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martes, 16 de agosto de 2022

El mito de la caca de camello, las diarreas y el Afrika Korps.

 



Una de las historias más curiosas de la Segunda Guerra Mundial es la de que las tropas del Afrika Korps imitaron el tratamiento que usaban los beduinos del desierto para combatir la diarrea, y que no consistía en otra cosa que en ingerir heces frescas de camello. De hecho esa historia aparece en varios artículos científicos sobre microbiota, e incluso se relata que los microbiólogos alemanes consiguieron aislar una cepa de Bacillus subtilis como responsable del efecto terapéutico que llegaron a producir en masa. 

Como buen friki de la microbiología y de la 2GM conocía la historia y pensé en introducirla en el artículo que recientemente he escrito para The Conversation sobre el posible uso del trasplante autólogo de heces para intentar "rejuvenecer". Así que me puse a buscar las referencias bibliográficas sobre dicha historia y empecé a notar algo raro. No encontraba ningún artículo en alemán y sobre todo, no encontraba ni una sola referencia a la producción a gran escala de Bacillus subtilis por microbiólogos alemanes durante la 2GM. El caso es que finalmente decidí no incluir ninguna mención de la historia de la caca de camello en el artículo porque pensaba buscar algo más sobre el tema. 

Bueno, pues según un reciente artículo publicado en PLOS-One todo el asunto de las cacas de camello, el Afrika Korps y Bacillus subtilis no es más que un mito. Los autores no solo se han dedicado a bucear en las bibliotecas y han comprobado que la "historia" nació en una revisión del año 2001 escrita por Ralph A. Lewin y titulada “More on Merde”. En dicha revisión se cita como fuente original un blog alemán ya desaparecido, pero que los autores han conseguido recatar gracias a la Wayback Machine. 

Pero los autores no se han quedado ahí. Como buenos científicos han intentado ver si la historia podía ser pausible. Así que se pusieron a ver el contenido de Bacillus subtilis en heces de dos dromedarios para ver si podrían tener un efecto terapéutico. ¿Qué han encontrado? Pues haciendo análisis con el 16S rRNA lo detectaban a niveles muy bajos (ver figura). Y cuando realizaban cultivos de esporas entonces sí que lo encontraban, pero a unos niveles bajísimos. En resumen, Bacillus subtilis no está en forma vegetativa en las heces de camello, tan solo en esporas y en muy bajo nivel.


Análisis de la microbiota de las heces de dos dromedarios para comprobar la presencia de la familia Bacillaceae. En el primero la abundancia relativa de dicha familia es de 0,08 y en el segundo de 0,16. Fuente: Koopman et al. 2022.


Así que los nazis serían unos comemierdas, pero no de camello.


¿Son nuestras heces el elixir de la juventud?



Hace unos 1 700 años al médico chino Ge Hong se le ocurrió que una forma de tratar la diarrea era dar a sus pacientes una “sopa amarilla” hecha a partir de heces frescas de un donante sano. La cosa debió de funcionar, porque para el siglo XVI los médicos chinos elaboraban diferentes “sopas amarillas” y “siropes dorados” que podían utilizarse para el tratamiento de distintas dolencias intestinales o intoxicaciones alimentarias.


Si quieres seguir leyendo, el resto del artículo está publicado en The Conversation. Comento los recientes resultados que se describen en este artículo científico del cual he sacado la imagen que aparece en la cabecera.


El tema de los trasplantes de heces ya ha aparecido en el blog en otras ocasiones.

martes, 15 de febrero de 2011

Proyecto Microbioma del Planeta



El Proyecto del Microbioma de la Tierra o EMP (por Earth Microbiome Project) nació en Julio de 2010 durante un pequeño congreso (workshop) celebrado en Utah. La idea era como usar la actual tecnología de secuenciación masiva para explorar las comunidades microbianas de la Biosfera. El resumen del workshop fue publicado en la revista Standards in Genomic Science.

El proyecto es similar al Proyecto Microbioma Humano, pero inmensamente más grande y ambicioso pues pretende caracterizar tanto a nivel taxonómico como funcional la biodiversidad microbiana de muestras tomadas a lo largo y ancho del globo. Podría decirse que los microorganismos son la "materia oscura" de la biosfera planetaria pues lo que sabemos sobre ellos es ínfimo. Actualmente hay más células microbianas en la Tierra (estimado en 1030) que estrellas en el universo conocido (estimado en 1024).


