría ser usado en el exterior bien podría ser usado en el interior de las viviendas.



Estas bacterias además tienen una ventaja adicional. El mecanismo de bioluminiscencia se activa gracias a un mecanismo de "quorum-sensing". Es decir, debe de haber una determinada densidad de población de bacterias para que estás comiencen a emitir luz. Y esa densidad sólo se alcanza si hay suficientes nutrientes en el medio que colonizan. Los investigadores han comprobado que el crecimiento de las bacterias es óptimo cuando las superficies colonizadas no son lavadas.

Las bacterias se alimentan de nuestros restos orgánicos como el sudor o las células muertas de nuestra piel. Es un gran acuerdo, y además ahorramos en agua y jabón, lo cual tiene importantes implicaciones medioambientales. Simplemente imagine la cantidad de CO2 que no va a generarse al no tener que calentar agua para lavarse. ha declarado Tag Schabernack miembro del grupo del Dr. Unschuld.

Este desarrollo biotecnológico también ha levantado algunas críticas. Son muchos los que temen que en caso de utilizarse dichas bacterias, las grandes beneficiarias serían las grandes corporaciones que fabrican desodorantes y perfumes.

Tras el anuncio del incremento de la factura de la luz en casi un 10%, el Ministerio de Industria ha mostrado su interés en estas investigaciones. Se plantea que en el recibo de la luz del 1 de abril se acompañe de una toallita empapada en un cultivo de dichos microorganismos para que se aplique sobre la piel de los contribuyentes. El tiempo de las bombillas parece haber llegado a su fin.

miércoles, 22 de diciembre de 2010

Matando bacterias con frío (bueno, no tanto)




Uno de los grandes problemas sanitarios es la infección de heridas con bacterias multirresistentes a los antibióticos. Se están buscando tratamiento alternativos, sobre todo procedimientos físicos. En el blog ya hablamos de utilizar rayos láser. Ahora, se está intentando utilizar plasma frío.

Una colaboración ruso-germana ha probado una nueva técnica en un modelo animal en el que a ratas de laboratorio se les infligieron heridas y luego fueron infectadas con las bacterias Pseuodmonas aeuroginosa o Staphylococcus aureus, conocidas por ser bacterias que causan graves problemas hospitalarios. Tras un tratamiento de 10 minutos con un plasma de baja temperatura se pudo llegar a matar a un 90% de bacterias que infectaban las heridas sin dañar a los tejidos animales. El plasma mata a las bacterias incluso aunque formen un biofilm, lo que hace esta técnica mucho más interesante, ya que los biofilms suelen incrementar la resistencia de los patógenos a los antibióticos. El efecto bactericida se debe a que el plasma interfiere con el DNA y las envolturas de la bacteria.



Lampara de plasma (fuente: wikipedia)


El plasma se aplica mediante una especie de soplete que lanza el gas ionizado a una temperatura de unos 35º-40º centígrados. El lector podrá pensar que eso no es precisamente algo "frío". Pero es que en términos físicos, el plasma es un estado de la materia similar a un gas, en el que una porción de sus partículas están ionizadas. Normalmente se requiere una gran cantidad de energía para producirlo, como por ejemplo una descarga eléctrica como la que podemos observar en los rayos. En esos casos se pueden alcanzar temperaturas de hasta 27.000 grados. Lo difícil es producir plasmas a temperatura ambiente y a presión atmosférica.



A la izquierda se puede ver una placa petri de agar-sangre que ha sido tratada con plasma en el centro. Los puntitos con halos claros alrededor son colonias bacterianas que han producido hemólisis. A la derecha se ve una placa control en la que no hay bacterias inoculadas (fuente: Popular Science)



Lo que han hecho los investigadores han es que el plasma contuviera una fracción muy pequeña de partículas ionizadas, de esa forma el calor de los electrones que están supercalentados se distribuye entre las moléculas no ionizadas, lo que convierte al plasma en "frío". Son esos electrones ionizados los que acaban con las bacterias, ya que al parecer las células animales pueden aguantar mejor sus efectos nocivos.


Fuente de la historia: Popular Science

Esta entrada participa en el XIV carnaval de la Física


ResearchBlogging.org

Svetlana A. Ermolaeva, Alexander F. Varfolomeev, Marina Yu. Chernukha, Dmitry S. Yurov, Mikhail M. Vasiliev, Anastasya A. Kaminskaya, Mikhail M. Moisenovich, Julia M. Romanova, Arcady N. Murashev, Irina I. Selezneva, Tetsuji Shimizu, Elena V. Sysolyatina, Igor A. Shaginyan, Oleg F. Petrov, Evgeny I. Mayevsky, Vladimir E. Fortov, Gregor E. Morfill, Boris S. Naroditsky, & Alexander L. Gintsburg (2011). Bactericidal effects of nonthermal argon plasma in vitro, in biofilms and in the animal model of infected wound Journal of Medical Microbiology

lunes, 20 de diciembre de 2010

La tuberculosis en el cine




Ya que este año se ha cumplido el centenario de la muerte de Koch, el último número de la revista "Medicina y Cine" es un número monográfico dedicado a la tuberculosis. Entre sus páginas podemos encontrar un artículo con un catálogo de 400 películas en las que aparece dicha enfermedad.

Muy interesante y educativo

miércoles, 15 de diciembre de 2010

El conde Espiroqueta y el diablillo Gonorrea

En la revista digital "Wired" me he encontrado este curioso vídeo en dibujos animados dedicado a informar sobre la sífilis y la gonorrea. Fue producido por la Marina Estadounidense en 1973. No es tan bueno como el producido por Disney unos años antes (y que ya se comentó en el blog) pero merece la pena verlo.





Aunque está en inglés es bastante fácil de seguir. El protagonista es el Conde Espiroqueta, en referencia a la morfología de Treponema pallidum, el cual es galardonado con el premio "Jinete del Apocalipsis" desbancando a otras enfermedades como la gripe, la difteria, la viruela o la tuberculosis, ya que se las supone "bajo control". Hay que tener en cuenta que está realizado en una época en la que se pensaba que los antibióticos habían vencido a las principales enfermedades infecciosas y que está dirigido a los reclutas de una nación del primer mundo, en donde la tuberculosis no es un grave problema sanitario. Otra omisión es que no hablan de que es una enfermedad importada desde las Américas. En el vídeo se da a entender que es de origen europeo y que se reactivo con las guerras del Renacimiento (aunque los guerreros que salen son de la Edad Media). El protagonista secundario es Neisseria gonorrhoeae que es descrito como un diablillo al que le encanta incendiar la mucosa de la uretra.

