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viernes, 14 de mayo de 2010

Fijación Marina


El CO2 atmosférico es convertido, o fijado, en materia orgánica gracias a la fotosíntesis. Actualmente se estima que el 50% del total de la fijación fotosintética es debida a las plantas terrestres y el otro 50% a los microorganismos fotosintéticos marinos, conocidos como fitoplancton. Aunque son muchos los investigadores que apuntan a que la contribución marina probablemente sea mucho mayor. Determinar los niveles de fijación correctamente es un requisito si queremos entender correctamente el ciclo del carbono en la Biosfera.


En estos tiempos en el que se nos anuncia el Apocalipsis en forma de cambio climático no es de extrañar que haya cada vez más trabajos y artículos sobre las comunidades fotosintéticas marinas. El más reciente, realizado por el grupo del profesor Dave Scanlan de la Universidad de Warwick, ha estimado los porcentajes de fijación de los microorganismos procariotas y de los eucariotas. Parece que ambos están igualados.


Un 56% de la fijación del CO2 que ocurre en los océanos es debida a los microorganismos procariotas: las cianobacterias y las proclorofitas. A estas comunidades también se las conoce como el picofitoplancton, que viene a significar el fitoplancton pequeñito. Estos microorganismos son muy abundantes tanto en la superficie como hasta los 800 metros de profundidad.


El 44% restante de la fijación marina del CO2 la realizan las algas eucariotas unicelulares. Son menos abundantes que los procariotas, pero son mucho más grandes, lo que les permite asimilar mucho más carbono fijado según los investigadores.



Microfotografía de Chrysochromulina, un género de Prymmesiofitas (fuente: Encyclopedia of Life)


Los detalles del trabajo se han publicado en la revista Journal of the International Society for Microbial Ecology. Los investigadores han tomado muestras de las aguas superficiales en zonas subtropicales y tropicales del Océano Atlántico Nororiental. Tras analizarlas han encontrado dos grandes grupos de eucariotas fotosintéticos. El grupo “EukA” es más abundante pero sus células son más pequeñas que las especies pertenecientes al grupo “EukB”. Mediante técnicas moleculares han encontrado que el grupo EukB está compuesto principalmente de Prymmesiophytas, y son las responsables de un 38% del total de la producción primaria del Atlántico Nororiental. Se piensa que deben de realizar una contribución semejante en el resto de océanos pero eso aún debe de confirmarse.


Pero la fijación del CO2 mediante fotosíntesis no es la única forma que tiene el fitoplancton eucariota de obtener carbono. Hace poco el mismo grupo investigador encontró que dichas algas unicelulares podían alimentarse de bacterias. Probablemente parte del carbono orgánico del fitoplancton eucariota es exportado desde la zona fótica al fondo de los océanos, en lugar de volver a la atmósfera en forma de CO2. Eso significa que dichos microorganismos actúan como un sumidero para el dióxido de carbono. Los investigadores concluyen que es crucial entender los factores que controlan el crecimiento de estos pequeños eucariotas.




ResearchBlogging.org

Jardillier, L., Zubkov, M., Pearman, J., & Scanlan, D. (2010). Significant CO2 fixation by small prymnesiophytes in the subtropical and tropical northeast Atlantic Ocean The ISME Journal DOI: 10.1038/ismej.2010.36

lunes, 8 de febrero de 2010

Fotosíntesis = Evolución + Teoría Cuántica

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Lo que denominamos fotosíntesis en realidad son dos procesos acoplados. El esquema representa a un cloroplasto, pero también podría valer para explicar lo que ocurre en el interior de una cianobacteria. A la izquierda tenemos la denominada Fase Luminosa en la que la energía de la luz es transformada en energía química. En la parte de la derecha tenemos la Fase Oscura donde se aprovecha la energía química para reducir el CO2 a hidratos de carbono. En las plantas, algas y cianobacterias el donador de electrones e hidrógenos es el agua y por ello se consigue la fotolisis del agua obteniéndose oxígeno como producto residual, por ello se habla de fotosíntesis oxigénica. En otros seres vivos como las bacterias verdes, fotosíntéticos ese donador es distinto y no se produce oxígeno, por lo que se denomina fotosíntesis anoxigénica. (Fuente)


La fotosíntesis permite que ciertos seres vivos, como las plantas, las algas y algunas bacterias, transformen la energía luminosa en energía química. Esa transformación se consigue gracias a los llamados pigmentos fotosíntéticos. El más conocido es la clorofila de las plantas, pero el más abundante es la bacterioclorofila de las bacterias, aunque hay más tipos de pigmentos como las ficobilinas y los carotenos. A nivel molecular el aparato fotosintético consiste en unas 300 moléculas de pigmentos asociados a unas proteínas y dispuestos de una forma bastante especial.