Inicialmente se piensa partir del análisis de unas pocas muestras: unas 200.000 más o menos. Se extraerá el DNA para producir un Atlas Global Metagenómico en el que se piensa que se llegará a reconstruir unos 500.000 genomas microbianos y determinar un primer inventario de la diversidad de las familias de proteínas codificadas por dichos genomas. En una segunda fase se piensa alcanzar los 5 millones.

El origen de las muestras será cualquier lugar concebible: aguas, suelos, filtros de piscina, materia fecal, hojas de árboles, salinas, pistas de tenis,... Aunque cómo es lógico el EMP propone una lista de recomendaciones, objetivos preferentes y una estrategia para que la toma, análisis y almacenamiento de muestras por parte de los diferentes grupos participantes sea lo más parecida posible. Estás son:

1.- Definir el espacio de parámetros ambientales o EPS (Environmental Parameter Space). Las comunidades microbianas tienden a mostrar propiedades funcionales y taxonómicas semejantes si son aisladas de medio ambientes similares. Los microorganismos no entienden de fronteras ni límites, así que definir a las comunidades microbianas permitiría definir una lista de biomas globales (un bioma es un lugar geográfico con unas condiciones ambientales únicas).

2.- Definir la estrategia ideal de muestreo gracias a los EPS que permita determinar el la distintas familias de proteínas y explorar las interacciones tróficas entre las distintas comunidades microbianas (ejemplo: quién se come a quién)

3.- Definir la estrategia real de muestreo. Y es que del dicho al hecho...

4.- Definir la estrategia de secuenciación. O cómo lidiar con la secuenciación del DNA presente en las 200.000 muestras

5.- Seleccionar determinados ambientes para realizar una "secuenciación en profundidad". Se pretende seleccionar 100 muestras y realizar sobre ellas una secuenciación en detalle para realizar estudios metagenómicos y metatranscriptómicos.

6.- Análisis informático de los datos.

7.- Análisis final.

En resumen, el Proyecto del Microbioma de la Tierra será un esfuerzo multidisciplinar que involucrará a ecólogos, genetistas, microbiólogos, físicos, geólogos, informáticos, matemáticos, químicos, ... Y se espera que, al igual que el proyecto del genoma humano ha revolucionado la medicina, este proyecto acabe revolucionando nuestro conocimiento de la biosfera.





Esta entrada participa en el I Carnaval de la Biología cuyo anfitrión es el blog Microgaia.



ResearchBlogging.org

Gilbert JA, Meyer F, Antonopoulos D, Balaji P, Brown CT, Brown CT, Desai N, Eisen JA, Evers D, Field D, Feng W, Huson D, Jansson J, Knight R, Knight J, Kolker E, Konstantindis K, Kostka J, Kyrpides N, Mackelprang R, McHardy A, Quince C, Raes J, Sczyrba A, Shade A, & Stevens R (2010). Meeting report: the terabase metagenomics workshop and the vision of an Earth microbiome project. Standards in genomic sciences, 3 (3), 243-8 PMID: 21304727

miércoles, 2 de febrero de 2011

Cogito, ergo habeo bacterium



Un grupo del Karolinska Institute en colaboración con el Instituto Genómico de Singapur acaba de publicar un artículo en la revista PNAS en el que describen como las bacterias intestinales pueden modular el desarrollo del cerebro de los vertebrados.

En el estudio se ha comparado el comportamiento de ratones con microbiota normal frente a ratones "libres de gérmenes" o ratones GF (por germ free). Han medido la actividad motora y la ansiedad en situaciones de estrés. Y lo que han encontrado es que los ratones GF son mucho más activos y tienen menos ansiedad que los que portan una microbiota normal.

¿En qué se traduce eso? Pues en que los ratones GF se "arriesgan" mucho más en una situación estresante. La manera experimental de comprobar eso es bastante curiosa. Pones a los ratones en una jaula en la que una mitad es negra y la otra es blanca. Un ratón normal se queda acurrucado más tiempo en la zona oscura, mientras que el ratón GF se comienza a mover enseguida y comienza a explorar la zona blanca.



El panel de la izquierda compara los resultados de un "test de campo abierto". Básicamente se suelta un ratón en una caja grande y se observa que hace a lo largo del tiempo. Como puede verse los movimientos de un ratón normal (SPF) son mucho menos numerosos que los de un ratón GF. A la derecha se muestra un autorradiograma de la expresión en cerebro del mRNA de la proteína NGFI-A en ratones normales (SPF) y ratones GF. La proteína NGFI-A es un factor de crecimiento nervioso. Fuente: Heijt et al. PNAS.