El documental describe bastante bien las diferencias entre la sífilis y la gonorrea, sobre todo en cuanto a la infectividad y los síntomas que causan. Por ejemplo, el porqué de que la infección por gonorrea sea tan dolorosa en el hombre mientras que en la mujer puede pasar desapercibida. O porqué se produce el chancro en la sífilis.

lunes, 13 de diciembre de 2010

Celestinas microbianas



Vuelvo a publicar una traducción de uno de los estupendos artículos del blog "Small Things Considered" escrito por Moselio Schaechter y Merry Youle. En este caso es un escrito de Merry titulado “Microbial Matchmakers” cuya traducción literal sería ”Casamenteros Microbianos”, pero me ha parecido que en español es más descriptivo utilizar el nombre del famoso personaje literario de la obra de Fernando de Rojas.



Una pareja de Drosophila melanogaster (fuente: wikipedia)


En el año 1983, investigadores de la Universidad de Yale imitaron una técnica microbiológica para estudiar la evolución de un locus genético individual en un animal pluricelular – usar distintos medios de crecimiento para seleccionar mutantes nutricionales. Tomaron distintas poblaciones de Drosophila pseudoobscura y las crecieron en un medio que contenía como única fuente de carbono o bien maltosa, o bien almidón. Así observarían los cambios hereditarios en la frecuencia de las alozimas de la α-amylasa y la localización de dicha enzima en el intestino de las “moscas del almidón”. Interesante, útil, pero no revolucionario.

Unos años después, una estudiante de doctorado de Yale trabajaba con las mismas moscas y observó algo inesperado. Al estudiar las poblaciones que habían sido crecidas durante un año en el medio de maltosa, o en el medio de almidón, encontró que las “moscas del almidón” preferían para aparearse a otras crecidas en almidón y no en maltosa, y viceversa. Las “moscas de la maltosa” preferían a moscas crecidas en maltosa. En su artículo concluía que el nuevo comportamiento era un efecto pleiotrópico causado por la adaptación a los distintos medios de cultivo.

La observación quedó sin explicación durante dos décadas hasta que un grupo de cinco investigadores israelitas y uno de Maine lo han vuelto a analizar y se han encontrado con unos curiosos, y microbiológicos, hallazgos (Estaba claro que debía de haber algún microbio por algún sitio o de lo contrario no estaría escribiendo sobre el apareamiento de las moscas). En un reciente artículo del PNAS han presentado evidencia de que las moscas crecidas en diferentes medios de cultivo portan diferentes poblaciones de comensales bacterianos y que son ellas las que hacen de celestinas.

Los investigadores utilizaron una cepa de laboratorio de D. melanogaster mantenida en el típico medio comercial a base de maíz, melaza y extracto de levadura (medio CMY por cornmeal-molasses-yeast agar). Para sus experimentos, dividieron a las moscas en dos grupos. Uno se mantendría en medio CMY y el otro en medio de almidón durante un determinado número de generaciones. Después de eso, los dos grupos de moscas se crecieron durante una generación en medio CMY para eliminar cualquier efecto directo del medio, antes de ser examinada la preferencia de apareamiento. Otra vez volvió a observarse que las parejas eran homogámicas (igual con igual)- las moscas-CMY preferían a otras moscas-CMY, las del almidón a otras moscas del almidón- y además el resultado se producía en una especie distinta de Drosophila mantenida en un medio de cultivo distinto.



Procedimiento experimental. Una población de moscas fue dividida y mantenida por un determinado número de generaciones en almidón, o en medio CMY. Después se crecieron durante una generación en medio CMY y se examinó la preferencia de apareamiento. Los análisis de elección-multiple de apareamiento se realizaron en pocillos que contenían cuatro moscas: un macho y una hembra criados en almidón y un macho y una hembra criados en CMY. (Fuente: Sharon et al.)


No se pararon ahí. Lo siguiente que examinaron era cómo de rápidamente surgían las preferencias de apareamiento tras haber sido transferidas a un medio de cultivo diferente. La respuesta fue que bastaban dos generaciones. Esta adaptación casi simultánea mostrada por un animal pluricelular, le evocó a Eugene Rosenberg, uno de los autores del estudio, una observación que realizó cuando estudiaba el blanqueamiento del coral Oculina patagonica en la costa mediterránea de Israel. Estos corales sufrían el blanqueamiento debido al patógeno Vibrio shiloi, cuando en el 2004 de repente comenzaron a mostrar resistencia a la infección. En un artículo posterior Ilana Zilber-Rosenberg y Eugene Rosenberg, hicieron notar que todos los animales y plantas del coral portan una microbiota muy compleja que les permite responder rápidamente a los cambios de las condiciones ambientales. Cuando hay un ataque de un nuevo patógeno, la exposición a un herbicida o cualquier otro daño ambiental, la selección natural actúa sobre el holobionte - el hospedador más los simbiontes. La adaptación a las nuevas condiciones puede venir dada por cambios en el genoma del hospedador o de cualquiera de los simbiontes, o por la adquisición de nuevos simbiontes, o por un cambio en la abundancia relativa de los simbiontes que ya porta.