El proceso por el cual la energía de un fotón se transforma en energía química es un ejemplo de cómo aprovechan los seres vivos la física y la química cuántica. Podemos imaginarnos a esos aparatos fotosíntéticos como una especie de embudo con una trampilla en su parte estrecha. La luz sería la lluvia. La trampilla al final del embudo sólo se abre si se acumulan un determinado número de gotas de agua. Una gota en caída libre no tiene suficiente fuerza para abrir la trampilla aunque cayera sobre ella. Cuando se abre la trampilla es cuando hemos conseguido transformar la energía luminosa en energía química.


En la parte ancha del embudo tendríamos lo que se conoce como la antena. La función de los pigmentos allí presentes es capturar fotones. Si una molécula de clorofila absorbe un fotón lo que le ocurre es que pasa a un estado excitado. Eso quiere decir que un electrón ha pasado a un nivel de energía mayor. Pero ese estado excitado es inestable, por lo que el electrón vuelve a su sitio y al hacerlo la molécula de clorofila cede energía que se transfiere a otro pigmento de la antena. Aunque la energía transferida es menor que la que tenía inicialmente el fotón absorbido, la antena consigue que la energía capturada por las diferentes moléculas de clorofila se vea canalizada hacia el centro de reacción, que se encontraría en la parte estrecha del embudo. En ese centro hay dos moléculas de clorofila y son las responsables de la conversión de la energía luminosa en energía química, bien en forma de ATP o bien en forma de un gradiente quimiosmótico de protones. La forma de hacerlo es simple. Cuando le llega la suficiente energía el centro de reacción se ioniza porque se consigue que uno de sus electrones tenga tanta energía que se ve liberado de la molécula a la que pertenece (esto sería la apertura de la trampilla del embudo). Como los pigmentos fotosintéticos se encuentran en una membrana y la separación de cargas ocurre en una de las caras de dicha membrana, lo que tenemos es un gradiente electroquímico, cuya energía puede ser aprovechada por la célula. Esta transferencia de energía está cercana a la eficiencia perfecta. No en vano el proceso ha estado sometido a la presión de la evolución por unos cuantos miles de millones de años.




Esquema del funcionamiento de un Fotosistema. Los pigmentos de la antena son los que captan fotones y canalizan la energía hacia el centro de reacción. (Fuente).


Pero más de uno se ha hecho la siguiente pregunta ¿Por qué la evolución no ha hecho más eficiente al centro de reacción y así hacer que la antena deje de ser necesaria? Volviendo a la analogía del embudo, porqué no crear una trampilla que pueda abrirse con un sólo fotón. Las células no tendrían que gastar recursos en sintetizar los pigmentos y proteínas de la antena. Hay varios motivos para ello.


El primero es que no siempre hay toda la luz que uno quiere. La fotosíntesis debe de funcionar con niveles de luz bajos que generan menos de una excitación electrónica por molécula de clorofila por segundo. La segunda es que las reacciones bioquímicas con las que está asocida la fotosíntesis requieren de varios eventos de transferencia electrónica. Por ejemplo, en la fotosíntesis de las cianobacterias y de las plantas se consigue tanta energía que puede romperse la molécula de agua en protones, electrones y oxígeno molecular. Pero para realizar dicha fotolisis se necesita en un momento dado la energía acumulada de cuatro fotosistemas. Adicionalmente, los fotosistemas permiten modular la cantidad de luz absorbida (lo que se conoce como apagamiento o quenching) evitando daños a la célula.


Finalmente, fabricar un centro de reacción es muy caro. Si un centro de reacción funcionase con un sólo fotón significaría que ese centro de reacción solo reconocería una determinada longitud de onda y no otra. La luz blanca está compuesta por fotones de distintas longitudes de onda. eso significaría que la célula debería fabricar centros de reacción para la luz roja, la luz amarilla, la luz azul, etc. La composición de los pigmentos de la antena permite que pueda haber varios tipos de pigmento que absorban a diferentes longitudes de onda, por lo que el centro de reacción puede ser usado con independencia del tipo de luz.


Es decir, la antena es una solución mucho más versatil y económica que tener simplemente centros de reacción. Así que la siguiente cuestión es ¿cómo han llegado a ser tan eficientes? Por el segundo principio de la termodinámica sabemos que cuando hay una transferencia de energía ésta no es completa. Siempre hay una perdida. Cuanto menor sea esa pérdida muchísimo mayor es la eficiencia del proceso. La fotosíntesis es uno de los procesos más eficientes desde el punto de vista energético. Nunca es menor del 90%. Y eso se consigue gracias a la combinación de varios factores.


