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viernes, 5 de marzo de 2010

Nuestro Otro Genoma

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Ese es el título de la portada del último número de la revista Nature. El motivo es la publicación del nuevo catálogo de genes del microbioma humano por parte del proyecto MetaHIT (Metagenomics of the Human Intestinal Tract). En trabajos anteriores se habían utilizado muestras de 33 individuos de Estados Unidos y 13 de Japón (ver E Pluribus Unum). Esta vez los europeos han ido un poco más allá. En el proyecto MetaHIT han intervenido 23 grupos investigadores de todas partes del mundo y ha consistido en analizar la microbiota intestinal de 124 humanos. Las muestras fecales provenían de personas sanas, con sobrepeso y obesas. También se han incluido muestras de enfermos que padecen inflamación intestinal (EII).



Abundancia relativa de las 57 especies bacterianas más frecuentes encontradas en este estudio. Se observa que las más abundantes son las bacterias pertenecientes a los grupos Bacteroidetes y Firmicutes (fuente: Nature)



Se estima que en el cuerpo humano hay un total de 100 billones (1014) microorganismos, la mayor parte de ellos en el intestino. Se han ensamblado y caracterizado 3'3 millones de genes microbianos no redundantes, derivados a partir de 576'7 gigabases secuenciadas, unas 200 veces más información que los anteriores trabajos. El tamaño del metagenoma que han conseguido es 150 veces más grande que el genoma humano. El 99% de los genes son de origen bacteriano y corresponderían a más de 1.000 especies distintas, de las cuales cada ser humano comparte un mínimo de 160. Con esos datos se ha conseguido realizar el llamado metagenoma mínimo intestinal y el genoma mínimo intestinal bacteriano en términos de funcionalidad. Como era de esperar han encontrado diferencias entre la composición de la microbiota de los individuos sanos y los individuos enfermos.




Comparación estadística mostrando las diferencias entre las microbiotas de individuos sanos, enfermos que padecen la enfermedad de Cronh y enfermos con colitis ulcerosa. (fuente: Nature)



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Qin, J., Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K., Manichanh, C., Nielsen, T., Pons, N., Levenez, F., Yamada, T., Mende, D., Li, J., Xu, J., Li, S., Li, D., Cao, J., Wang, B., Liang, H., Zheng, H., Xie, Y., Tap, J., Lepage, P., Bertalan, M., Batto, J., Hansen, T., Le Paslier, D., Linneberg, A., Nielsen, H., Pelletier, E., Renault, P., Sicheritz-Ponten, T., Turner, K., Zhu, H., Yu, C., Li, S., Jian, M., Zhou, Y., Li, Y., Zhang, X., Li, S., Qin, N., Yang, H., Wang, J., Brunak, S., Doré, J., Guarner, F., Kristiansen, K., Pedersen, O., Parkhill, J., Weissenbach, J., Antolin, M., Artiguenave, F., Blottiere, H., Borruel, N., Bruls, T., Casellas, F., Chervaux, C., Cultrone, A., Delorme, C., Denariaz, G., Dervyn, R., Forte, M., Friss, C., van de Guchte, M., Guedon, E., Haimet, F., Jamet, A., Juste, C., Kaci, G., Kleerebezem, M., Knol, J., Kristensen, M., Layec, S., Le Roux, K., Leclerc, M., Maguin, E., Melo Minardi, R., Oozeer, R., Rescigno, M., Sanchez, N., Tims, S., Torrejon, T., Varela, E., de Vos, W., Winogradsky, Y., Zoetendal, E., Bork, P., Ehrlich, S., & Wang, J. (2010). A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing Nature, 464 (7285), 59-65 DOI: 10.1038/nature08821
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