Volviendo a los experimentos con Drosophila, el resultado sugería que la rápida adquisición de una nueva preferencia de apareamiento podría ser debida a un cambio en la microbiota de la mosca. ¿Alguna evidencia de ello? Si se trata a las moscas del almidón o del CMY con antibióticos y se las “cura” de su microbiota, las moscas no muestran ninguna preferencia, y los apareamientos son al azar. Más aún, si se analiza el 16S rRNA de las distintas microbiotas se observan marcadas diferencias entre la proveniente de las moscas CMY y la del almidón. Una especie - Lactobacillus plantarum – representa el 3% de la microbiota comensal de las moscas CMY, pero llega a ser el 26% en las moscas del almidón (viables totales: 2,3 x 105 por mosca). Esto no es muy sorprendente ya que es conocido que un cambio en la dieta de un animal supone un cambio de su microbiota y L. plantarum produce una gran cantidad de α-amylasa. ¿Más evidencias? Si infectamos a las “moscas curadas” con L. plantarum se restablecen su preferencias de apareamiento. La infección con otras bacterias cultivadas aisladas de las “moscas del almidón” – ya sea individualmente o como un cóctel de 41 cepas – no produce el mismo efecto. Las Wolbachia endosimbiontes no están involucradas ya que ambos grupos de moscas tienen las mismas cepas de Wolbachia y las reinfección de “moscas curadas” con Wolbachia no restablece las preferencias de apareamiento.



Resultados de los exámenes de preferencia de apareamiento después de haber crecido separadamente durante 11 generaciones en medio con almidón o en medio CMY. (Fuente: Sharon et al.)



Quedan algunas preguntas, no siendo la menos importante cómo esos microbios comensales afectan la selección de pareja. Lo que me viene a la cabeza es que ellos podrían alterar las feromonas sexuales de la mosca. Drosophila y muchos otros dípteros portan en sus cutículas feromonas de largas cadenas hidrocarbonadas (denominadas hidrocarburos cuticulares o CHs). Otra moscas perciben esos compuestos tras el contacto o a distancias cortas. Se han caracterizado 56 CHs en D. melanogaster, algunos de los cuales son específicas para machos o hembras y se ven alteradas tras el apareamiento. El grupo investigador ha realizado un cribado inicial de los CHs presentes en las moscas-CMY y las moscas del almidón, buscando diferencias que puedan ser atribuidas a la alteración de la microbiota. De hecho esas diferencias existen y su número se reduce tras la “cura” con antibióticos. Sería interesante encontrar si L. plantarum hace alguno de esos CHs o como altera la sintesis de CHs por el hospedador.

La preferencia de apareamiento (assortative mating) es una de las formas de producir el aislamiento reproductivo sin necesidad de separación física, un mecanismo requerido para la especiación simpátrica. Es delicioso encontrar que un gran efecto evolutivo pueda ser debido a una Small Thing.



ResearchBlogging.org


Sharon G, Segal D, Ringo JM, Hefetz A, Zilber-Rosenberg I, & Rosenberg E (2010). Commensal bacteria play a role in mating preference of Drosophila melanogaster. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107 (46), 20051-6 PMID: 21041648

sábado, 11 de diciembre de 2010

Vida y arsénico. Star Trek se anticipó a la NASA




No voy a hacer competencia al estupendo blog "Física en la Ciencia-Ficción" pero me he encontrado esta historia en el blog "Biology in Science Fiction" y me parece bastante adecuada para relajarse durante el fin de semana después de la polémica sobre los microorganismos que quizás puedan usar el arsénico.

Resulta que los organismos arseniófilos ya han sido descritos en obras de ciencia-ficción. El primer ejemplo son los feroces klinglons de la serie Star Trek. En la novela "Doctor's Orders" escrita en 1990, el capitán Kirk y el doctor Bones mantienen una conversación sobre la salsa klingon denominada tabekh. Bones le dice a Kirk que mejor no la pruebe ya que lleva arsénico. Kirk se sorprende y Bones le explica que los klingons la encuentran deliciosa por su sabor amargo, y que además requieren arsénico en su dieta.




El segundo ejemplo son los "micros" imaginados por la bióloga y escritora de Ciencia-Ficción Joan Slonczewski. En el año 2000 publicó la novela "Brain Plague". Los "micros" son unos microorganismos extraterrestres arseniófilos estrictos que son capaces de desarrollar un comportamiento inteligente cuando viven de manera simbióntica en el interior de los cerebros de los humanos. Funcionan de manera análoga a unos microprocesadores en paralelo. Aquellos humanos infectados aumentan sus capacidades intelectuales, tanto a nivel científico como artístico, pero los microbios también quieren algo a cambio que puede significar el fin de la humanidad.


Buen fin de semana.


Enlaces relacionados:
Arsénico por sustitución
El arsénico puede esperar

miércoles, 8 de diciembre de 2010

El arsénico puede esperar

Ciertamente, el artículo sobre la bacteria que puede utilizar arsénico en lugar de fósforo ha levantado polvareda. Así que el objetivo propagandístico de la NASA se ha cumplido.

Pero también han empezado a aflorar las críticas. Gracias a César Sánchez he tenido noticia de la realizada por la microbióloga Rosie Redfield de la Universidad de la Columbia Británica. Es bastante larga, y dura, así que voy a resumir los principales puntos.

Crítica principal: básicamente no presenta NINGUNA evidencia de que el arsénico se haya incorporado en el DNA (ni en ninguna otra molécula)

¿En qué se basa Rosie Redfield para decir eso?

1.- Las curvas de crecimiento.
No hay una buena correspondencia entre ellas. Lo grave no es que el eje de ordenadas (eje y) esté en escala lineal (Densidad óptica u OD) y la otra en logarítmica (Nº de células). Lo grave es que parecen decir cosas distintas. La Densidad óptica nos mide la masa del cultivo, que a su vez debe equivaler al número de células. Fijémonos en el valor del cultivo con fosfatos. Alcanza un valor de 0,25. Vayamos ahora a la gráfica del número de células y tendremos que se llega a un valor de unos 2'5 x 108 células por mililitro. Observemos ahora que ocurre en presencia de arsénico. El valor de OD es de 0,15. Si hacemos una regla de tres, a ese valor le debería corresponder un número de células de 1,5 x 108 células por mililitro. Sin embargo en la gráfica B observamos que el valor es más bien de 1,5 x 107, es decir, diez veces menor de lo esperado.


Curvas de crecimiento de GFAJ-1 en diferentes condiciones de cultivo. En A se representa la densidad óptica y en B el número de células de los cultivos en presencia de fosfato (línea contínua y círculos negros), arsenato (línea discontinua y cuadrados negros) y sin fosfato ni arsenato (línea continua y triángulos blancos). La explicación de las microfotografías C, D y E se puede leer en la anterior entrada de este blog. (Fuente: Wolfe-Simons et al.)