Ese fenotipo está asociado con la alteración en la expresión de genes que están implicados en las rutas de neurotransmisores. Al parecer los ratones GF presentaban una degradación mayor de la noradrenalina, dopamina y la serotonina, mensajeros que están implicados en el comportamiento de ansiedad. Pero también presentaban activaciones sinápticas distintas en determinadas zonas del cerebro, sobre todo en el cuerpo estriado.



Localización del cuerpo estriado (en verde). Fuente: wikipedia


Lo siguiente que hicieron fue tomar a un grupo de ratones GF con pocos días de vida y colonizarlos con microbiota de ratones normales. Al hacer esto comprobaron que los ratones "colonizados" presentaban un comportamiento similar a los ratones normales. Ese resultado indica que es la colonización microbiana la que manda algún tipo de señal que afecta a los circuitos neuronales, al menos a los involucrados en la actividad motora y en el comportamiento de ansiedad. Según el Dr. Rochellys Diaz Heijtz, ese dato sugiere que hay un período crítico en el desarrollo infantil en el que los microorganismos intestinales afectan al cerebro y cambian el comportamiento en la edad adulta.


ResearchBlogging.org

Heijtz RD, Wang S, Anuar F, Qian Y, Björkholm B, Samuelsson A, Hibberd ML, Forssberg H, & Pettersson S (2011). Normal gut microbiota modulates brain development and behavior. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America PMID: 21282636

lunes, 13 de diciembre de 2010

Celestinas microbianas



Vuelvo a publicar una traducción de uno de los estupendos artículos del blog "Small Things Considered" escrito por Moselio Schaechter y Merry Youle. En este caso es un escrito de Merry titulado “Microbial Matchmakers” cuya traducción literal sería ”Casamenteros Microbianos”, pero me ha parecido que en español es más descriptivo utilizar el nombre del famoso personaje literario de la obra de Fernando de Rojas.



Una pareja de Drosophila melanogaster (fuente: wikipedia)


En el año 1983, investigadores de la Universidad de Yale imitaron una técnica microbiológica para estudiar la evolución de un locus genético individual en un animal pluricelular – usar distintos medios de crecimiento para seleccionar mutantes nutricionales. Tomaron distintas poblaciones de Drosophila pseudoobscura y las crecieron en un medio que contenía como única fuente de carbono o bien maltosa, o bien almidón. Así observarían los cambios hereditarios en la frecuencia de las alozimas de la α-amylasa y la localización de dicha enzima en el intestino de las “moscas del almidón”. Interesante, útil, pero no revolucionario.

Unos años después, una estudiante de doctorado de Yale trabajaba con las mismas moscas y observó algo inesperado. Al estudiar las poblaciones que habían sido crecidas durante un año en el medio de maltosa, o en el medio de almidón, encontró que las “moscas del almidón” preferían para aparearse a otras crecidas en almidón y no en maltosa, y viceversa. Las “moscas de la maltosa” preferían a moscas crecidas en maltosa. En su artículo concluía que el nuevo comportamiento era un efecto pleiotrópico causado por la adaptación a los distintos medios de cultivo.

La observación quedó sin explicación durante dos décadas hasta que un grupo de cinco investigadores israelitas y uno de Maine lo han vuelto a analizar y se han encontrado con unos curiosos, y microbiológicos, hallazgos (Estaba claro que debía de haber algún microbio por algún sitio o de lo contrario no estaría escribiendo sobre el apareamiento de las moscas). En un reciente artículo del PNAS han presentado evidencia de que las moscas crecidas en diferentes medios de cultivo portan diferentes poblaciones de comensales bacterianos y que son ellas las que hacen de celestinas.

Los investigadores utilizaron una cepa de laboratorio de D. melanogaster mantenida en el típico medio comercial a base de maíz, melaza y extracto de levadura (medio CMY por cornmeal-molasses-yeast agar). Para sus experimentos, dividieron a las moscas en dos grupos. Uno se mantendría en medio CMY y el otro en medio de almidón durante un determinado número de generaciones. Después de eso, los dos grupos de moscas se crecieron durante una generación en medio CMY para eliminar cualquier efecto directo del medio, antes de ser examinada la preferencia de apareamiento. Otra vez volvió a observarse que las parejas eran homogámicas (igual con igual)- las moscas-CMY preferían a otras moscas-CMY, las del almidón a otras moscas del almidón- y además el resultado se producía en una especie distinta de Drosophila mantenida en un medio de cultivo distinto.