El primer factor es que la disposición espacial de las moléculas de pigmento es óptima. Lo suficientemente cerca para permitir la transferencia de energía pero lo suficientemente lejos como para evitar la superposición de orbitales electrónicos que podrían quenchear los estados excitados. El segundo factor es que la organización supramolecular del fotosistema permite una gran cantidad de pautas de conexión para liberar la energía al centro de reacción. El tercer factor ha sido descrito recientemente en un artículo de la revista Nature. Un grupo de investigadores de la Universidad de Toronto han encontrado que las moléculas de pigmento se "cablean" entre sí gracias al fenómeno de coherencia cuántica.




Chroomonas, un alga criptofita (fuente 1 y 2)


Los investigadores han estudiado dos clases de complejos de antena que se encuentran en las algas criptofitas, unas algas eucariotas que viven en aguas dulces y marinas. Las diferentes especies de estas algas presentan antenas con una gran variación en el espectro de absorción de la luz. El principal pigmento fotosintético que contienen es la bilina, y son capaces de modularlo para que absorba a distintas longitudes de onda. Lo que hicieron fue excitar dichos complejos usando pulsos de laser de 25 femtosegundos (1 femtosegundo o fs es 10-15 segundos). De esa forma crearon una superposición de estados electrónicos excitados conocido como un paquete de onda, que evoluciona en el tiempo de acuerdo con la ley de la mecánica cuántica. Estas leyes predicen que un paquete de ondas se comportará de un modo oscilante entre las posiciones a las cuales la excitación está localizada, con distintas correlaciones y anti-correlaciones en fase y amplitud. Sería semejante a una colección de péndulos oscilando de forma coherente. Pero este comportamiento colectivo se va disipando debido a las intereacciones entre las moléculas y el "ruido" molecular debido al ambiente proteico donde se encuentran los pigmentos.



El Fotosistema de la bacteria Rhodopseudomonas acidophila contiene 18 moléculas de pigmento que se disponen formando un círculo. Las moléculas se excitan tras la abosrción de fotones. En el gráfico se muestra la evolución en el tiempo de la probabilidad de que se de una excitación en una determinada posición del complejo tras una excitación con un pulso de láser en el tiempo cero. La probabilidad se representa con la intensidad del color, siendo el azul oscuro el valor de probabilidad cero y el color rojo la probabilidad máxima. El número de cada molécula del anillo está indicado en la parte de abajo. Puede observarse que la excitación oscila entre pequeños grupos de moléculas (círculos blancos)con un período de 350 fs, lo cual es una manifestación del fenómeno de coherencia cuántica. (Fuente)



Ese comportamiento oscilante en respuesta a una excitación laser se había observado antes en una especie pertenceciente a las bacterias verdes del azufre. Sin embargo, dichos experimentos fueron realizados a temperaturas de 77 grados Kelvin, (aproximadamente -196º C). De esa forma se minimizaba la interacción de los pigmentos con otras moléculas de su ambiente y se forzaba a que ocurriesen estos efectos cuánticos. Los actuales experimentos se han realizado a temperatura ambiente, con lo que el fenómeno de coherencia cuantica sucede en condiciones normales. Además han encontrado otros fenómenos. Las oscilaciones debidas a la coherencia cuántica son bastante largas (en el rango de los 400 fs) y afecta a moléculas bastante alejadas entre sí.


¿Que significa esto en términos prácticos? La coherencia cuantica permite que el fotosistema "memorice" el estado de excitación. Así que la transferencia de energía entre las moléculas de pigmento no se produce por saltos al azar, sino que se consigue direccionar preferentemente hacia el centro de reacción, lo que aumenta la eficacia. Para entenderlo volvamos al ejemplo del embudo y la lluvia. Sin coherencia cuantica las paredes del embudo son lisas. Imaginemos que cae una gota y choca con esas paredes lisas. Lo normal es que una vez choque con las paredes, la gota se resbale hacia abajo. Pero por azar podría suceder que la gota golpeara de tal forma que salpicara hacia arriba, perdiendose su energía. Con la coherencia cuantica, las paredes del embudo no son lisas sino que tienen unas canaladuras que obligan a cualquier gota que caiga a ir hacia abajo, nunca salpicarían hacia arriba.