2.- Puede haber suficiente fósforo en el medio.
Los autores admiten que no pueden evitar una presencia residual de fosfato de 3 μM. Rosie Redfield hace unos sencillos cálculos y encuentra que en cada mililitro debe de haber 1.9 x 1015 átomos de fósforo. Asume que las células tienen un genoma de 5 MB (es es un genoma muy grande) y que esa cantidad de DNA requiere la mitad de fósforo de la célula. La otra mitad sería para el RNA y otras moléculas (en mi opinión requiere al menos 3 veces más para hacer los fosfolípidos de la membrana interna y de la externa). Si sus cálculos son correctos, una célula necesitaría 2 x 107 átomos (asumamos 8 7 contando fosfolípidos). Entonces si dividimos encontraríamos que en un sólo mililitro hay fósforo suficiente para mantener a 9,5 x 107 células (2,3 x 107 con fosfolípidos). Como en la gráfica B observamos que en el máximo de crecimiento con arsénico hay 1,5 x 107 células por mililitro entonces tenemos que las células podrían haber crecido sin necesitar el arsénico (incluso contando los fosofolípidos).

Además, como bien apunta César en los comentarios, no se puede descartar que las bacterias puedan tomar el fósforo de las que mueren. Reciclar a los muertos cuando el cultivo se encuentra en fase estacionaria es algo que se ha estudiado en E. coli, y no sería nada raro encontrarlo en un microorganismo que vive en un ambiente tan oligotrófico.

3.- ¿Cuánto fósforo se necesita para vivir?
Los autores afirman que una bacteria heterotrófica presenta en su composición entre un 1 a un 3% de fósforo en el total del peso seco. Pero ese dato se refiere a E. coli creciendo en un medio rico. La cepa GFAJ-1 presenta un 0,02% de fósforo cuando es crecida en arsénico y un 0,5% cuando se crece en presencia de fósforo. Además, la concentración ha sido calculada en base al peso de la célula, y las crecidas en arsénico contienen gránulos de PHB (posiblemente) así que es probable que la proporción sea mayor.

4.- Para demostrar la incorporación de fósforo a las biomoléculas han utilizado una combinación de técnicas low-tech para preparar el material y high-tech para identificar los átomos
Esto se ve claramente en el apartado que trata de demostrar que el DNA de las células crecidas en arsénico lleva átomos de dicho elemento en su composición. La extracción del DNA se realiza se realiza a partir de la banda de un gel de agarosa. Luego miden la relación del arsénico respecto del carbono total.

Hay que tener en cuenta que en un DNA normal hay un átomo de fósforo por cada diez de carbono (razón 1:10). Cuando realizan el estudio obtienen que en una bacteria crecida en fósforo la razón es de 6.9 x 10-6. Eso quiere decir que en un genoma de 2 Mb habría unos 200 átomos de arsénico y 4 millones de átomos de fósforo. Cuando se mira la razón en células crecidas en arsénico esta es de 1.34 x 10-5, es decir que habría 400 átomos de arsénico. El resto deben de ser de fósforo.

Sobre los datos del sincrotrón, la autora reconoce que esa técnica le supera, pero no ve como puede distinguir entre el arsénico que está en el medio de cultivo y el que está integrado en las moléculas.

Hasta aquí el resumen. Hay muchas más cosas, pero creo que con lo indicado aquí basta para poner el artículo en cuarentena y esperar que se confirme.

Y para terminar la anécdota. El nombre de GFAJ-1 es el acrónimo de Give Felisa A Job. Felisa es el nombre de la primera autora del artículo y al parecer es porque estuvo bastante tiempo pidiendo una beca para investigar.


ACTUALIZACION: Rosie Redfield ha colgado en su blog la carta que va a mandar a Science. Añade un punto más. El DNA lo analizan sin extraerlo del gel de agarosa con lo que la proporción de Carbono es errónea porque se mide la del DNA y la del gel.



ResearchBlogging.org

Wolfe-Simon, F., Blum, J., Kulp, T., Gordon, G., Hoeft, S., Pett-Ridge, J., Stolz, J., Webb, S., Weber, P., Davies, P., Anbar, A., & Oremland, R. (2010). A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus Science DOI: 10.1126/science.1197258

viernes, 3 de diciembre de 2010

Arsénico por sustitución



Tenía pensado seguir con el tema del microbioma, pero había que concluir el tema de las "noticias impactantes" de la NASA.

A mí me han parecido un poco defraudantes, lo que no me pilla de sorpresa. No han descubierto ninguna nueva forma de vida, ni en este planeta y mucho menos en otro lugar del universo. Pero la noticia tiene su interés. Parece ser que han conseguido obligar a un ser vivo a crecer usando arsénico en lugar de fosfato para sus biomoléculas. Y eso incluye a los ácidos nucleicos.

Recordemos que el fósforo es un bioelemento esecial. Los seres vivos lo usan para hacer ATP que usan como moneda energética en el metabolismo. Pero también se usa para hacer unas cuantas biomoléculas, principalmente los ácidos nucleicos y los fosfolípidos. En una entrada anterior del blog vimos que hay microorganismos que son capaces de usar nitrógeno en lugar de fósforo para los lípidos. Ahora, parece que el arsénico puede sustituir al fósforo en los ácidos nucleicos. Tengamos en cuenta que el arsénico está debajo del fósforo en la tabla periódica, así que son elementos análogos en cuanto a su reactividad química. De hecho, ese parecido es lo que explica la toxicidad del arsénico. Se incorpora en las rutas metabólicas del fósforo sustituyéndolo en la formación de enlaces ésteres. Pero a diferencia del fósforo, las biomoléculas que llevan arsénico en su composición son mucho menos estables.



Microfotografías electrónicas de barrido de la cepa GFAJ-1 creciendo con arsénato (C) y con fosfato (D). Nótese que las primeras tienen un mayor volumen que las segundas. La microfotografía E es de microscopía de transmisión y muestra posibles depósitos de hidorixibutirato en las células de GFAJ-1 que han crecido en arseniato. (Fuente: Wolfe-Simons et al.)