Procedimiento experimental. Una población de moscas fue dividida y mantenida por un determinado número de generaciones en almidón, o en medio CMY. Después se crecieron durante una generación en medio CMY y se examinó la preferencia de apareamiento. Los análisis de elección-multiple de apareamiento se realizaron en pocillos que contenían cuatro moscas: un macho y una hembra criados en almidón y un macho y una hembra criados en CMY. (Fuente: Sharon et al.)


No se pararon ahí. Lo siguiente que examinaron era cómo de rápidamente surgían las preferencias de apareamiento tras haber sido transferidas a un medio de cultivo diferente. La respuesta fue que bastaban dos generaciones. Esta adaptación casi simultánea mostrada por un animal pluricelular, le evocó a Eugene Rosenberg, uno de los autores del estudio, una observación que realizó cuando estudiaba el blanqueamiento del coral Oculina patagonica en la costa mediterránea de Israel. Estos corales sufrían el blanqueamiento debido al patógeno Vibrio shiloi, cuando en el 2004 de repente comenzaron a mostrar resistencia a la infección. En un artículo posterior Ilana Zilber-Rosenberg y Eugene Rosenberg, hicieron notar que todos los animales y plantas del coral portan una microbiota muy compleja que les permite responder rápidamente a los cambios de las condiciones ambientales. Cuando hay un ataque de un nuevo patógeno, la exposición a un herbicida o cualquier otro daño ambiental, la selección natural actúa sobre el holobionte - el hospedador más los simbiontes. La adaptación a las nuevas condiciones puede venir dada por cambios en el genoma del hospedador o de cualquiera de los simbiontes, o por la adquisición de nuevos simbiontes, o por un cambio en la abundancia relativa de los simbiontes que ya porta.

Volviendo a los experimentos con Drosophila, el resultado sugería que la rápida adquisición de una nueva preferencia de apareamiento podría ser debida a un cambio en la microbiota de la mosca. ¿Alguna evidencia de ello? Si se trata a las moscas del almidón o del CMY con antibióticos y se las “cura” de su microbiota, las moscas no muestran ninguna preferencia, y los apareamientos son al azar. Más aún, si se analiza el 16S rRNA de las distintas microbiotas se observan marcadas diferencias entre la proveniente de las moscas CMY y la del almidón. Una especie - Lactobacillus plantarum – representa el 3% de la microbiota comensal de las moscas CMY, pero llega a ser el 26% en las moscas del almidón (viables totales: 2,3 x 105 por mosca). Esto no es muy sorprendente ya que es conocido que un cambio en la dieta de un animal supone un cambio de su microbiota y L. plantarum produce una gran cantidad de α-amylasa. ¿Más evidencias? Si infectamos a las “moscas curadas” con L. plantarum se restablecen su preferencias de apareamiento. La infección con otras bacterias cultivadas aisladas de las “moscas del almidón” – ya sea individualmente o como un cóctel de 41 cepas – no produce el mismo efecto. Las Wolbachia endosimbiontes no están involucradas ya que ambos grupos de moscas tienen las mismas cepas de Wolbachia y las reinfección de “moscas curadas” con Wolbachia no restablece las preferencias de apareamiento.



Resultados de los exámenes de preferencia de apareamiento después de haber crecido separadamente durante 11 generaciones en medio con almidón o en medio CMY. (Fuente: Sharon et al.)



Quedan algunas preguntas, no siendo la menos importante cómo esos microbios comensales afectan la selección de pareja. Lo que me viene a la cabeza es que ellos podrían alterar las feromonas sexuales de la mosca. Drosophila y muchos otros dípteros portan en sus cutículas feromonas de largas cadenas hidrocarbonadas (denominadas hidrocarburos cuticulares o CHs). Otra moscas perciben esos compuestos tras el contacto o a distancias cortas. Se han caracterizado 56 CHs en D. melanogaster, algunos de los cuales son específicas para machos o hembras y se ven alteradas tras el apareamiento. El grupo investigador ha realizado un cribado inicial de los CHs presentes en las moscas-CMY y las moscas del almidón, buscando diferencias que puedan ser atribuidas a la alteración de la microbiota. De hecho esas diferencias existen y su número se reduce tras la “cura” con antibióticos. Sería interesante encontrar si L. plantarum hace alguno de esos CHs o como altera la sintesis de CHs por el hospedador.

La preferencia de apareamiento (assortative mating) es una de las formas de producir el aislamiento reproductivo sin necesidad de separación física, un mecanismo requerido para la especiación simpátrica. Es delicioso encontrar que un gran efecto evolutivo pueda ser debido a una Small Thing.