¿Cómo ha conseguido este alga dicha coherencia cuantica en sus fotosistemas? Pues uniendo covalentemente los pigmentos de bilina a las proteínas del complejo. Los investigadores también proponen que la coherencia cuantica también podría "cablear" los aceptores finales de la energía en este tipo de fotosistemas, compensando los débiles acoplamientos electrónicos que se observa entre los pigmentos del complejo.



Modelo estructural de la antena de Chroococcus. Las ocho moléculas de pigmento están coloreadas de rojo, azul y verde. Son diferentes pigmentos por lo que este fotosistema puede absorber fotones con distintas longitudes de onda.(Fuente)



Referencias:

Grondelle y Novoderezhkin 2010
Collini et al. 2010


ResearchBlogging.orgCollini E, Wong CY, Wilk KE, Curmi PM, Brumer P, & Scholes GD (2010). Coherently wired light-harvesting in photosynthetic marine algae at ambient temperature. Nature, 463 (7281), 644-7 PMID: 20130647




Esta entrada ha participado en la 4ª edición de "El carnaval de la física"


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lunes, 14 de diciembre de 2009

Biodiesel suicida

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Esquema mostrando el proceso de producción de biodiesel a partir de algas eucariotas. El alga se crece en fotobiorreactores, transformando el CO2 en biomasa gracias a la luz. Posteriormente se recogen y se lisan. Las grasas se separan del resto de componentes celulares mediante una extracción con solventes orgánicos. Después de evaporar los solventes, las grasas son transformadas en biodiesel. La ventaja de usar cianobacterias es que estas crecen más rápido que las algas eucariotas, pero su rotura es más difícil.


En Microbiología Industrial, los procesos más complicados y por lo tanto más caros, suelen ser los llamados post-fermentativos, conocidos en inglés como downstream processing. Dichos procesos están diseñados para la recuperación y purificación de los productos obtenidos tras alguna fermentación industrial u otro procedimiento biotecnológico. En muchos casos, el microorganismo sintetiza el producto de interés y lo secreta al medio donde está creciendo. Es el caso de los antibióticos como la penicilina. Así que el primer paso de la purificación es separar las células del medio de cultivo y después extraer el antibiótico de dicho medio. Pero hay otras ocasiones en que el producto se queda en el interior de las células por lo que lo primero que se hace es separar las células y posteriormente romperlas para a continuación, separar el producto del resto de componentes celulares. Con el biodiesel producido por cianobacterias estamos en este último caso.


Los procesos industriales de ruptura celular son variopintos, pero todos tienen algo en común: son caros. Y para complicar las cosas, lisar cianobacterias no es fácil debido a sus paredes celulares. La combinación de ambas dificultades significaba que la producción de biodiesel a partir de cianobacterias no fuera tan económicamente interesante como para ser considerada una buena alternativa a los combustibles derivados del petróleo.



Envolturas celulares de la cianobacteria Synechocystis. El asterisco marca la capa-S. Debajo, la cabeza de flecha blanca indica la membrana externa. El peptidoglicano está señalado por la flecha y finalmente la cabeza de flecha negra marca el lugar de la membrana citoplásmatica (fuente PNAS).




Pero la situación puede cambiar. Los investigadores Xinyao Lui y Roy Curtiss del Centro de Enfermedades Infecciosas y Vacunas de la Universidad Estatal de Arizona han desarrollado un nuevo método para conseguir romper las cianobacterias de forma barata y sencilla: diseñar una cianobacteria que presente autolisis inducida.


En su trabajo han utilizado a la especie Synechocystis. Esta cianobacteria es muy fácil de manipular genéticamente. Así que le han introducido en su genoma varios genes líticos derivados de virus bacteriófagos y los han colocado bajo el control de un promotor inducible que se activa cuando hay niquel en el medio de cultivo. Han utilizado tres estrategias. En la primera introdujeron los genes que constituyen el cassette de lisis del fago P22 o del fago l. En la segunda los genes introducidos codificaban sólo para la holina y las endolisinas. La tercera consistió en combinar genes líticos de diferentes fagos. En los tres casos, las células transgénicas de Synechocystis se lisaban en cuanto se añadía sulfato de níquel al medio donde crecían.



Las funciones de la holina y las endolisinas en la degradación de la pared celular. La holina (H) produce unas lesiones no específicas en la membrana citoplasmática y permite que las endolisinas (A, amidasa; M, muraminidasa; T, transglicosilasa; E, endopeptidasa) puedan alcanzar el peptidoglicano. La muraminidasa y la transglicosilasa rompen los puentes glucosídicos entre la N-acetilglucosamina (NAG)y el N-acetilmurámico (NAM). La amidasa y la endopeptidasa rompen los puentes peptídicos (P-P) que unen las cadenas de azúcares. Una vez desturido el peptidoglicano la célula explota debido a la alta presión osmótica causada por el contenido citoplasmático (Fuente PNAS).