¿Cómo han conseguido "convencer" a un microorganismo para utilizar arsénico? Pues como suele decirse, a la fuerza ahorcan. Lo que han hecho es coger fango del lago Mono en California, un lago hipersalino con altas concentraciones de arsénico. Ese fango sirvió como inóculo de un medio de cultivo con un pH de 9,8 que contenía 10 mM de glucosa, vitaminas, algunas trazas de metales, arseniato (AsO43-) en una concentración de 100 μM, y no se añadió fosfato. Es decir, realizaron lo que se conoce como un cultivo de enriquecimiento, ya que lo que se deseaba era favorecer a los microorganismos que pudieran medrar en esas condiciones de baja disponibilidad de fosfato.

Hay que tener en cuenta que al iniciar el cultivo si hay fosfato presente. El que contiene el fango y los microorganismos que lo habitan. Así que una vez ha crecido ese primer cultivo los investigadores tomaron una alícuota y la usaron como inóculo de un medio de cultivo similar (en una dilución de 10x). Con eso lo que se consigue es reducir la cantidad de fosfato disponible. Esto lo repitieron unas cuantas veces más, al mismo tiempo que incrementaron la cantidad de arsénico del medio llegando a alcanzar los 5 mM. La cantidad de fosfato del medio debida a impurezas en las sales quedó en unos 3 μM.

En la séptima transferencia, tomaron una alícuota y la cultivaron en una placa petri con el mismo medio de cultivo. De esa forma obtuvieron colonias aisladas. Una de ellas, denominada cepa GFAJ-1, fue repicada y transferida a un medio de cultivo sin fosfato. Se volvió a incrementar la cantidad de arsénico hasta alcanzar los 40 mM. Al mismo tiempo, secuenciaron el 16S rRNA de la cepa para saber de que microorganismo se trataba. Es un miembro de la familia Halomonadaceae que crece con un tiempo de generación de 31 horas en presencia de arsénico y sin fosfato. Si se crece en un medio con fosfato (1,5 mM) y sin arsénico, el microorganismo crece entonces con un tiempo de generación de 19 horas y se obtienen 10 veces más células en fase estacionaria. Si no hay ni fosfato ni arsenato en el medio, el microorganismo no crece.



Análisis Nano-SIMS de células de GFAJ-1 creciendo con arseniato (imágenes B, D y F) o con fosfato (imágenes C, E y G). SIMS son las siglas en ingles de Secondary ion mass spectrometry y lo que nos dice esta técnica es la composición elemental de las células. A mayor color, más cantidad del elemento (As o P) que se está midiendo. (Fuente: Wolfe-Simons et al.)



Utilizando un isótopo de arsénico (73As) han determinado donde se incorpora dicho elemento. Y se incorpora tanto a los ácidos nucleicos, a los lípidos, a los intermediarios metabólicos y a las proteínas. Es decir, sus datos parecen confirmar el hecho de que el arsenato puede actuar como un análogo químico del fosfato en las biomoléculas. Pero no olvidemos que la cepa GFAJ-1 no es un arsenófilo estricto. Si hay fósforo en el medio, lo preferirá al arsénico.

Reconozco que el trabajo es interesante pero ¿qué importancia tiene para la NASA y la exobiología? Pues la verdad, aparte de demostrar que puedes obligar a un ser vivo a utilizar arsénico en lugar de fosfato, yo no le veo mucho más (sí, me ha molestado bastante la forma tan burda de hacer publicidad). Que yo sepa el fósforo es más abundante que el arsénico por regla general, y encima sus esteres son más estables. Así que una forma de vida extraterrestre probablemente utilice el fósforo antes que en el arsénico para su química. Pero evidentemente, si estos resultados se confirman, habrá que decir que el fósforo no es un elemento totalmente esencial para que exista vida.



La crítica a este artículo

Otros enlaces sobre esta historia:

Biounalm
Ciencia Kanija
Experientia Docet
La ciencia de la vida, la biología
La ciencia y sus demonios



ResearchBlogging.org

Wolfe-Simon, F., Blum, J., Kulp, T., Gordon, G., Hoeft, S., Pett-Ridge, J., Stolz, J., Webb, S., Weber, P., Davies, P., Anbar, A., & Oremland, R. (2010). A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus Science DOI: 10.1126/science.1197258

miércoles, 1 de diciembre de 2010

Qué será, será... pues no será para tanto.


Bueno, sólo faltan 24 horas para que la NASA de la rueda de prensa con "noticias impactantes", tal y como se recogía ayer en Maikelnai's blog. Hoy, el periódico "ABC" da una pista sobre lo que puede tratar dicha conferencia, pero es el periódico "Daily Mail" el que da más detalles.

Al parecer se va a publicar en la revista Science un artículo sobre el descubrimiento de unas bacterias cuyo metabolismo energético está basado en el arsénico en lugar de en el fósforo. Dichas bacterias se han aislado del lago Mono, un lago hipersalino localizado en California.

O sea, que de bichitos verdes extraterrestres, nada de nada. Vaya farol que se han marcado los de la NASA (como otras veces).

lunes, 29 de noviembre de 2010

La vaca voladora



No, esta entrada no va de la vaca voladora que sale en la película "Twister". Es la traducción del título de uno de los magníficos artículos publicados en el blog "Small Things Considered" escrito por Moselio Schaechter y Merry Youle.



El hoatzin y su polluelo. Nótese las garras en las alas de este último (origen de la imagen)


Aquí hay un pájaro que cree que es un rumiante. O, hablando en tono científico, la peculiar manera de digerir material vegetal podría haber coevolucionado en los rumiantes y en un pájaro. Estamos hablando del hoatzin, un pájaro tropical del tamaño de un faisán o, en honor del día de hoy (*), un pájaro del tamaño de un pavo que se encuentra en América Central y del Sur y que fermenta en su buche las hojas que come. Opisthocomus hoazin, ese es su nombre completo, es único. No hay otro pájaro conocido -y hay unas 9.000 especies - capaz de llevar a cabo una fermentación pre-gástrica (como el rumen), aunque unos pocos hacen algo similar en el ciego. El hoatzin se alimenta casi exclusivamente de hojas, por lo que se benefician enormemente de tener un microbioma que puede manejar dicho alimento, al igual que hacen las vacas. Para dar cabida a esa actividad, tienen un buche inusualmente distendido y un esófago de gran tamaño.