ResearchBlogging.org


Sharon G, Segal D, Ringo JM, Hefetz A, Zilber-Rosenberg I, & Rosenberg E (2010). Commensal bacteria play a role in mating preference of Drosophila melanogaster. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107 (46), 20051-6 PMID: 21041648

lunes, 29 de noviembre de 2010

La vaca voladora



No, esta entrada no va de la vaca voladora que sale en la película "Twister". Es la traducción del título de uno de los magníficos artículos publicados en el blog "Small Things Considered" escrito por Moselio Schaechter y Merry Youle.



El hoatzin y su polluelo. Nótese las garras en las alas de este último (origen de la imagen)


Aquí hay un pájaro que cree que es un rumiante. O, hablando en tono científico, la peculiar manera de digerir material vegetal podría haber coevolucionado en los rumiantes y en un pájaro. Estamos hablando del hoatzin, un pájaro tropical del tamaño de un faisán o, en honor del día de hoy (*), un pájaro del tamaño de un pavo que se encuentra en América Central y del Sur y que fermenta en su buche las hojas que come. Opisthocomus hoazin, ese es su nombre completo, es único. No hay otro pájaro conocido -y hay unas 9.000 especies - capaz de llevar a cabo una fermentación pre-gástrica (como el rumen), aunque unos pocos hacen algo similar en el ciego. El hoatzin se alimenta casi exclusivamente de hojas, por lo que se benefician enormemente de tener un microbioma que puede manejar dicho alimento, al igual que hacen las vacas. Para dar cabida a esa actividad, tienen un buche inusualmente distendido y un esófago de gran tamaño.

Como todos los vertebrados, los polluelos de hoatzin se desarrollan de forma gradual hasta alcanzar su madurez. A lo largo de ese tiempo, el microbioma del buche va cambiando. Esto es lo que los autores de un estudio liderado por María Dominguez-Bello, de la Universidad de Puerto Rico dicen: "En comparación con el adulto, el buche del polluelo de hoatzin tiene una mayor abundancia de Flavobacteriaceae, Clostridiaceae y Lachnospiraceae pero carecen del phyla DSS1, Deferribacteres y el Termite group 1 ,que si están presentes en los adultos". El dominio Archaea, incluido los metanógenos, también están presentes de manera abundante en el buche, así como protozoos. El conjunto es muy evocador del microbioma del rumen de los rumiantes.



El tubo digestivo del hoatzin. (A) Localización del buche y del largo esófago en el interior de su cuerpo. (B) El tubo digestivo del hoatzin extendido para mostrar todos sus órganos. "crop" es el buche y "gizzard" la molleja(origen de la imagen)


¿Quiere saber más sobre el hoatzin? He aquí una muestra: "Tiene una cara sin plumas de color azul con ojos marrones y una cresta espinosa en la cabeza, y es la única especie existente de la familia Opisthocomidae. A menudo se la considera como una de las aves más primitivas ya que el polluelo de hoatzin tiene dos garras en el primer y segundo dedo de sus alas para ayudarle a trepar a las ramas de manera algo extraña". Las garras de las alas se pierden con la madurez, pero por un tiempo, el pájaro se parece a la extinta Archaeopteryx, el candidato de finales del Jurásico de una forma de transición entre dinosaurios y aves.

No todo sobre el hoatzin es atractivo para los seres humanos. Emite un olor característico similar al del estiércol, lo que explica su sobrenombre: ave apestosa. Sin embargo, su atracción por los microbiólogos es evidente. Esta especie ha conseguido a su manera, al menos entre las aves, dar cabida a una comunidad microbiana rica y productiva.


(*) La entrada fue publicada por Elio el día de Acción de Gracias, festividad norteamericana durante la cual las familias se reúnen y se comen un pavo cocinado al horno.



ResearchBlogging.org

Wright, A., Northwood, K., & Obispo, N. (2009). Rumen-like methanogens identified from the crop of the folivorous South American bird, the hoatzin (Opisthocomus hoazin) The ISME Journal, 3 (10), 1120-1126 DOI: 10.1038/ismej.2009.41

Godoy-Vitorino, F., Ley, R., Gao, Z., Pei, Z., Ortiz-Zuazaga, H., Pericchi, L., Garcia-Amado, M., Michelangeli, F., Blaser, M., Gordon, J., & Dominguez-Bello, M. (2008). Bacterial Community in the Crop of the Hoatzin, a Neotropical Folivorous Flying Bird Applied and Environmental Microbiology, 74 (19), 5905-5912 DOI: 10.1128/AEM.00574-08