Fotografías de microscopía electrónica de transmisión mostrando el efecto de la adición de níquel en un cultivo de células transgénicas de Synechocystis. (A) antes de la adición; (B) 6 horas después de la adición; (C) 12 horas; (D) 24 horas después. Fuente PNAS.



¿Qué es lo que queda por hacer? Pues por un lado probar si estas cianobacterias transgénicas producen tanto biodiesel como las cianobacterias silvestres de las que derivan. Por otro, probar nuevas estrategias para favorecer la ruptura celular para que esta sea más rápida y eficiente. Por lo pronto el Departamento de Energía de los EEUU ha concedido al grupo investigador una ayuda de 5 millones de dólares para los próximos dos años.

Eso si que es desarrollar una economía sostenible basada en la innovación y no el tijeretazo que hemos sufrido en estas tierras.



Audio en "El podcast del microbio"



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miércoles, 30 de julio de 2008

Colisiones y Cambio Climático

Ilustración de Nature sobre el fraccionamiento del supercontinente Pangea hace 200 millones de años

El mayor cambio climático que ha sufrido este planeta sucedió hace unos 2.500 millones de años, milloncejo arriba, millloncejo abajo, y fue debido a la acumulación de un producto de desecho por parte de unos microorganismos que ahora conocemos por cianobacterias. Dicho cambio climático permitió la posterior aparición de los organismos pluricelulares cuya evolución dio lugar a las plantas y animales actuales, entre los cuales nos encontramos.
Las cianobacterias surgieron hace unos 2.700 millones de años. Estos microorganismos presentaban una capacidad fotosinténtica nueva. Eran capaces de aprovechar la energía solar hasta tal punto que podían romper la molécula de agua. Mediante la fotolisis del agua (H2O), los dos hidrógenos de dicha molécula podían ser utilizados para el metabolismo de dichos seres vivos. El oxígeno (O2) quedaba como un residuo y al ser un gas era fácilmente expulsado por las células.
Anabaena, una cianobacteria
El oxígeno es un gas muy reactivo y durante 200 millones de años este gas fue combinándose y por lo tanto oxidando, todo aquello con lo que tropezaba, sobre todo el hierro. Pero después de 200 millones de años todo lo que podía ser oxidado en la litosfera ya lo había sido y el oxígeno gaseosos comenzó a acumularse en la atmósfera. Se acumuló tanto que provocó que la atmósfera primitiva pasará de ser anaerobia a ser totalmente aeróbica. Actualmente los niveles de oxígeno en la atmósfera son de un 21%, aunque ha habido épocas en que dicha concentración fue mayor.

Anaerobios endosporulados mostrando su preocupación ante la aparición de la fotosíntesis oxigénica

Pero una cosa es saber lo que ha pasado y otra explicar el por qué pasó. Una de los muchos aspectos oscuros de la historia contada arriba es porque tras 200 millones de años la litosfera se saturó de oxígeno. Dicha saturación fue lo que permitió la acumulación del gas en la atmósfera, pero nadie entiende por qué no se saturó antes, ni por qué no fue después.
Charlotte Allen e Ian Campbell, científicos de la Australian National University, creen haber encontrado la respuesta. Según aparece en la web de Nature, la colisión de los continentes pudo ser la responsable. Por la colisión de las placas tectónicas se forman montañas y cristales de zirconita. Cuando las montañas se erosionan llevan nutrientes al mar. Estos nutrientes permiten el crecimiento masivo de las cianobacterias. Se produce así una gran emisión de oxígeno, al mismo tiempo que el carbono queda fijado en los microorganismos como carbono orgánico, por lo que no se combina con el oxígeno producido y se deposita en el fondo de los mares. Los científicos desarrollaron dicha hipótesis cuando notaron que los eventos de creación de cristales de zirconita coincidían con los eventos de incremento de oxígeno en la atmósfera.
Evidentemente, la hipótesis ha sido criticada por otros científicos. Muchos como James Kasting, geoquímico de la Pennsylvania State University, considera que la hipótesis no cuadra con lo que conocemos del ciclo del carbono y que la premisa de que el depósito de carbono orgánico se incrementa en el tiempo es falsa. Pero lo cierto es que la correlación existe, así que probablemente ambos fenómenos si tengan alguna relación, pero todavía no sabemos cuál.

Audio en "el podcast del microbio"

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