Como todos los vertebrados, los polluelos de hoatzin se desarrollan de forma gradual hasta alcanzar su madurez. A lo largo de ese tiempo, el microbioma del buche va cambiando. Esto es lo que los autores de un estudio liderado por María Dominguez-Bello, de la Universidad de Puerto Rico dicen: "En comparación con el adulto, el buche del polluelo de hoatzin tiene una mayor abundancia de Flavobacteriaceae, Clostridiaceae y Lachnospiraceae pero carecen del phyla DSS1, Deferribacteres y el Termite group 1 ,que si están presentes en los adultos". El dominio Archaea, incluido los metanógenos, también están presentes de manera abundante en el buche, así como protozoos. El conjunto es muy evocador del microbioma del rumen de los rumiantes.



El tubo digestivo del hoatzin. (A) Localización del buche y del largo esófago en el interior de su cuerpo. (B) El tubo digestivo del hoatzin extendido para mostrar todos sus órganos. "crop" es el buche y "gizzard" la molleja(origen de la imagen)


¿Quiere saber más sobre el hoatzin? He aquí una muestra: "Tiene una cara sin plumas de color azul con ojos marrones y una cresta espinosa en la cabeza, y es la única especie existente de la familia Opisthocomidae. A menudo se la considera como una de las aves más primitivas ya que el polluelo de hoatzin tiene dos garras en el primer y segundo dedo de sus alas para ayudarle a trepar a las ramas de manera algo extraña". Las garras de las alas se pierden con la madurez, pero por un tiempo, el pájaro se parece a la extinta Archaeopteryx, el candidato de finales del Jurásico de una forma de transición entre dinosaurios y aves.

No todo sobre el hoatzin es atractivo para los seres humanos. Emite un olor característico similar al del estiércol, lo que explica su sobrenombre: ave apestosa. Sin embargo, su atracción por los microbiólogos es evidente. Esta especie ha conseguido a su manera, al menos entre las aves, dar cabida a una comunidad microbiana rica y productiva.


(*) La entrada fue publicada por Elio el día de Acción de Gracias, festividad norteamericana durante la cual las familias se reúnen y se comen un pavo cocinado al horno.



ResearchBlogging.org

Wright, A., Northwood, K., & Obispo, N. (2009). Rumen-like methanogens identified from the crop of the folivorous South American bird, the hoatzin (Opisthocomus hoazin) The ISME Journal, 3 (10), 1120-1126 DOI: 10.1038/ismej.2009.41

Godoy-Vitorino, F., Ley, R., Gao, Z., Pei, Z., Ortiz-Zuazaga, H., Pericchi, L., Garcia-Amado, M., Michelangeli, F., Blaser, M., Gordon, J., & Dominguez-Bello, M. (2008). Bacterial Community in the Crop of the Hoatzin, a Neotropical Folivorous Flying Bird Applied and Environmental Microbiology, 74 (19), 5905-5912 DOI: 10.1128/AEM.00574-08

domingo, 28 de noviembre de 2010

El microbioma humano. Segunda sesión del Simposio Lilly


origen de la imagen: NIH



Aunque sea con retraso, aquí os dejo el resumen de la segunda sesión del Simposio Lilly dedicado al microbioma humano.




Oligosacáridos de la leche materna humana (Fuente: C&En)


Angela Marcobal, de la Universidad de Stanford nos habló del establecimiento y evolución de la microbiota infantil.
  • Hay tres factores que afectan al establecimiento de la microbiota de un recién nacido: la dieta, los microorganismos ingeridos y el genotipo del hospedador.
  • Inicialmente el niño es colonizado por los microorganismos de la madre, pero al cabo de 11 meses tiene su propia microbiota distinta de la de su progenitora.
  • La leche materna contiene una alta proporción de HMOs (Human Milk Oligosacharides). Estas moléculas son la "fibra natural" del ser humano. Los HMOs no son digeridos por las células humanas. Es un alimento para las bacterias que formarán la microbiota del niño, sobre todo de la clase de los bacteroides y bifidobacterias.
  • Estos grupos bacterianos son consumidores de glucanos profesionales. En su genoma presentan PULs (Polysacharides Utilization Loci), genes que codifican para enzimas capaces de degradar a los HMOs pero también de reconocer a la mucina. Los HMOs son como unos análogos de la mucina de las células del epitelio intestinal para dichos microorganismos. De esa forma la leche materna imita la mucina del intestino del niño para asegurar la presencia de la microbiota.
  • Bacteroides thetaiotaomicron (B. theta para los amigos) es el microorganismo modelo para los estudios de microbiota intestinal.
  • En presencia de HMOs, B. theta presenta una expresión aumentada (up-regulation) de 137 genes, la mayor parte de ellos agrupados en 13 PULs. Hay una gran redundancia y flexibilidad de estos genes. Mediante mutantes knockout (KO) se ha demostrado que si falla un operón, otro toma su lugar.
  • El aumento de los miembros relacionados con el grupo de los Bacteroides es el indicativo de la adquisición de una microbiota madura.




Esquema que muestra el Metaboloma (A), las funciones génicas (B) y la estimación del tamaño mínimo (C) del Metagenoma del microbioma humano (Fuente: Qin et al.)


Wilhen de Vos de la Universidad de Wageningen , uno de los coautores del artículo sobre el microbioma humano que ya vimos en el blog, nos habló de las interacciones entre el hospedador y los microbios y su papel en la salud y en la enfermedad.
  • Cada ser humano tiene su microbiota distinta de la de otro ser humano pero hay filotipos constantes. Por ejemplo, la presencia de Bacteroides.
  • Parece que hay una microbiota nuclear o mínima (core microbiota) conservada entre los humanos, pero aún queda trabajo para confirmarlo.
  • La microbiota de gemelos es muy parecida. Pero nos podemos encontrar variaciones día-noche en la microbiota de un ser humano particular.
  • En la microbiota, los microorganismos productores de butirato está inversamente relacionados con la presencia de microorganismos patógenos.
  • Biomarcadores de salud: las Bifidobacterias son deseables, pero en altos niveles poblacionales parecen causar dolor abdominal.
  • Otro biomarcador: Akhermansia muciniphila, es un degradador de mucina. Bajos niveles de esta bacteria parecen estar asociados con la aparición de apendicitis.
  • El papel de las sucesiones microbianas es crucial para un buen funcionamiento intestinal. El almidón es degradado en el intestino delgado por Ruminococous y lo transforma a acetato, que es utilizado por Eubacterium, una bacteria del recto, para producir butirato.




En el gráfico A se puede observar que las funciones codificadas por la microbiota del niño (rojo y rosa) y la de la madre (azul y azul claro) son muy parecidas entre si. Sin embargo, el ACP de la biodiversidad de las microbiota(B) muestra que en el 1º mes la microbiota del niño y la madre son muy parecidas, pero en el mes 11º son totalmente distintas (los puntos gris y negro son dos microbiotas de individuos adultos usados como control). En la gráfica C se muestra dicha biodiversidad. (Fuente de la imagen: Vaishampayan et al. 2010)


Maria Pilar Francino del CSISP nos habló nuevamente del desarrollo de la microbiota del intestino infantil, aunque el modelo experimental que tienen es distinto al de Angela Marcobal.
  • Compararon la microbiota de un recién nacido en su primer mes con la microbiota establecida tras 11 meses de vida. En paralelo estudiaron la de la madre para comprobar si las bacterias que se establecían eran las mismas o no.
  • Inicialmente aparecen los miembros del género Bacteroides, luego su número va decreciendo hasta que a los 11 meses aparece los primeros Bifidobacterium. A partir de ese punto se considera que la microbiota ya está madura.
  • En el caso estudiado observaron que el recién nacido fue colonizado por dos especies de Bacteroides provenientes de la madre. Al principio eran los mayoritarios pero a lo largo de los 11 meses, esas poblaciones disminuyeron para finalmente desaparecer siendo sustituidas por una especie de Bacteroides distinta y exclusiva del niño.
  • La microbiota no se hereda. El niño es colonizado inicialmente por miembros de la microbiota materna, pero su propia historia moldeará su propia microbiota.
  • Hay similares filotipos entre individuos por lo que puede hablarse de una microbiota nuclear o mínima común a todos los humanos. Pero hay diferencias entre los géneros bacterianos presentes entre individuos.
  • La Biodiversidad no está conservada pero sí la Biofuncionalidad. La conclusión es que las microbiotas de los seres humanos funcionan igual aunque estén hechas de diferentes especies de microorganismos.
  • Los individuos presentan un microbiota nuclear con funcionalidad genética similar. La microbiota de cada ser humano es una historia de sucesiones microbianas que se ven afectadas por eventos azarosos.



Permanezcan atentos para la tercera parte.

Enlaces relacionados: Primera Sesión del simposio


ResearchBlogging.org

Marcobal, A., Barboza, M., Froehlich, J., Block, D., German, J., Lebrilla, C., & Mills, D. (2010). Consumption of Human Milk Oligosaccharides by Gut-Related Microbes Journal of Agricultural and Food Chemistry, 58 (9), 5334-5340 DOI: 10.1021/jf9044205

Qin, J., Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K., Manichanh, C., Nielsen, T., Pons, N., Levenez, F., Yamada, T., Mende, D., Li, J., Xu, J., Li, S., Li, D., Cao, J., Wang, B., Liang, H., Zheng, H., Xie, Y., Tap, J., Lepage, P., Bertalan, M., Batto, J., Hansen, T., Le Paslier, D., Linneberg, A., Nielsen, H., Pelletier, E., Renault, P., Sicheritz-Ponten, T., Turner, K., Zhu, H., Yu, C., Li, S., Jian, M., Zhou, Y., Li, Y., Zhang, X., Li, S., Qin, N., Yang, H., Wang, J., Brunak, S., Doré, J., Guarner, F., Kristiansen, K., Pedersen, O., Parkhill, J., Weissenbach, J., Antolin, M., Artiguenave, F., Blottiere, H., Borruel, N., Bruls, T., Casellas, F., Chervaux, C., Cultrone, A., Delorme, C., Denariaz, G., Dervyn, R., Forte, M., Friss, C., van de Guchte, M., Guedon, E., Haimet, F., Jamet, A., Juste, C., Kaci, G., Kleerebezem, M., Knol, J., Kristensen, M., Layec, S., Le Roux, K., Leclerc, M., Maguin, E., Melo Minardi, R., Oozeer, R., Rescigno, M., Sanchez, N., Tims, S., Torrejon, T., Varela, E., de Vos, W., Winogradsky, Y., Zoetendal, E., Bork, P., Ehrlich, S., & Wang, J. (2010). A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing Nature, 464 (7285), 59-65 DOI: 10.1038/nature08821

Vaishampayan, P., Kuehl, J., Froula, J., Morgan, J., Ochman, H., & Francino, M. (2010). Comparative Metagenomics and Population Dynamics of the Gut Microbiota in Mother and Infant Genome Biology and Evolution, 2, 53-66 DOI: 10.1093/gbe/evp057

miércoles, 24 de noviembre de 2010

Un microscopio para ver moléculas una a una





Sanjeevi Sivasankar es un profesor de Física y Astronomía de la Iowa State University que quería estudiar proteínas, pero de manera singular. No quería estudiar una disolución o un cristal que contiene millones de moléculas de proteínas en estado puro. No, él quiere estudiar las proteínas una a una.

Así qué ha combinado dos tecnologías que permiten ese tipo de estudios. DE una ya hemos hablado unas cuantas veces. Es la técnica conocida como microscopia de fuerza atómica. La otra es la tecnología que estudia la transferencia de energía de resonancia.

Según Sanjeevi, usar una u otra de las tecnologías era como tener manos pero no ojos, o tener ojos pero no manos. De ahí su idea de combinarlas. El nuevo instrumento está siendo probado mediante el estudio de las cadherinas, un tipo de proteína que se encuentra en las membranas celulares de nuestras células y que sirve para que estás se mantengan juntas. También se está utilizando en el estudio del DNA y de los nanocristales.

Referencia original: Iowa State University

Esta entrada participa en el XIII Carnaval de la Física

lunes, 22 de noviembre de 2010

Aureobasidium pullulans en CSI Las Vegas






En el episodio "Que el vendedor tenga cuidado" de la serie CSI Las Vegas la presencia del hongo Aureobasidium pullulans en el escenario de un crimen ayuda a Grissom y sus muchachos a resolver el caso.




Al parecer en el año 1984 se describió que este hongo producía una dermatitis en personas de ascendencia escandinava. Desgraciadamente no he podido hacerme con el artículo original. Si he encontrado en cambio este otro en el que relacionan la sensibilidad a A. pullulans con la severidad de los ataques de asma.

Pero Aureobasidium pullulans es conocido sobre todo porque es un hongo de interés biotecnológico. El principal producto es el pululano, un polisacárido que se utiliza en la industria alimentaria y farmacéutica para producir películas protectoras impermeables al oxígeno. Pero también produce una gran diversidad de enzimas degradadoras como amilasas, proteasas y xylanasas.


ResearchBlogging.org

Niedoszytko, M., Chełmińska, M., Jassem, E., & Czestochowska, E. (2007). Association between sensitization to Aureobasidium pullulans (Pullularia sp) and severity of asthma Annals of Allergy, Asthma & Immunology, 98 (2), 153-156 DOI: 10.1016/S1081-1206(10)60688-6

Chi, Z., Wang, F., Chi, Z., Yue, L., Liu, G., & Zhang, T. (2009). Bioproducts from Aureobasidium pullulans, a biotechnologically important yeast Applied Microbiology and Biotechnology, 82 (5), 793-804 DOI: 10.1007/s00253-009-1882-2

domingo, 21 de noviembre de 2010

Vídeo animado sobre la mitocondria

Bueno, el simposio de la Fundación Lilly sobre el microbioma humano ha acabado y ahora es tiempo de reposar algo las muchas cosas que nos han contado. Intentaré publicar poco a poco mis resúmenes de las charlas en los próximos días.

Como hoy es domingo os dejo una animación sobre la mitocondria que a mí me ha parecido espectacular.


jueves, 18 de noviembre de 2010

El microbioma humano. Primera sesión del simposio Lilly

Impresiones a vuelapluma de la primera sesión del simposio de las tres que hemos tenido en el día de hoy.

Rob Knight, de la Universidad de Colorado (ya hemos hablado de él en el blog) nos ha hablado de sus estudios de los cambios del microbioma en el tiempo y en el espacio.

  • Secuenciar el genoma es cada vez más barato. Por eso existe la metagenómica.
  • Aún no hemos respondido a varias preguntas ¿cómo está distribuido el microbioma en el organismo? ¿cómo cambia en el tiempo? ¿cómo podemos trasladar lo que conocemos en modelos animales a humanos? ...
  • Hay una gran variabilidad interindividual entre microbiomas. Lo han visto en la microbiota de la piel pero vale para otras microbiotas.
  • Referencia: Forensic identification using skin bacterial communities. PNAS 2010.




Ilustración que muestra la coincidencia entre la microbiota de la piel y los microorganismos aislados del teclado de un ordenador de los distintos usuarios. La utilidad de este estudio es su aplicabilidad en ciencia forense.(Fuente: Fierer et al.)


Stanislav Rusko Ehrlich, del INRA nos ha hablado del proyecto MetaHIT

  • Se pretende encontrar las relaciones entre la microbiota y las enfermedades.
  • Un objetivo prioritario es encontrar un set de genes de referencia dentro los distintos microbiomas humanos.
  • Se ha demostrado que hay asociación entre distintos síndromes y alteraciones en la microbiota. Por ejemplo la obesidad.
  • Pero también se han encontrado enormes diferencias entre microbiotas de individuos sanos de diferentes áreas biogeográficas. Ejemplo la microbiota que muestran los franceses es completamente distinta a la de los daneses, tanto que una muestra de un francés parecería un enfermo entre los daneses (y viceversa).
  • Más que de "especies" asociadas a un síndrome, hay que hablar de "meta-especies".
  • Referencia: El proyecto MetaHIT






Soren J. Sorensen de la Universidad de Copenhangen ha disertado sobre el Metamóviloma (Metamobilome). Es decir, del conjunto de genes de la microbiota de un determinado ambiente que pertenecen a elementos genéticos móviles, como pueden ser los plásmidos o los transposones.

  • Lo que hace es aislar el DNA total de una muestra ambiental.
  • Lo trata con una exonucleasa que degrada todo el DNA lineal, y de esa forma se queda con los plásmidos.
  • Luego amplifica utilizando una sonda que reconozca el gen trfA. Este gen está involucrado en la transferencia horizontal y está presente en un gran número de plásmidos.
  • De esa forma se han encontrado con dos familias de plásmidos dependiendo de su replicasa.
  • Unos que tienen una replicasa que funciona con DNA con un contenido GC menor del 40% y otra que funciona con un %GC del 60%.



El concepto de supergenoma, o reservorio total de genes (pool of genes) disponibles para un organismo procariota en una determinada comunidad. Consiste tanto de los genes esenciales codificados en el cromosoma, llamado el reservorio privado, y los genes codificados en los Elementos Genéticos Móviles (MGE); como los plásmidos, transposones, virus, etc; denominado el resorvorio comunal. (Fuente: Norman et al.)





Y hasta aquí la primera sesión. Mañana intentaré publicar la segunda sesión de este primer día.



Enlaces relacionados: Segunda Sesión del Simposio


ResearchBlogging.org

Fierer N, Lauber CL, Zhou N, McDonald D, Costello EK, & Knight R (2010). Forensic identification using skin bacterial communities. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107 (14), 6477-81 PMID: 20231444

Norman, A., Hansen, L., & Sorensen, S. (2009). Conjugative plasmids: vessels of the communal gene pool Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 364 (1527), 2275-2289 DOI: 10.1098/rstb.2009.0037